九州を旅する真理のもとに、父親から謎のツールが送られてきた。彼女はその謎を解くべく、東京に向かう。一方、東京では木場勇治が死から甦った。だがそれは、オルフェノクとしての人生の始まりだったのだ。東京に向かう途中でオルフェノクに襲われた真理は、偶然居合せた乾巧を仮面ライダーファイズに変身させる。

ファイズに変身した巧だが、ベルトにもオルフェノクにも興味を示さない。関心があるのは盗まれたバックのことだけなのだ。そんな巧に突っかかる真理。一方、東京では、怪物の姿に変貌した勇治がオルフェノクとしての自分の運命を知る。恋人を殺害したのが彼とも知らず、勇治に接近しようとする千恵だったが…。

勇治の前に現れたスマートレディは、「王の眠りは深い」と社長からのメッセージを伝える。一方、一緒に旅を続けることになった巧と真理の前に、底抜けに人のいい青年･啓太郎が現れる。その頃、東京では遠縁の家に預けられた1人の少女･結花が家族にも学友にもいじめられる毎日を過ごしていた…。

雪の中、歩道橋で転落した結花はオルフェノクとして覚醒した。一方、九州では、巧と真理に啓太郎が加わり、3人で旅を続けることに。啓太郎は結花に東京へ向かう旨をメールすると、結花から「早く会いたい」というメールが届く。一方、ベルトを追う赤井と緑川には、スマートレディからベルトの在り処を告げる電話が入った。

東京に到着した巧たちは真理の父に会うためスマートブレイン社に向かうが、アポが無いために会うことができない。一方、スマートブレイン社に迎えられた勇治と結花は、スマートレディから戸田という男を紹介される。戸田は2人に人間対オルフェノクの戦いについて教えるが、少々手荒な戸田の教育に勇治たちは衝撃を受ける。

目の前で灰となった戸田の姿に、オルフェノクの運命を知った勇治と結花。一方、海堂直也は自分の体の変調に最初は戸惑うが、オルフェノクの力で今まで自分をバカにしてきた連中を懲らしめにいく。真理と巧は再びスマートブレイン社に乗り込もうとするが、結花と啓太郎は互いがメル友とは知らずに偶然の出会いを果たす。

それぞれの夢への第一歩を踏み出し始めた真理と啓太郎。真理は勤務予定の美容院へ向かい、啓太郎はクリーニング店の客の相談に乗ろうとする。しかし巧は、そんな彼らの夢を理解することができないでいた。直也を追った結花は、とある音楽学校を訪れる。そして巧もまた、啓太郎に連れられて音楽学校へと…。

美容師を夢見る真理、ギタリストを夢見る和彦。一方、オルフェノクになってラッキーと叫び、人間に復讐を誓ったはずの直也は、なお自分の夢を捨てきれずにいる。そんな直也の気持ちを見抜く結花。勇治もまた、直也のことが案じられてならない。直也の夢を奪ったのは誰なのか。人間としての自分を取り戻すことができるのか。

オルフェノクとなりながらも、人間の心を失いたくない勇治は、その力で人間を守ろうと考える。しかし、直也はそんな勇治に反発し飛び出していく。一方、真理の携帯にスマートブレイン社から、社長が至急会いたいという連絡が入る。緊張の色を隠しきれない真理だが、巧とともにスマートブレインへと乗り込んでいく。

スマートブレインの新社長･村上からファイズギアを与えられた直也の任務は「落ちこぼれのオルフェノクを始末すること」。その中には、人間を守ろうとする勇治も入っている。結花は2人が心配でならない。一方、真理の携帯にメールが届く。送られてきたのは同窓会の写真。それは、真理をめぐる大きな謎の幕開けでもあった。

直也は勇治の剣に倒れ、ファイズギアは巧の手に戻った。ベルトを奪取するべく、次なる手を打つ村上。彼が出動を要請したのはスマートブレインの中枢を握る「ラッキー･クローバー」の3人だった。一方、真理のもとに同級生･犬飼から第2のベルトの写真が届く。真相を追って指定された場所へ急ぐ真理だったが…。

突然現れた謎のライダーは、クロコダイルオルフェノクの猛攻に追い詰められていたファイズを救った。謎を追う真理は、スマートブレインの前社長が作った「流星塾」の出身者の塾生たちと会う。謎のライダーの名は「カイザ」。ベルトは父から送られてきたもので、すでに2人の塾生がカイザギアに適応できず命を落していた。

同窓会の日に何があったのかを知る手がかりを、雅人に求める真理たち。雅人の大学を訪れた真理たちは彼がフェンシング部に所属していることを知り探し出すが、別人だった。実は、遅れて到着した巧と対決していたキャプテンこそが本物の雅人だった。その時オルフェノクが現れ、雅人はベルトを奪ってカイザへと変身する。

変身を解いた雅人の体に異常は起こらなかった。ついに適格者が現れたカイザのベルト。一方、恋する直也は真理の下へ一直線。だが真理にその気はない。巧と啓太郎の前にクロコダイルオルフェノクが現れ、劣勢を強いられるファイズ。その頃、直也の前に裏切り者オルフェノクの始末を請け負った琢磨が現れた。

クロコダイルオルフェノクの攻撃で川に転落した巧。水中に消えた彼を捜す啓太郎と雅人。だが、2人が河口付近で見つけたのはセンチピードオルフェノクによって川に落とされた勇治だった。一方、勇治を捜していた結花と直也は巧を見つける。「放っておけ」という直也の言葉を無視し、結花は巧を手厚く看護するが…。

戦いを続けるファイズとカイザ。カイザはファイズを挑発し、ファイズに吹き飛ばされ真理たちの前に苦しそうに変身を解く。巧に疑いの目を向ける真理と啓太郎。雅人は一体何を企んでいるのか? また、巧は結花と出会い悩んでいた。人間として生きたいという結花もまたオルフェノクだが、はたして倒すべき相手なのだろうか?

人間の心を持つオルフェノクがいることを知り、戦えなくなった巧は真理や啓太郎にも愛想を尽かされはじめる。一方、オルフェノクに襲われた森下は、勇治の部屋で目を覚ました。悪魔に魂を売ってでも妹の仇を討つという森下に動揺する勇治。巧と勇治、心に重荷を抱える二人は、偶然、バッティングセンターで再会する。

干した洗濯物に泥をぶつける悪戯が頻発しているらしい。啓太郎にとって真っ白い洗濯物は幸せのしるし。義憤にかられた啓太郎は街をパトロールし、恵子という少女を犯人として捕まえた。一方、スマートブレインでは社長の命により「九死に一生を得た子供たち」の情報が集められており、その中には恵子の名前も入っていた。

恵子を守ることが出来ず、部屋の片隅で涙を流す啓太郎。オルフェノクとの戦いに紛れ、恵子の姿が消えてしまったのだ。その頃、オルフェノクから逃げる途中、結花と出会った恵子は、勇治のマンションで手当てしてもらっていた。しかし、相変わらず愛想のない恵子。そして恵子は部屋を飛び出して行ってしまう。

アルバイトが辞めてしまったピザ屋を助けたいと言い出す啓太郎。そして、巧と勇治が同じピザ屋でバイトすることになった。そんな2人の前に冴子と琢磨が現れ、ラッキークローバーとファイズ、ホースオルフェノクの戦いが始まる。2人は苦戦し、センチピードオルフェノクにベルトを奪われたファイズは変身を解かれてしまう。

ファイズに変身した琢磨は、巧と勇治にとどめを刺そうとするが冴子に止められる。琢磨は次の狙いのカイザベルトの奪回へと、改めて闘志を燃やしていた。どうにか家へたどりついた巧は、雅人の携帯電話にファイズのベルトが奪われたというメッセージを残す。そして、ついにファイズのベルトを付けた琢磨が雅人の前に現れた。

消息を絶っていた雅人が戻ってきた。真理たちは雅人に何があったのかを訊ねるが、雅人は何も話そうとしない。それでも問い詰める真理に、雅人は特別な思いを打ち明ける。その頃、冴子と琢磨はラッキークローバーの新メンバー探しを始めていた。一方、恋に悩む真理は巧に相談をする。それを偶然聞いていたのが、雅人だった。

互いの正体を知った雅人と勇治。だが、勇治はラッキークローバーの一員を目指すオルフェノクに突然襲われる。しかし、カイザとなった雅人がピンチを救い、さらにラッキークローバーに関する情報を聞き出す。その後、バー･クローバーに現れた雅人は、ラッキークローバーの一員になりたいと社長の村上に申し出た。

ラッキークローバーと戦うファイズとカイザ。そこに村上社長が現れ、すぐにでもラッキークローバーの一員として雅人を迎えたいと申し出た。雅人はそれを拒否。両者は再び敵と味方に別れて戦うことに。それを見ていた巧は、スマートブレインとの関係を雅人に問い詰めるが、「俺の過去は、真理と一緒だ」と答えるのみだった。

琢磨･ファイズ、冴子･カイザを前に、なす術の無い巧と雅人。冴子に拉致された雅人は、スマートブレイン社で村上社長の話を聞かされる。だが、同窓会の日の事を村上社長が聞き出そうとしたとき、雅人は冴子に襲い掛かった…。一方、琢磨は巧へと迫るが、そこに啓太郎のワゴンが割り込み、巧の救出に成功する。

久しぶりの4人での食卓だったが、雅人の父の話題になり穏やかな空気が一瞬で変わってしまった。そんな時、久しぶりに里奈から雅人に電話が。「デルタのベルト」と思わずもれた雅人の言葉に、巧と真理は表情を固くする。そして、雅人と真理、巧も家を飛び出していく。1人残された啓太郎は新しいアルバイトを雇うことに。

あまりにも強大なデルタの力を独占しようとする流星塾生の争い。仲間の生命よりもベルトに執着する彼らを見て、巧は真理に流星塾の仲間と縁を切るよう迫る。一方、アルバイトの木村さんに夢中になってしまった啓太郎。彼女を助手席に乗せ、ドライブ気分で洗濯物を配達していると、長田さんが目の前に現れて…。

流星塾の同窓生、そしてデルタの正体であった、木村沙耶の死。悲しみに涙を流す真理。慰める雅人、言葉を失う巧。そこに啓太郎が現れ…。一方、デルタギアを奪った澤田は、ラッキークローバーの欠員を埋めた。北崎は、誰が一番最初に裏切り者オルフェノクの象徴である勇治を倒す事が出来るか勝負しようともちかける。

遂に互いの正体を知ってしまった巧と勇治。だが、デルタの厳しい攻撃が続き、言葉を交わすどころでは無い。北崎がとどめを刺そうとした瞬間、変型したオートバジンとセンチピードのエネルギー弾で攻撃を封じ、命からがら逃げ帰る巧と勇治。後日、巧は結花を、勇治は真理を呼び出し、それぞれ相手の人間性を確かめることに。

デルタのミサイル攻撃で辺り一面が炎に包まれる。辛くも逃げ延びた巧と勇治。だが、2人の心は再びお互いへの不信感にさいなまれていく。それが巧妙に仕組まれた雅人の罠であるとも知らずに…。一方、バーでは琢磨が北崎のゲームから降りたいと言い出した。また、冴子は澤田に残る人間の心が真理に対する想いだと知る。

真理は、澤田を信用するなと言う雅人の言葉を受け付けようとしない。また、巧は雅人に、真理の言葉に賭けてみたいと打ち明ける。一方、澤田がソードフィッシュの攻撃から真理を守ったことを聞き、その行動を厳しくとがめる冴子。だが、澤田は冴子の干渉を拒絶。そして再び真理の元に向かうのだが、果たして彼の心は…。

スパイダーオルフェノクの手により、いや、巧が信用した澤田の手により、真理は意識不明の重体になってしまった。病院で遭遇した巧と勇治、誤解がさらに深まるなか、両者の激突は、これまでにない壮絶さを増していく。雅人から連絡を受けた流星塾の同窓生、里奈、太田、三原。真理の病室で事の顛末を聞くのだが…。

巧の、啓太郎の、雅人の、そして流星塾の同窓生らの願いは届くことなく、真理は意識を取り戻さぬまま、この世を去った。残酷な結末に自暴自棄となった巧は勇治を呼び出し、生身で勇治の攻撃を受ける。一方、雅人は3本のベルトを交換条件に、真理の命を取り戻せる可能性があるとスマートブレイン社に向かった。

巧がオルフェノクだった。ラッキークローバーに入ってスマートブレインの特殊施設を利用し、真理をよみがえらせるため、巧は真実の姿を晒した。呆然する啓太郎たち。一方、雅人は、オルフェノクでありながらオルフェノクと戦う巧と勇治の行動を理解しかね、何かを共謀しているのではと勘ぐっていた。

巧がオルフェノクであることを知り、ショックのあまり逃げ出す真理。巧とウルフオルフェノクの姿が重り、閉じ込められていた記憶が再び真理の脳裏によみがえってくる。その後、スマートブレインに連れていかれた巧は、村上から、流星塾の同窓会を映したビデオを見せられる。そこに写っていたものとは!?

真理の悲痛な叫びが響き渡る中、ウルフオルフェノクと勇治･ファイズの戦いが始まる。とまどう勇治だが、やがて巧が自分に倒されるために戦っていると考える。巧はファイズギアを勇治に預けた際、「もしもの時はこのベルトを使って俺を倒してくれ」と伝えていたのだ。そこへ雅人が到着。皆が見守る中、ウルフは姿を消した。

無抵抗のウルフオルフェノクにとどめを刺そうとするカイザ。そこに間一髪、勇治･ファイズが割って入った。一方、人間の姿に戻った巧は、冴子により連れ去られてしまう。巧を倒す決意の雅人と真理たちは激しく対立。そして雅人は巧への憎しみの理由を話しはじめた。同窓会の日、自分たちが襲われた場所にウルフがいた!?

ローズオルフェノクの圧倒的な力にやられる巧を助けようと、雅人に連絡する里奈。雅人は勇治と現場へ駆けつける。カイザとファイズに変身した2人はローズと互角の戦いを繰り広げ、クリムゾンスマッシュを放つが、ローズは姿を消した。一方、真理は真実を確かめるべく、雅人にあの日の出来事について話すように迫る。

ファイズブラスターの力で現れたファイズ･ブラスターフォーム。真紅の身体から繰り出される超攻撃に、北崎は初めての敗北を味わう。変身を解いた巧に、戻ってくれるよう頼む真理。しかし雅人はそれを許さない。そして、澤田が巧の前に現れる。人間であろうとするもの、オルフェノクになろうとするもの、2人の運命は…。

三原、雅人、巧の3人は、それぞれの決意を胸にライダーとなり、ラッキー･クローバーに立ち向かっていく。一方、養護施設ですれ違った少女が、謎の死を遂げたバスケ部員の中で唯一の生存者だった「長田結花」だと気付いた沢村刑事。慌てて添野に相談していると、一人の男が現れ捜査中止を言い渡した…。

オルフェノク捕獲作戦の標的とされたクレインオルフェノクは、思わず反撃して武装警官を手にかけてしまう。警官を襲ったと聞いて自首を勧める直也だが、警察がオルフェノク捕獲に乗り出したこと自体が問題だった。勇治は警察にオルフェノクの中にも、自分たちのように人間の心を持っている者がいることを伝えようと考える。

結花を救出したクラブオルフェノクを守ろうとした巧。その行為に雅人はベルトを持っている以上、オルフェノクを倒さなければならないと告げる。一方、結花のために武装警官と戦ってしまった勇治。直也に迷惑はかけられないと、結花を菊池家で匿ってもらうことに。その頃、研究所では、勇治捕獲の計画が持ち上がっていた。

長田さんがメル友の結花さんと同一人物だと気付いた啓太郎。しかも、その結花さんがオルフェノクであることまで知ってしまった。啓太郎はそれでも彼女を受け入れようとする。そのやさしさに涙する結花。一方、オルフェノクと人間の狭間を揺れ動く勇治は巧に心境の変化を吐露する。巧は弱気な勇治を叱咤激励するが…。

結花の死を知った勇治は絶叫の末、意識を失いその場に倒れ込む。同じく結花の死を知った巧は…。まだ、結花の死を知らぬ啓太郎は…。一方、南雅彦にもたらされたオルフェノクについての新事実。南から届いたメールを見た村上は、ラッキークローバーを招集し、オルフェノク研究機関の全てを破壊するよう依頼する。

オルフェノクは滅ばなければならない。再び現れた花形は、自らの意志を継ぐ者として勇治を選んだ。一方、社長の座を解任された村上は最後の手段として、オルフェノクの王を手に入れるため、直接、巧たちのもとに向かった。三原からデルタのベルトを奪った村上は、デルタに変身してジェットスライガーで攻撃を始める。

スマートブレイン社長に就任した勇治はオルフェノクの王を倒すため、巧に協力を持ちかける。だが、オルフェノクとして生きる勇治と、人間として生きる巧。2人の間に交渉の余地はなかった。王を巡る争い。ラッキークローバーの3人と、直也が指揮するライオトルーパー部隊が、王を守るファイズに襲いかかった。

オルフェノクが滅びるために、オルフェノクの王を倒す。それが花形の目的だった。その遺志を託されたはずの勇治だが、彼はオルフェノクを救うため、王を守る事を選択した。一方、勇治に騙されていたことを知った直也は、巧たちとともにライオトルーパー部隊と激突する。真理を救うため、命を賭けた変身をする雅人だが…。

王の真実、王の正体。その全てを知り、苦悩する巧。王を倒せばオルフェノクである自らが滅ぶ。しかし、王を倒さなければ人間が滅ぶ。しかも、王は照夫の中に眠っているのだ! 王を巡り錯綜する登場人物たち。そして照夫の中に眠る王がオルフェノクを襲うのを目の当たりにした巧は、王を倒す事を決意する。

巧が消えた。真理たちは行方を心配しながらも、なぜ巧が照夫を襲おうとしていたのかを考えていた。そんな中、クリーニング店からこつ然と照夫の姿が消える。そのころ巧は、スマートブレインの医療施設で実験材料として使われていた。照夫を発見した直也の前に勇治が現れ、あの少年こそオルフェノクの王だと宣言する。