Après avoir fait la connaissance du mystérieux Kaite, Vash se retrouve face à un célèbre gang.

Vash est incarcéré après avoir été accusé de meurtre. S'il réussit à s'en sortir, il devra affronter Monev, le tueur à gages recruté par Legato pour l'éliminer.

Un flashback lève le voile sur le lointain passé de Vash, de son frère, ainsi que de l'énigmatique Rem Saverem.

Après avoir fait la connaissance de Lina, une jeune fille prétendant avoir des ennuis avec Vash, Wolfwood s'associe à un vieil ami pour lui venir en aide.

Essuyant une violente tempête, Vash est entraîné dans les airs où il atterrit sur un vaisseau peuplé de visages familiers.

Après s'être battu avec Midvalley, Vash affronte une nouvelle fois Legato, tandis que les habitants de la ville se retrouvent pris au milieu du chaos.

Alors que Vash se rétablit peu à peu, les habitants de la région décident qu'il doit payer de sa vie leurs récents malheurs.

Vash affronte son frère lors d'un ultime combat. L'un veut détruire l'humanité, l'autre doit l'en empêcher à tout prix. Qui remportera la bataille ?