Tomoya percebe que conheceu Kotomi quando criança, embora apenas ela tivesse se lembrado. Naquela época, Tomoya já havia visitado Kotomi com frequência e era sua única amiga. Por volta dessa época, no aniversário de Kotomi, seus pais foram embora por motivos comerciais, e mais tarde naquele dia ela descobriu que eles foram mortos em um acidente de avião.

Kotomi finalmente sai de casa e descobre que Tomoya trabalhou no jardim a noite toda e adormeceu. Quando ela volta para a escola, Tomoya, Kyou, Ryou e Nagisa estão esperando por ela. O estranho misterioso de quem ela estava com tanto medo, acreditando que ele queria roubar a tese de seus pais, também está lá. Kotomi e seus amigos descobrem que ele é seu tutor legal e que nunca houve notas escritas para a tese.