時值永祿七年。正在修行劍術的武藝者兵頭真介，遇到了使用神秘法術擊退浪人的「救世姊弟」，也就是妖狐小玉和仙道山戶迅火。真介和他們兩人一起闖入浪人團體「鬼兜組」的據點，然而迅火與小玉得知鬼兜組的首領是會對人們造成危害的闇（身旁之物）時，便運用秘術「精靈轉化」釋放了他們的力量，瞬間擊退了浪人的首領。真介被迅火的力量所吸引，決定與他們兩人同行。

「斷怪眾」是一個與闇戰鬥的靈力僧兵集團。迅火、小玉、真介等人在因緣際會之下與他們一同對戰灼岩。對於灼岩失控的原因感到困惑的小玉等人，最終發現灼岩的真實身份其實是由斷怪眾總寺院的實驗所創造出來的靈力強化改造人類。在戰鬥結束後，小玉等人將灼岩恢復成了人形。為了教訓斷怪眾，他們決定向總寺院發起猛攻。

小玉等人抵達斷怪眾的總寺院時，迅火使用了精靈轉化，與300名靈力僧兵展開了激戰。然而，即便發現了人體實驗的領導者野禪，迅火還是因為城堡中的闇．泰山的強烈一擊而失去了意識。在朦朧的意識中，迅火回想起了自己為何會憎恨人類、又為何會追求黑暗。與此同時，躲藏在森林中的小玉、真介和灼岩也被斷怪眾的僧兵給發現了。灼岩想要保護身為同伴的他們……

在迅火等人與闇．搖搖晃晃大人戰鬥時，接獲野禪的命令的食闇人．雷堂斬藏突然闖入了戰鬥之中。斬藏使用能御風的魔劍．荒吹與迅火展開了勢均力敵的戰鬥，即便斬藏沒有使用靈力而是完全以技巧取勝，最終迅火還是敗給了他。另一方面，雖然斬藏沒有奪走迅火的性命，但斷怪眾卻要他務必殺死迅火。迅火接下了斬藏的挑戰書，並決意與他再次一戰。

野禪派來的下一名刺客，斷怪眾四獸將之一的冰岩。她的真實身份，是被改造成靈力強化改造人類的斬藏的妹妹・冰乃。被灼岩封印著的黑暗・火岩，察覺到冰岩內存在著舊友黑暗・蒼岩，便開始與之對話，但是那份意識已經消失了。心痛於朋友被玩弄的憤怒，火岩主動提出自己要戰鬥。然而，此時兩個被龍氣息包圍的人出現了。面對龍的力量，迅火他們採取了什麼行動……？

為了討伐斷怪眾，小玉一行人以新的心態重新出發。雖然斬藏將魔劍・荒吹託付給了真介，但真介卻發現自己的實力還沒有辦法駕馭這把劍。在旅途中，小玉聞到了闇・猩猩所釀造的酒的味道，並不小心遇到了斷怪眾四獸將之一的道鍊。小玉提出以誰喝的酒比較多來一決勝負，並勉強地度過了危機……最後，他們一行人來到了一個受闇統治的村莊，那裡的闇聲稱自己是要保護村民免受不幸。

小玉一行人抵達了火岩的故鄉──岩之里。有一天，迅火幫助了一名懷孕的女性・阿香，於是他們決定暫時在岩之里停留一段時間。但不久後，斷怪眾的追兵烈深和道鍊卻出現在岩之里。迅火與道鍊交手，並在戰鬥中體會到正面交鋒的樂趣。另一方面，烈深對他們藏匿阿香的小屋感到懷疑，於是便用卑鄙的手段嘗試將整個小屋毀滅。這時，灼岩挺身而出擋在了前面……

灼岩為了保護岩之里而犧牲自己，並陷入了沉睡。在失去她之後，真介心中充滿了憤怒，幾乎快要被陰氣給吞噬。當真界得知名為加護守的闇以守護村莊為由吞食作為活祭品的人類時，他決定出擊討伐它。然而，這時候烈深卻突然出現了。被憤怒沖昏頭的真介胡亂揮劍，卻因為烈深的攻擊而失去意識。在朦朧的意識中，真介進入了魔劍・荒吹的精神世界中。

為了喚醒被斷怪眾洗腦的泰山，山神向小玉一行人尋求幫助，並主動請纓對戰斷怪眾三大戰力之一。斷怪眾的三大戰力指的是泰山、龍以及「葛葉」。聽到「葛葉」這個名字時，小玉震驚不已。與此同時，追蹤小玉一行人的斷怪眾四獸將首領神雲和少年千夜已逼近他們眼前。為了重新鍛煉迅火、小玉、真介，山神吩咐他們各自進行修練。

當迅火了解該如何使用妖精眼後，他識破了綸子的幻術，並成功完成了修行。與此同時，真介偶然獲得擊敗千夜的機會，但他相當猶豫是否該奪去還是個孩子的他的性命。這時，儘管落後於迅火與真介，小玉總算是完成了修行。山神想要他們趕快前往斷怪衆的寺院，但小玉卻提出了一個策略……

總寺院的野禪等人那裡也得到了神雲與千夜被封印的消息。聽聞迅火的靈力有了進一步的提升，道鍊相當期待再次與他對戰。這時候，小玉一行人終於抵達總寺院的入口。小玉大膽選擇正面突破，從正門進入總寺院。當他們進入總寺院後，等待著他們的是已經預料到他們會從正門進來的道鍊。迅火與道鍊，終於要分出勝負了嗎！？

迅火vs道鍊、真介vs烈深的殊死決鬥在斷怪眾的總寺院展開。迅火使用妖精眼辨識道鍊的攻擊，但道鍊釋放出來的強力招式「千尋拳」卻有著壓倒性的力量。為了揮散腦裡的混沌，迅火將凝聚了靈氣的那隻手伸進了腦袋當中……與此同時，真介躲過了烈深所釋放的轟震海，並在憎恨的盡頭找到了自己應該追求的境界。這時候，在一旁觀戰的野禪終於決定要啟動泰山！

失去了斷怪眾的四獸將以及泰山之後，野禪透過「精靈轉化」來對抗迅火。擁有九條尾巴的野禪，無論是在靈力還是戰鬥能力方面皆凌駕於迅火。迅火被逼入了絕境，他透過吞食泰山的肉體以將靈力提升至極限。然而，不顧自己是人類之身的迅火卻失去了理智，被闇的意識給吞噬。野禪趁迅火失控的時候使用幻術主導了戰鬥。為了讓迅火恢復理智，小玉和真介拼命地在呼喚迅火，然而……