吸血鬼テロ組織“悪の華”のアジトに踏み込んだアベルとトレス。

彼らが見たのは、吸血鬼達の惨殺死体だった。

なぜか仲間同士で殺しあったらしい形跡が残る惨劇の場で、唯一の生存者である少女エリスを保護したアベル。

エリスの特殊能力を利用しようとする吸血鬼から彼女を護ろうとするアベルだが、仲間のトレスは彼女を危険因子として排除しようとする・・・。

イシュトバーンの事件後、エステルは国務聖省に入省すべくローマにやってきた。

「人類とヴァンパイアが共存できる世界を作りたい」という夢を抱く彼女を、カテリーナやほかの派遣執行官達は暖かく迎えてくれる。

ノエルに案内されて国務聖省を見て回るエステルだが途中はぐれてしまうが、教皇庁の奥庭で、泣いているひとりの少年と出会う。

吸血鬼集団カウントフォーが裏で治めるアムステルダムの教会で、聖職者暗殺事件が起きる。自身の領地で起きた事件で他のカウントフォーのメンバーから疑われたカレルは、唯一の生き残りであり目撃者でもあるシスターアグネスを捕らえようとする。

また、同時に事件の真相を探る為にヴァチカンより「ソードダンサー」ユーグが派遣されたが・・・

“ヴァチカンを破壊する”というローゼンクロイツの不気味な犯行予告。

一方ノエル殉職を受けて茫然自失になるアベル。

犯行時刻が近づく中、5年ぶりにローマに戻ってきたデステ司教から、教皇に鐘楼が贈呈されるのであったが・・・

謹慎されてしまったカテリーナと派遣執行官たち。

監禁、通信途絶の中、エステルは抜け殻となったアベルを説得する。

一方、ノエルが命をかけて残した最後の情報には、悪魔の兵器サイレントノイズの全貌が記されていた。ローゼンクロイツの陰謀を阻止する為動き出す派遣執行官たち、そしてアベルはついに立ち上がる。

帝国からヴァチカンに和平交渉の勅使が来る中、バッキンガム宮殿でアルビオン前女王の葬儀が行われる。ヴァチカンの代表として葬儀に参列する教皇アレッサンドロ18世とエステルは、王都の地下施設ゲットーに案内されるが、そこでヴァンパイア達の反乱に巻き込まれる。二人を救出に向うアベル達だが……

ゲットーを占拠したヴァンパイアから声明文が届いた。

国際的非難を浴びる事を恐れたアルビオン当局は、自分達だけでこの事態を収拾しようとする。その頃ゲットー内を必死に逃げているアレッサンドロとエステルは、市街地でメトセラの子供たちと出会う。

アベルは突如ゲットーに現れたカインに倒されてしまう。一方反乱を主張するヴァネッサに捕まり、一緒に行動していたアレクは、このゲットーの意味や、ここに閉じ込められて行き場の無かったヴァンパイア達の苦しみを理解し始める……。

丘の上の教会、イエスが見下ろす祭壇の下に安置された黒い柩。

アベルが眠るその柩の前で泣き崩れるエステルの脳裏に、自分のせいでカインに胸を貫かれたアベルの姿が蘇る、自分を責め続けるエステルだったが、彼女にはアルビオンに対する義務があった。

ロンディニウム上空の飛空艇から放たれるエクスカリバー・システムの光。テムズ川の上から河畔の市街を覆うように広がって行くこの破壊の光は、世界を更新する炎なのか。

人類の存亡をかけた最後の戦いがアベルの眠る教会でいま、始まろうとしていた！