친구의 집에서 우연히 시간 여행 현상을 목격해 버린 나미히라 본. 이 비밀을 유지하려면 자신이 세상에서 지워져야 한다는 것을 알게 된다.

간신히 삭제를 면한 본은 타임 패트롤 요원이 되기 위한 훈련을 받아야 한다. 그리고 첫 임무를 위해, 1947년 태풍 캐슬린의 한복판 속에 있는 도쿄로 간다.

기원전 1500년 크레타, 타임 보트를 제대로 관리 안 한 본과 림은 난감한 상황을 겪는데. 과연 이번 임무의 타깃들을 제시간에 구할 수 있을까?