25 de junho de 2150. Um dos poucos locais sobreviventes na Terra povoados por humanos, o Havaí, foi atacado por Festums. As Neo Nações Unidas declararam ROE Alpha, queimando a ilha e todos os seus sobreviventes até as cinzas.

Os Fafners são enviados para salvar uma nave de transporte do Exército Humano de um Festum. É a primeira batalha em dois anos, mas Hiroto, Rina, Akira, Sui e Maya sorriem enquanto embarcam calmamente nos Fafners. Eles dominam a batalha até que o experiente Festum desencadeia um estilo de ataque nunca visto antes, deixando os cinco pilotos perdidos. Então chegam reforços inesperados...

Kazuki fica chocado ao saber por que os pilotos Fafner da Perseus Company podem operar Fafner. Jonathan revela sua identidade para Maya. General Narein e Comandante Makabe compartilham informações sobre Altair, eles têm uma reunião construtiva. Alvis decide que eles permitem que Emery entre em contato com Mir da ilha através do próximo núcleo adormecido.

Sui, Reo e Mimika são promovidos como pilotos regulares. Canon nomeia novos 3 Fafners. Jonathan conhece Miwa e Yumiko. Akira quer se alistar no destacamento para lutar com a Companhia Perseus, mas Rina é fortemente contra ele. Kazuki começa a ver Tsubaki segurando um bebê em uma visão.

O destacamento liderado por Mizoguchi partiu para Srinagar para trazer Miwa e Emery com a Companhia Perseus. Inclui Hiroto, Akira, Maya e seus Fafners, a mãe de Miwa, Yumiko. Festum ataca a Ilha Tatsumiya novamente. Sui acha algo estranho neles, então pede a Soshi para mudar a operação.

A força expedicionária, transportando Miwa, chega à base de Srinagar, na Índia. Elevando-se aos céus em Srinagar está a Árvore do Mundo, o Mir reverenciado pelos Esperantos. Miwa insiste que quer falar sobre isso imediatamente, mas...

Os pilotos de Tatsumiyajima estão lutando mais do que esperavam na batalha quando um novo poder surge repentinamente. Sui fica apavorado após um encontro com a morte, Reo fica frustrado depois de perder em uma batalha de espadas e Seri começa a duvidar do fato de ela estar viva.

Srinagar is destroyed by Festum. When the most of them prepare for the worst, 2 heroes come flying. Meanwhile, Dustin of Argos Platoon suggests to Commander Kamal of Dacca Base that Neo-UN should issue ROE Alpha to Srinagar.

Kazuki and Soshi crushed Festum, and they saved the people who were almost assimilated. After the battle, Narein decides that his army takes Miwa, Emery and diminished Asoka to an other safe place with surviving refugees.

When Fafner pilots in Tatsumiya Island and Orihime spend time to relax, Alvis has a meeting about SDP and the change of Urd. Then, the pilots begin to use their each SDP without Fafner, but show terrible side-effects.

The camp are moving toward Dacca Base behind scheduled. Festum becomes to be able to assimilate using radio signals. Kamal decides to send reinforcements to the camp.

The Secretary-General of the Neo-UN, Gallop, wants to exterminate Festum and the people who having a Mir gene as soon as possible. General Burns feels antipathy to her. Meanwhile, the pilots in the island are afraid that fighting will make their side-effects worse.