Miaka, een middelbare scholier, leidt een normaal leven in Tokio totdat ze een mysterieus boek in de bibliotheek vindt, en zij en haar vriendin Yui naar het universum van de vier goden worden vervoerd. Bij aankomst in dit nieuwe universum worden de meisjes onmiddellijk aangevallen door potentiële slavenhandelaars en gered door een onstuimige jongeman. Als Miaka niet kijkt, verdwijnen zowel Tamahome als Yui. Zonder dat Miaka het wist, is Yui teruggezogen in de echte wereld. Terug in de bibliotheek kan ze alleen maar verder lezen terwijl Miaka naar de stad vertrekt om de mysterieuze jonge jongen te vinden en haar vriend te redden. Maar wat Miaka te wachten staat, is niet wat de meisjes allebei verwachten – en nu is Miaka's enige weg terug naar haar wereld door de priesteres van Suzaku te worden en hun wereld te redden.