魔導士ギルド「妖精の尻尾」に、ナツを慕うトウカという名の新人が加入する。しかし彼女がナツに会うことは叶わない。ナツと仲間達は遥か北の未知なる大陸・ギルティナの地にいて、世界最古の魔導士ギルド「魔陣の竜」を目指していたからだ。伝説級の難関依頼「100年クエスト」を受注するために。「魔陣の竜」に着いたナツ達は、建物に入って早々に異様な気配を感じ取る。そこに現れたのは、法竜と名乗る謎のドラゴンで…!?

「100年クエスト」は五頭の竜退治だった！ 第一の竜・水神竜の情報を求めるナツ達は、エルミナの港町で不思議な体験をする。町全体が海中に没し、町人は魚姿に変身するのだ。そんな中、グレイが水神竜の名を口にすると、温和だった町人の態度が一変して…!? 一方「妖精の尻尾」には、新人トウカのある言動から彼女を怪しむガジルとジュビアの姿があった。さらに「剣咬の虎」を訪れたジェラールが探しているのは、とある人物で…!?

水神竜・メルクフォビアが現れ、ナツ達は彼の水中神殿に招待される。討伐対象の水神竜は温厚な人柄だった。しかし自分を殺してくれる者を待っていたと言う…。複雑な心境になるナツ達だが、そこへ水神竜を狙うドラゴンイーターの魔導士ギルド「ディアボロス」のキリア達が急襲し、ナツ達とのバトルへ突入してしまうのだった。一方、フィオーレ王国で人探しを続けるジェラールは、立ち寄った「人魚の踵」で有力な情報を掴む。

最近、魔導士の魔力が奪われる謎の事件が各地で多発していた。その容疑者と思しき「伝説の白魔導士」を追うジェラールはマグノリアを訪れ、「妖精の尻尾」の新人トウカに詰め寄るのだった。一方北の大陸ではナツ達がディアボロスに苦戦。エルザはキリアに服従させられ、ナツ・ウェンディと共に敵の船で連れ去られてしまう。その後、ルーシィ達がエルミナの街を離れてボートで仲間を探していると、意外な人物に遭遇する。

船の航行が止まり、一挙反撃に転じるナツ達。ルーシィとグレイも合流を果たし、ディアボロスとの戦闘が激化する。劣勢を感じた敵のリーダー・スカリオンは一旦、撤退の道を選ぶことに。その後ナツ達は残されたボートでエルミナへ戻るが、海上から町の異変に気付く。急ぎ上陸すると、建物は半壊し逃げ惑う住民たちで混乱を極めていた。そんな中、近くで一際大きな水柱が立ち上る！ 圧倒的な水の破壊力…それは、水神竜メルクフォビアの暴走！？