度重なる戦闘補修によって資材が不足したノーチラス号は、その補給のため南極にある秘密基地へとむかう。その途中、謎の物体に捕えられてしまう。それは何億年も前に生きていたとされる巨大なオウム貝・ノーチラスだった。ノーチラス号はノーチラスに直撃され、その触手によって締め上げられていく。

夜明け、ナディアは島を“リンカーン島”漂着した入江を“キャプテン湾”砂浜を“ナマジャキビーチ”などと命名し、ジャンたちに生まれ変わったと宣言。科学文明と縁を切って生きていくと、森の中へと行ってしまった。

新しい島での生活をはじめたジャンとナディアだが相変わらず言い争いが絶えず、グランディスはネモへの思いがつのるばかり。そんな中サンソンとハンソンはふとしたことから意見が対立、ケンカになってしまう。そこでエアトンがレースで決着をつけることを提案。サンソンはキングを調教し、ハンソンは機械仕掛けのアイアン・キングを作り、キング対アイアン・キングで競争することになる。