게임과 낮잠을 좋아하는 고등학생 타카토 요기리. 수학여행중 버스로 이동하던 학생들은 갑자기 나타난 현자 시온에 의해 이세계에 소환된다. 시온에게 특수능력 ≪기프트≫를 부여받은 학생들은, 이 세계에서 고위 존재인 ‟현자”가 되기 위한 시련에 도전하게 되고. 하지만, 요기리와 단노우라 토모치카같은 ≪기프트≫를 부여받지 못한 일부 학생들은 드래곤이 다가오는 버스에 남겨져 버리는데……

반 학생들의 뒤를 쫓아 어떤 마을에 방문한 요기리와 토모치카. 그 마을에서 둘은 언뜻 친절해 보이는 수인에게 속아넘어가 범죄 집단에 습격당한다. 《즉사 치트》로 상대를 죽여 궁지에서 벗어난 두사람. 하지만 그 광경을 보고 있던 위병에게 연행당한다. 어떻게든 얼버무려 해방되었지만, 갑자기 토모치카의 언니와 똑 닮은 수호령・단노우라 모코모코가 나타나는데……!?

일본과 많이 닮은 마을 하나부사에 방문한 요기리 일행은, 반 친구인 타치바나 유우키와 재회하게 된다. 재회의 인사도 채 나누기 전 타치바나에게 애인이 될 것을 제안받는 토모치카. 곤혹스러워 하면서도 제안을 거절하고, 그 자리를 떠나게 된다. 후일 숙박중인 호텔에서 지루해 어쩔 줄 모르는 토모치카. 한편, 모코모코는 누군가가 토모치카에게 적의를 향하고 있는 것을 눈치채고......?

하나부사의 거리에 좀비들을 풀어놓은 마사유키. 현자 레인으로부터 요기리와 토모치카의 말살을 명령받은 그는 좀비의 정지를 교환 조건으로, 마을 주민들에게 요기리를 데려오라고 요구한다. 그런 상황 속에서 요기리 일행은 스스로 마사유키의 앞에 모습을 드러내는데? 한편, 마을 밖에서 상황을 살피던 레인은 요기리의 《즉사 능력》이 어느 정도의 능력인지 확인하기 위해 새로운 계책을 짜고 있었다......

하나부사에서 벌어진 일련의 소동을 해결한 요기리 일행은 왕도를 향해 출발한다. 출발하자마자 토모치카가 운전하는 차 안에서 잠이 든 요기리. 수면 중 AΩ(알파오메가)라 불리며 『독립행정법인 고차생명과학연구소』에 격리되었던 어린 시절의 일을 꿈꾸게 된다. 그후 일동이 탄 차는 드래곤의 서식지로 돌입. 전방에 대량의 드래곤들이 길을 가로막는데......?

마신과 싸우는 존재・성왕의 기사를 정하는 시련에 휘말린 요기리와 토모치카. 한시라도 빠르게 왕도로 가고 싶은 두 사람은, 전부 100계층이 있는 시련의 탑의 최하층을 목표로 행동을 개시한다. 그런 도중 참가자 사냥을 즐기는 전 성왕의 기사・테레사가 모두의 앞을 가로막고...... 그 후, 세이프 에리어에 다다르고, 잠시 휴식을 취하는 요기리 일행. 하지만, 거기서 모코모코의 몸에 이변이!?

행방불명이 된 여동생을 찾아 시련의탑에 온 소녀・테오디지아. 그녀로부터 협력을 부탁받은 요기리와 토모치카는 이를 승낙하고, 일동은 테오디지아의 동포들이 붙잡혀 있다는 시련의탑 지하실로 향한다. 한편, 지상에서는 마왕의 권속들이 탑을 습격. 압도적인 힘으로 시련을 빠져나온 성왕의 기사들을 몰아붙인다. 궁지에 빠진 라이닐은 이판사판으로 성결정을 사용하는데......

요기리의 유년기...... 『독립행정법인 고차생명과학연구소』에 취직한 타카토 아사카는 요기리의 돌봄과 관찰을 맡아 그와 공동생활을 보내고 있었다. 어느날, 휴가를 내 오랜만에 외출한 아사카. 그런 도중 요기리를 노리는 『기관』에 인질로 잡히고 만다. 혼자서 아사카가 돌아오는 걸 기다리던 요기리는 조금도 돌아올 기미가 없는 상황에 참을 수 없게 되는데......

마니 왕국의 왕도에 도착한 요기리와 토모치카는 반 학생들과 합류. 일동은 국왕의 명령으로 마계에 봉인된 마신 토벌에 도전하기로 한다. 그런 도중 이전부터 요기리의 정체를 알고 있었다는 학생들이 여러명 나타나는데...... 한편, 시련의 탑에서의 일로, 요기리의 무서움을 알게 된 현자 아오이는 완전히 전의를 상실. 그런 그녀의 모습을 본 시온은 본격적으로 요기리의 조사를 시작한다.

자신을 버린 반 친구들에 대한 복수심에 불타는 시노자키 아야카. 인조인간인 그녀는 드래곤의 힘을 흡수해 압도적인 힘을 손에 넣어 반 친구들을 차례차례 말살해 간다. 게다가 목적에 방해되는 존재인 마니 국왕마저 살해하고 만다. 같은 시각, 시노자키와는 다른 누군가의 시선과 살의를 감지한 요기리. 범인을 유인하기위해, 토모치카와 함께 거리로 나가게 되는데......

현자 후보생들 앞에 다시 모습을 드러낸 시온. 이대로라면 새로운 현자가 생기지 않을거라 생각한 시온은 후보생들에게 최후의 1인이 될때까지 서로 죽이라고 명한다. 불합리한 명령에 일부의 후보생들은 저항하려 하지만...... 한편, 데이비드와 함께 마계 제7층까지 낙하한 요기리는 하나카와 다이몬과 재회. 둘은 봉인에서 풀려난 마신 마나의 공격을 피해가며 제6층으로의 귀환을 목표한다.

반 친구와의 장렬한 싸움에 승리했지만, 육체의 6할을 잃은 시노자키. 최후의 힘을 쥐어짜 몸을 드래곤으로 변모시킨 그녀는, 재차 반 친구들에게 공격을 하기 시작한다. 한편, 일부러 「현자후보선발전」의 범위 밖으로 나가 시온을 유인하는 요기리 일행. 《즉사 치트》를 구사해 그녀에게서 원래 세계로 돌아가는 방법을 알아내려고 한다. 하지만, 시온은 입을 열지 않는데......?