Saat berada di rumah temannya, Bon Namihira tak sengaja menyaksikan aksi penjelajahan waktu dan mengetahui bahwa untuk merahasiakan hal itu, ia harus dihapus.

Setelah susah payah lolos dari penghapusan, Bon harus belajar menjadi agen Patroli Waktu. Misi pertamanya: Tokyo tahun 1947 di tengah Topan Kathleen.

Dalam misi berikutnya, Bon pergi ke Mesir tahun 2592 SM. Di sana, ia bekerja sama dengan Ream untuk menyelamatkan Thoth yang tak bersalah agar tak dikubur hidup-hidup.

Setelah dimarahi Ream karena memamerkan peralatan barunya, Bon dan timnya pergi ke tahun 800 SM, tempat mereka membantu seorang leluhur mengarungi laut ke Jepang.

Bon dan Ream pergi ke 350 tahun yang lalu. Mereka tiba di Prancis Selatan untuk mencegah penyiksaan dan kematian Celine, calon korban perburuan penyihir di Eropa.

Saat menjalankan misi pada tahun 628 M di Pergunungan Tian Shan, Bon menyadari bahwa kelompok yang mereka ikuti menginspirasi kisah epik "Perjalanan ke Barat".

Pada tahun 1500 SM di Kreta, Bon dan Ream kena batunya setelah mengabaikan perawatan Perahu Waktu. Mampukah mereka menyelamatkan para target tepat waktu?

Saat ditugasi menyelamatkan satu orang saja selama Pertempuran Okinawa pada tahun 1945, Bon dan Ream menghadapi kenyataan pahit tentang batasan Patroli Waktu.

Para kru berlibur ke zaman Jura akhir, tetapi malah mencegah seorang pemburu liar melakukan perburuan kejam yang dapat mengancam seluruh umat manusia.

Bon dan Ream mencari petunjuk soal identitas target berikutnya di Tombstone, Amerika, tempat mereka harus berbaur dengan orang-orang yang membawa senjata di abad ke-19.

Seluruh kru pergi ke tahun 490 SM dan menyelamatkan banyak jiwa di Pertempuran Maraton. Bon dengan ceroboh mengubah sejarah dan harus menggantikan pembawa pesan penting.