ネモの命令で部屋を分けられケンカをしてしまったジャンとナディア。一方、ノーチラス号はガーゴイルの飛行船カルカロドンを追撃するのだが、逆に地下水道で新型の浮遊機雷に囲まれてしまう。ネモに恋するグランディスは、修理が終わったグラタンで機雷の除去を提案する。

全ての争いの元となっているブルーウォーターを持つ自らの運命に悩み苦しむナディア。一方、船体修理中に機関部で漏れた有毒ガスにより犠牲となったフェイトたちを埋葬するため、ノーチラス号は｢沈める寺院｣と呼ばれる海底遺跡へ向かう。遺跡に着き弔いを始める乗組員たち。そんな中、ジャンはあるものを目にする。

海底へと沈んでいくノーチラス号。ネモ船長は乗組員をメインブロックに集め、戦闘ブロックを切り離した。自爆した戦闘ブロックがガーフィッシュを全滅。メインブロックのみになったノーチラス号はガーゴイルの手を逃れた。ネモ船長は、船長室にナディアたちを呼び出した。船長室をメインブロックから切り離し、ナディアたちだけでも助けるために・・・。そして、機関室に戻ったネモ船長を待ち構えていたのは・・・。

グラタンが到着したナディアの故郷・タルテソス ―― そこは、大きな火山湖だった。何かに導かれるように湖の中を進んでいくナディア。すると湖水が割れ、謎の地下遺跡が現れる。ナディアとグラタンはその地下遺跡へ降り立つ。ブルーウォーターの力によって地下道を進む一同。そこは古代アトランティス人の遺産｢ブルーノア｣だった。自分の誕生の秘密を知ったナディアは、その背負った運命の大きさに耐え切れなくなる。