Un día, de camino a la escuela, Tomoya Okazaki se encuentra con una extraña chica que habla sola llamada Nagisa Furukawa ...

Nagisa admite querer reiniciar el club de teatro y Tomoya ayuda a Nagisa a crear carteles publicitarios que colocan en la escuela. Ese día en la escuela, Tomoya conoce a otras dos chicas .....

Después de los eventos de la noche anterior, Tomoya va a ver si Nagisa está bien y descubre que ha sido físicamente débil toda su vida. Mientras regresaba de la panadería ...

Tomoya se encuentra nuevamente con Fuko en la escuela y ella trata de invitarlo a la próxima ceremonia de matrimonio de su hermana mayor, pero Tomoya no está interesada...

Para ayudar a Fuko, Tomoya y Nagisa la llevan a quedarse en la casa de Nagisa por el momento. La familia de Nagisa ayuda a tallar más estrellas de mar en madera ....

Tomoya y Nagisa invitan a la hermana mayor de Fuko, Kouko, al Festival del Fundador. Mientras tanto, Fuko reparte más estrellas de mar talladas a los estudiantes en el festival...

Tomoya y Nagisa convencen a Kouko de que Fuko desearía que ella se casara a pesar de la condición de Fuko. Hablan con la administración de la escuela después de descubrir que a Kouko le gustaría casarse en los terrenos de la escuela...

Más personas de la escuela ya no pueden ver a Fuko y ahora incluso aquellos cercanos a Fuko en el pasado están comenzando a olvidarse de ella....

Tomoya, Nagisa y Fuko pasan la noche en la escuela con una celebración previa a la boda de Youko. Por la mañana, Tomoya y Nagisa se han olvidado de Fuko y no pueden verla. Tanto Tomoya como Nagisa luego sienten que hay algo importante que están olvidando ....

Como no se han unido nuevos miembros al club de teatro, Tomoya va a hablar con Kotomi una vez más sobre unirse. Tomoya la lleva por la escuela y la ayuda a presentarse a la gente para hacer más amigos.....

Kotomi todavía intenta tocar el violín, pero no ha mejorado en absoluto; en resumen, su forma de tocar es dolorosa para cualquiera que la escuche.....

Kotomi le devuelve el violín a Rie Nishina y se hace amiga de ella. Kotomi cambia su rutina habitual y comienza a asistir a sus clases. Debido a la idea de Kyou, ella, Ryou, Kotomi, Nagisa y Tomoya salen juntos en grupo y se divierten en la ciudad ...

Tomoya se da cuenta de que conoció a Kotomi cuando era niño, aunque solo ella lo recordaba. En ese entonces, Tomoya había visitado a menudo a Kotomi y era su única amiga ....

Kotomi finalmente sale de la casa y descubre que Tomoya trabajó en el jardín toda la noche y se había quedado dormido. Cuando regresa a la escuela, Tomoya, Kyou, Ryou y Nagisa la están esperando.....

Para ayudar a Nagisa a reformar el club de teatro, sus amigos ofrecen sus nombres para conseguir suficientes miembros para calificar, pero aún necesitan un maestro que los aconseje con el club, lo que los lleva a preguntarle a Toshio Koumura ....

Cuando aparece Mei, limpia la habitación sucia de su hermano, pero no puede quedarse en el dormitorio de hombres de Youhei, por lo que Nagisa se ofrece a quedarse en su casa mientras está en la ciudad.......

Después de ver el partido de baloncesto, el club del coro decide compartir Koumura con el club de teatro, pero el consejo estudiantil no lo permite. Nagisa colapsa en la escuela y no puede venir a la escuela por unos días .....

Durante el tiempo que Tomoya está suspendido de la escuela, Tomoyo continúa viniendo a su casa, lo despierta y le prepara el desayuno, aunque cuando ella intenta preguntarle sobre la relación con su padre, él no le responde .....

El club de teatro finalmente se restablece y Koumura se comparte con el club de coro. El maestro del salón de clases de Tomoya va a la casa de Tomoya para preguntarle a su padre sobre su futuro ......

Después de escuchar a Nagisa hablar sobre la historia de la obra que quiere realizar, Tomoya intenta preguntarle a los padres de Nagisa al respecto, pero no conocen ninguna historia como esa .....

Nagisa y sus amigos continúan practicando para la obra, como recitar trabalenguas, elegir qué música usar para la obra, iluminación y dirección escénica ....

Después de que Nagisa se entera del pasado secreto de sus padres, no puede dejar de pensar en cómo arruinó sus sueños y se vuelve emocional y deprimida ....

In an alternative timeline where Tomoya and Tomoyo are dating, Tomoyo becomes student council president, but bad rumors start around the school due to Tomoya's bad reputation. Tomoyo becomes busy during the school festival, and continues to be so while she attempts to save the sakura trees in town. Tomoya realizes that he is holding Tomoyo back from greater things, and despite both sides being reluctant, they break up. Time passes as Tomoyo's reputation builds and Tomoya and Youhei watch on the side through her many accomplishments, one of them being ultimately saving the sakura trees by the winter. At that time, Tomoya and Tomoyo meet and talk for the first time in months and they decide to become a couple again.

Las vacaciones de verano terminaron y el segundo semestre comenzó en la escuela de Tomoya. El padre de Nagisa, Akio, le pide a Tomoya que forme un equipo de béisbol para un partido local contra el equipo del distrito comercial vecino ...

Mei se ha preocupado por su hermano mayor, ya que todavía no tiene un plan para después de la escuela secundaria, y por el momento viene a quedarse con Nagisa. Basado en un comentario fugaz de Youhei .....

Tomoya y Nagisa visitan a Youhei y pasan un tiempo hablando con Misae y Tomoyo, que viene después de ellos. Más tarde, cuando Tomoya y Nagisa están hablando en privado con Misae, Tomoya comienza a quedarse dormido .....

Tomoya, Nagisa y Youhei finalmente descubren que las dos pandillas rivales de la ciudad respetan a Yukine, ya que ayuda a los miembros de ambos lados después de que se lastiman .....

Tomoyo habla con Yukine y los demás sobre escuchar que la policía comenzará a involucrarse en la pelea entre las dos pandillas si empeora. Tratando de evitar una pelea importante .......

Tomoya y sus amigos están a punto de graduarse y están discutiendo qué harán después de graduarse. Kyou desea ser maestro de jardín de infantes, Ryou espera ir a una escuela de enfermería, .....

Tomoya intenta convencer a Akio de que hable con él sobre su decisión de casarse con Nagisa. Akio, sin embargo, solo hablará con él si puede conseguir un golpe decente con un partido de béisbol ....

Tomoya tells Ushio of the past events that happened from when he first met Nagisa, until after Ushio is born and Nagisa survives. When Ushio falls asleep during the story, he begins to quite clearly recall a more tragic set of circumstances. At the end of this retelling, Tomoya, with Ushio and Fuko who are both asleep, are shown under a tree at the present time having a picnic. Ushio wakes up, just before Nagisa calls the three of them, saying that it is time to head home.