聖都大学附属病院・小児科の研修医、永夢（飯島寛騎）は、担当する患者・颯太（酒井亮和）の身体でうごめく奇妙なウイルスを発見。颯太は病院内の電脳救命センター（CR）という部屋に隔離されるが、明日那（松田るか）と灰馬院長（博多華丸）によって「この件には関わるな」と追い出されてしまう。

　自分の患者を放っておくわけにはいかない。医師として永夢は颯太をストレスから解放してやろうと、やりたがっていた新ゲーム「マイティアクションX」の発表会へと連れ出す。

しかし、颯太の体に異変が起こり、巨大なソルティバグスターに変貌してしまう。明日那によると颯太はバグスターウイルスというゲームウイルスに感染。ついに発症してしまったという。このままでは颯太は身体をバグスターに乗っ取られてしまう…。

明日那ことポッピーピポパポ（松田るか）に認められ、仮面ライダーエグゼイドとして戦う権利を得た小児科研修医・永夢（飯島寛騎）だが、戸惑いを隠せない。そこへ現れた天才外科医・飛彩（瀬戸利樹）は「お前の存在はノーサンキューだ」とゲーマドライバーを永夢に見せつける。

バグスターウイルスに冒された患者・蓮介（山岸門人）が現れた。永夢は明日那とともに現場に急行。が、同時に飛彩も現れ、仮面ライダーブレイブに変身。エグゼイドがもたつく間に、蓮介からアランブラバグスターの分離に成功するが、突如現れた謎の黒いライダーに邪魔をされてしまう。

永夢（飯島寛騎）の担当患者・勇樹（高梨理央）がゲーム病を発症した。そこへゲームドライバーを手にした白衣の男が現れ、仮面ライダースナイプに変身。勇樹からリボルバグスターを分離させ、リボル率いるウイルス軍団と激しい銃撃戦を展開する。

男の正体は大我（松本享恭）という元医師。バグスターウイルスによって大勢の患者が消失した5年前、大我は適合者として仮面ライダーに変身していたが、医療ミスで患者の命を奪い医師の資格を失っていた。そんな大我を飛彩（瀬戸利樹）は、「あいつは俺から大切なものを奪った」と憎悪する。

永夢は医者を怖がる勇樹のために、大我に関わらないで欲しいと直談判。しかし、大我は自分の目的はガシャットを集めることと言い放つと、永夢に対してガシャットをかけた勝負を挑む。先にリボルバグスターを倒した方が相手のガシャットを手に入れる…。

大我（松本享恭）にガシャットを奪われた永夢（飯島寛騎）の前に、監察医の貴利矢（小野塚勇人）がゲーム病患者の嘉高（根岸拓哉）を連れてやってきた。貴利矢は永夢が失ったガシャットを取り戻すというのだが…。

嘉高が発症、現れたバグスターの前で大我と貴利矢が変身。嘉高とバグスターの分離に成功すると、レーザーはブレイブと戦うスナイプから永夢のガシャットを奪う。レーザーはレベル2のバイクに変身、永夢を乗せてモータスバグスターを追おうとするが…。

レベル3になるためのゲキトツロボッツガシャットを手に入れた永夢（飯島寛騎）。バグスターに襲われていた大学生・誠一（辻大樹）がゲーム病患者のストレスでは、と誠一を探していると、誠一の恋人・曜子（加村真美）がゲーム病を発症した。

永夢と飛彩（瀬戸利樹）はライダーに変身。音ゲー、ドレミファビートガシャットを挿入したコラボスバグスターの分離に成功する。が、グラファイトバグスターが現れると、スナイプが「5年前の借りを返す」と猛然と襲いかかる。壮絶な戦いにゲンムが割って入り、結局コラボスバグスターも逃がしてしまう。

飛彩は大我（松本享恭）に詰め寄り、5年前飛彩の恋人・小姫（中川可菜）の命を奪ったのがグラファイトであることを知る。小姫は自分に愛想を尽かし、ゲーム病のことも知らせずに消えていった…。飛彩は過去を思い出し悲しみに沈む。

入院患者の誉士夫（青山勝）がゲーム病を発症。永夢（飯島寛騎）と飛彩（瀬戸利樹）は、エグゼイド、ブレイブに変身。2体のバグスターに分離するが、またもゲンムに邪魔をされバグスターを逃がしてしまう。

バグスターが誉士夫の娘・しおり（吉谷彩子）に襲い掛かった。永夢は「患者を救いたいなら信じろ。今日の自分に嘘はない」という貴利矢（小野塚勇人）の言葉を信じ、エグゼイドに変身。レーザーと共闘しバグスターを倒すと、ギリギリチャンバラガシャットをゲットする。

レーザーはギリギリチャンバラガシャットでレベル3にアップ。ゲンムの正体が黎斗（岩永徹也）であることを証明する、と言い放ちゲンムに襲い掛かる。レーザーは圧倒的な力でゲンムを圧倒。ついにゲンムを倒す。

大我（松本享恭）がバグスターを人質にとると、永夢（飯島寛騎）と飛彩（瀬戸利樹）にガシャットを賭けた勝負を挑んできた。バグスターを倒さなければ誉士夫（青山勝）のゲーム病は治らない。永夢は患者のため、飛彩は怒りも新たに大我の挑戦を受ける。

永夢、飛彩、そして大我はライダーに変身。スナイプはレベル3にアップし、空中戦で優位に立つとブレイブからガシャットを強奪。さらに解き放ったバグスターと戦うエグゼイドを攻撃。バグスターを倒すと、まんまとエグゼイドからもガシャットを奪う。

一方、貴利矢（小野塚勇人）は黎斗（岩永徹也）を呼び出し、レーザーレベル3に変身。対する黎斗もゲンムレベル3に変身し激突する。互角の戦いを終えた黎斗は、ライダーの適合手術を受けずに変身できる者について言及する。そんな黎斗の言葉に貴利矢は永夢を思い出し…。

永夢（飯島寛騎）の命の恩人で衛生省大臣官房審議官の恭太郎（野村宏伸）が、グラファイト（町井祥真）によってゲーム病に感染してしまった。今度は自分が先生を助ける番、とはやる永夢は、冷徹に治療を進めようとする飛彩（瀬戸利樹）と激しく対立する。

プロトドラゴナイトハンターZガシャットでパワーアップしたグラファイトの狙いは、多くの人々をゲーム病に感染させバグスターを大量に増やすこと。永夢は黎斗（岩永徹也）が持ってきた未完成のドラゴナイトハンターZガシャットを奪い、恭太郎を救うためグラファイトを探して奔走する。

グラファイト（町井祥真）によってばらまかれたウイルスによってゲーム病がまん延。ゲーム病に冒された永夢（飯島寛騎）の恩人・恭太郎（野村宏伸）を救うためにもダークグラファイトバグスターを一刻も早く倒さなければ…。一人焦る永夢に恭太郎は「大切なのはチーム医療だ」と叱りつける。

レベル5にアップするドラゴナイトハンターZガシャットは4人でプレイするゲーム。永夢は飛彩（瀬戸利樹）、大我（松本享恭）、貴利矢（小野塚勇人）に「チームになってオペを」と頭を下げるが、全員に無視され自らの力のなさに失望してしまう。

黎斗（岩永徹也）に呼び出された永夢（飯島寛騎）、飛彩（瀬戸利樹）、大我（松本享恭）、そして貴利矢（小野塚勇人）は、黎斗から黒いエグゼイドがウイルスをまき散らす首謀者だと告げられる。永夢らは黒いエグゼイドを倒すことを決意するが、その正体を知る貴利矢だけは黎斗に「あんた何を考えている？」と迫る。

ゲーム病患者の周平（高木煌大）の治療に奔走する永夢のもとに、黎斗から患者を移送しろと連絡が入る。言われたままに周平を連れて行くと、そこには黒いエグゼイドが。永夢はエグゼイドレベル5に変身。が、黒いエグゼイドに恩人の恭太郎（野村宏伸）こそがウイルス感染の黒幕だと指摘され動揺する。

ゲーム病患者・周平（高木煌大）の笑顔を取り戻そうと奔走する永夢（飯島寛騎）は、その原因がパティシエの両親にあることを突き止める。周平は、クリスマスのたびに多忙となる両親にかまってもらえず、寂しい思いをしていたのだった。

永夢はそんな母子を和解させるため、エグゼイドに変身。ソルティバグスターに立ち向かう。そしてブレイブも戦いに加わると、クリスマス限定のエナジーアイテムをゲット。エグゼイド、ブレイブ、そしてポッピーピポパポ（松田るか）もサンタクロースとなり、ジングルベルを歌い踊りながらソルティを撃破。母親と和解した周平も笑顔になる。

飛彩（瀬戸利樹）のもとで外科研修に励む永夢（飯島寛騎）。そんな二人のもとにゲーム病に冒された外科医・白河（岡田浩暉）が運び込まれた。白河から進化したアランブラバグスターが分離。永夢と飛彩は、エグゼイド、ブレイブに変身する。

エグゼイドらの戦いの場にゲンムレベルXが出現。ライダーガシャットを回収しようとする。「お前のせいで貴利矢さんは…！」。冷静さを失ったエグゼイドはレベル5となり、ゲンムに襲いかかるが、逆にゲンムの力に圧倒され…。

2体のエグゼイドXXはゲンムを倒すか、アランブラを倒すかで大げんか。その間にゲンムらに逃げられてしまい、変身を解除。永夢（飯島寛騎）へと戻るが、突然頭痛を訴え倒れてしまう。

永夢はゲーム病患者の白河（岡田浩暉）のすい臓がんの手術を飛彩（瀬戸利樹）に執刀して欲しいと依頼。オペの是非は患者次第と断る飛彩だったが、飛彩がアランブラに狙われたのは白河が飛彩の手術を願っている証拠、と永夢に指摘されて翻意する。飛彩は困難な白河のがんの手術を、永夢はアランブラを倒しゲーム病の治療をすることを誓う。

ニコ（黒崎レイナ）がゲーム病を発症、レベルアップしたリボルバグスターが分離した。永夢（飯島寛騎）、飛彩（瀬戸利樹）、大我（松本享恭）はライダーに変身。が、なぜかエグゼイドの攻撃がバグスターに通用しない…。

大我は黎斗（岩永徹也）から永夢が世界で初めてゲームウイルスに感染したゲーム病患者であることを聞きだす。2人の会話を盗み聞きした飛彩は、その事実を永夢に伝えようとするが、大我から永夢が過大なストレスを抱える危険性があることをほのめかされ思いとどまる。

永夢（飯島寛騎）の体からバグスターウイルスを分離しようと、飛彩（瀬戸利樹）はブレイブに変身。が、リボルバグスターが現れるとエグゼイドを守ろうとする。どうやら永夢＝エグゼイドがゲーム病患者・ニコ（黒崎レイナ）のストレスになっているらしい。

そんな戦いにゲンムレベルXが出現。すさまじい攻撃でエグゼイド、ブレイブの変身を解除させると、飛彩からすべてのガシャットを奪って去っていく。

ニコはかつて永夢が倒した天才少女ゲーマーNだった。ゲームに敗れたことで今も永夢を敵視するニコ。ストレスの原因が自分だとわかった永夢は、ニコのゲーム病を治すため大我（松本享恭）にリボルを倒して欲しいと依頼。大我は永夢のゲーム病をも治そうとスナイプに変身する。

永夢（飯島寛騎）の前にバグスターが現れた。逃げるバグスターを追うとゲーム病患者の男性を発見。永夢はエグゼイドに、駆けつけた大我（松本享恭）もスナイプに変身するが、バグスターを攻撃すると、なぜか男性が苦しみ始めて…。男性が差し出したジュージューバーガーガシャットでエグゼイドはレベル4にチェンジ。スナイプの攻撃を逃れ、男性とバグスターをCRへ連れ帰る。

男性は幻夢コーポレーションの社員・作（宇野祥平）でジュージューバーガーのゲームを開発中にゲーム病に冒されたという。生み出されたバガモンバグスターは心優しいバグスター。バガモンを溺愛する作に、さすがの永夢もどうしたものかと頭を抱えてしまう。

永夢（飯島寛騎）が自らの身体の異変に気付き始めた。「僕に何か隠していますよね？」と詰め寄る永夢に、飛彩（瀬戸利樹）は「ガシャットを俺によこせ」と言うだけ。永夢はそんな飛彩に不信感を募らせる。

幻夢コーポレーションの社員・作（宇野祥平）が黎斗（岩永徹也）によってゲーム病に冒されてしまった。永夢と大我（松本享恭）が駆けつけ、ライダーに変身。エグゼイドは作から分離したモータスバグスターを追走する。まんまとスナイプを孤立させたゲンムXは、猛攻を仕掛け変身を解除した大我からガシャットを奪い去っていく。

黎斗（岩永徹也）によって自らがバグスターウイルス感染者であることを知ってしまった永夢（飯島寛騎）。ストレスからゲーム病を発症するが、消滅という最悪の事態は回避する。が、なぜバグスターが現れない!?飛彩（瀬戸利樹）も大我（松本享恭）も不審を抱く。

意識を取り戻した永夢だったが、ゲームもしていないのに性格が大胆なゲーマーMとなってしまった。ガットンバグスターが現れても患者の治療ではなく、ゲーム感覚でエグゼイドに変身。レベル3でレベル30のガットンを圧倒する。しかし、患者のことなどどうでもいいと問診も拒否。怒った飛彩は永夢に代わって慣れない問診を行う。

高校生の大介（大久保祥太郎）がゲーム病に感染。ジェットコンバットのバーニアバグスターに変異した。飛彩（瀬戸利樹）はブレイブレベル50に変身するが、永夢（飯島寛騎）はバグスターに自らが乗っ取られることを恐れ変身できない…。

　ブレイブレベル50はレベル30のバーニアを圧倒、パラドクスとも互角に戦うが、結局レベル50の力を使いこなすことができず変身を解除。意識を失った飛彩は、大我（松本享恭）の闇病院で治療を受けることに。

病院で意識を取り戻した飛彩は、傷つきながらもバーニア撃破へ向かおうとするが、「そんな身体でオペを続けて俺みたいになってもいいのか」という言葉に心を動かされ、ガシャットギアデュアルベータを大我に託し、黙って見送る。

ゼロデイの真相を追っていた刑事・上杉（諏訪太朗）がゲーム病を発症した。ゼロデイで命を落とした息子の無念を晴らしたい、という上杉の思いを聞いた永夢（飯島寛騎）は、飛彩（瀬戸利樹）の制止を振り切り捜査に協力する。

永夢は服役中の黎斗（岩永徹也）の父・正宗（貴水博之）に面会。実はゼロデイを引き起こしたのは正宗ではなく、バグスターウイルスを発見した黎斗だったという衝撃の事実を知る。貴利矢（小野塚勇人）が消されたのもその事実を知ったからだった…。

永夢の動きを察知した黎斗が現れゲンムXに変身。上杉からもカイデンバグスターが分離した。永夢はエグゼイドに変身しゲンムと、飛彩もブレイブに変身しカイデンに立ち向かう。さらに戦いに加わろうとしたスナイプの前にパラドクスが立ちふさがり…。

レベルＸ（エックス）の力を手に入れたゲンム。未知数というその力は、一体どのようなものなのか？　無敵とも思えるゲンムを打倒するヒントを得るため、飛彩（ヒイロ）は監察医務院を訪れていた。ゲンムの秘密を知り葬られた貴利矢（キリヤ）が何かを残していないかを探るためだ。しかし、そこに残されていたのは飛彩の想像を超えるものだった。一方、大我（タイガ）も無敵のゾンビを倒すためのガシャットを求めて幻夢コーポレーションの小星作の元を訪れていた。それぞれがゲンムの攻略を図る中、予想外の出来事が起こる。衛生省が黎斗（クロト）の潜伏先を突き止め、突入したのだ。だが―――！！

「檀黎斗の陰謀を阻止せよ！」

ついに衛生省からも通達が下る。究極のゲームと呼ばれる『仮面ライダークロニクル』の完成を目前にした黎斗（クロト）は、自分をゲーム病に侵してまでその目的を果たそうとしていた。その暴走は、もう何にも止められない領域にまで来ていた。ただ一つ、監察医・九条貴利矢が遺したリプログラミングのシステムを搭載したガシャットという希望を残しては……。しかし、大我が使っても変身を解除してしまったガシャット。使用は本当に可能なのか？　そんな中、ふたたびゲンムＸが街で暴れ始めて―――。

オーディション中にケガをして運ばれた人気ロックバンドのメンバーがゲーム病を発症。他の2人のメンバーも発症し、3体のバグスターが現れた。永夢（飯島寛騎）はエグゼイドに変身、突如現れたラッキー（岐洲匠）もシシレッドに変身し、エグゼイドと共闘。バグスターを圧倒する。

バンドは幻夢コーポレーションが開発した新作ゲームのテーマソングのオーディションに参加していた。患者を心配してCRにやってきた幻夢コーポレーションの新社長・天ヶ崎恋（小手伸也）は、なんとポッピーピポパポ（松田るか）にテーマソングを歌って欲しいと依頼する。

3体のバグスターが再び出現。永夢はエグゼイドに変身、飛彩（瀬戸利樹）もブレイブに、大我（松本享恭）もスナイプに変身し、3体のバグスターを撃破。バンドメンバーの治療に成功する。口では反目し合う永夢ら3人のドクターだが、患者の対応には抜群のチームワークを発揮。そんな3人にニコ（黒崎レイナ）も思わず笑みをこぼす。

永夢（エム）には気になっていた。最近、どうも静かだ。そう、ポッピーピポパポの姿が見当たらないのだ。そんな疑問を飛彩（ヒイロ）にぶつけていたその時、電脳救命センターの電話がけたたましく鳴り始める。さらには二人のゲームスコープに同時に救急通報が入る。止まらない通報の中、別々の現場に駆けつける永夢と飛彩だったが、そこで二人が見たものは、信じられない光景で―――。

衛生省が「仮面ライダークロニクル」の回収と使用禁止を通達。しかし、恭太郎（野村宏伸）はプレイヤーの“消滅”の事実を隠し、永夢（飯島寛騎）、飛彩（瀬戸利樹）には待機を命じる。

CRは頼りにならない！ゲーム病患者のテンマ（西井幸人）は自らの手でバグスターを倒そうとライドプレイヤーに変身。永夢はテンマを止めようとエグゼイドに変身するが、ポッピーピポパポ（松田るか）が出現。ライダーのプレイヤー救助は違反行為、と仮面ライダーポッピーに変身。エグゼイドとスナイプを圧倒する。

衛生省の発表の影響を受け「仮面ライダークロニクル」のプレイヤーが減ったお陰で、ゲーム病の拡散は阻止されたかに思われた。ところが幻夢コーポレーション社長・天ヶ崎恋から「仮面ライダークロニクル」に関する信じられない情報が公表される。それはクロニクルに隠された禁断のルールで、プレイヤー増加を助長する仕掛けだった。恋の発表に業を煮やした大我（タイガ）は幻夢コーポレーションの社長室に押しかけ、恋に詰め寄るのだが―――。

パラドクス出現を知らせる救急通報が入った。永夢（飯島寛騎）と飛彩（瀬戸利樹）は現場へ急行、エグゼイド、ブレイブに変身する。が、ナビゲーターのポッピーピポパポ（松田るか）が現れ仮面ライダーポッピーに変身。プレイヤーの救助は違反、とブレイブを攻撃。さらにライドプレイヤーにも強烈な一撃を加え変身を解除させる。

エグゼイドはポッピーを攻撃。悪い遺伝子を書き換え、ポッピーピポパポの記憶を取り戻すことに成功する。そんな永夢に「もっと俺と真剣に戦え」と苛立つパラド（甲斐翔真）。良心を取り戻し戸惑うポッピーを強引に連れ去っていく。

記憶を取り戻したとはいえ、ポッピーはバグスター。ポッピーのウイルスに冒された患者を救うためにはポッピーを倒さなければならない。再び現れたポッピーにブレイブ、スナイプ、そしてライドプレイヤーニコも加わり総攻撃。反撃できないポッピーは変身を解除、追いつめられてしまう。

絆の力で、なんとかポッピーピポパポを取り戻した永夢（エム）だったが、安心している場合ではなかった。突如、パラドが永夢を操り始めたのだ。

「やってやろうじゃないか。最高にスリリングなゲームをな」

言い放った永夢が取り出したのは、パラドクスに変身するためのガシャットギアデュアル。一体なにが起きているのか？　遂に永夢とパラドをつなぐ点と点がつながり始めて―――。

レベル９９のパラドクスに完膚なきまでに叩きのめされたエグゼイド、ブレイブ、スナイプ。しかも、パラドは永夢（エム）に感染したまま、永夢の身体を思い通りに操り続けている。途方に暮れるライダーたちに、ポッピーピポパポはプロトマイティアクションＸのガシャットと新しいゲーマドライバーを差し出す。ポッピーの記憶の中に現れた、少年時代の黎斗（クロト）のあとを追って見つけ出したものだ。このガシャットには一体どんな意味があるのか？　ポッピーはなんとか永夢を助けたい一心で、そのガシャットで変身しようとして―――。

まさかの檀黎斗（ダン クロト）の復活に動揺を隠せない一同。なぜ復活できたのか？　次々と疑問がぶつけられる。そんな中、黎斗の口から「消滅者のデータを削除したわけではない」という気になる発言が飛び出す。コンテニューを現実のものにした黎斗の真意とは？　一方で永夢（エム）は、命を軽視する黎斗のことをなかなか許すことができない。仮面ライダークロニクルを終わらせるためには黎斗の協力が必須だが、永夢は黎斗の態度に耐えることができず―――。

「仮面ライダークロニクル」を攻略するには、パラド（甲斐翔真）、グラファイト（町井祥真）、そして恋＝ラヴリカ（小手伸也）の上級バグスターを倒さなければ…。永夢（飯島寛騎）、飛彩（瀬戸利樹）、大我（松本享恭）、そして新黎斗（岩永徹也）は共闘を誓う。

新黎斗によると、「仮面ライダークロニクル」のラスボス、ゲムデウスは究極のバグスター。伝説の戦士、仮面ライダークロノスの力なくしては倒せないという。が、クロノスの力を扱えるのは、バグスターウイルスの完全な抗体を身に付けた者のみ。ゲームクリアは不可能に近いが、永夢は攻略へ闘志を燃やす。

仮面ライダークロノスは檀正宗（ダン マサムネ）だった。ゲームを静止してしまう「ポーズ」という技を使ってラヴリカを瞬殺してしまったクロノス。その目的とはいったい何なのだろうか？　クロノスの登場に、ラヴリカの仲間であるバグスターたちばかりではなく、ＣＲ側も動揺を隠せない。さらに衛生省に管理されていたプロトガシャットが盗まれていたことがわかった今、消滅した人々のデータすら奪われてしまったことになる。いてもたってもいられない永夢（エム）は、幻夢コーポレーションの社長の座を取り戻した正宗のもとを訪れるのだが―――。

飛彩（ヒイロ）が永夢（エム）たちを裏切ったという事実が、ＣＲのメンバーたちの心に重くのしかかっていた。もし飛彩が正宗の目的のために働くとすれば、その理由はひとつしか考えられない。ある予感が一同に過ぎりかけたとき、ＣＲに現れたのはパラドとグラファイト。２人はクロノスに対抗するため、「仮面ライダークロニクル」のラスボスであるゲムデウスについて黎斗（クロト）に尋ねる。ゲムデウスの力によってクロノスを封じようというのだ。さらに、救急通報で駆け付けたエグゼイドの前には再びブレイブが立ち塞がって―――。

「より多くの人間の命を掌握する」

ブレイブ・飛彩（ヒイロ）ばかりではなく、仮面ライダーレーザーターボという味方を得た正宗が意気込む。「仮面ライダークロニクル」の規模をさらに拡大するため、邪魔な存在である仮面ライダー達を狙う正宗の命を受け、エグゼイドたちの前に再び現れたレーザーターボは、その変身をついに解除して―――。

突然、幻夢コーポレーションが「クロノス攻略クエスト」なる期間限定のゲームイベントを発表する。すべては『仮面ライダークロニクル』のプレイヤーの数を増やすためだ。人々はその危険性を知りながらも、様々な理由でイベントに参加し、プレイヤーは瞬く間に増えていく。一方で、正宗側についた貴利矢に何かを言われた永夢（エム）は、意味深な表情を浮かべていた。黄金に輝くガシャットを完成させた黎斗（クロト）は、そんな永夢にそのガシャットを渡す。「クロノス攻略クエスト」を阻むため、クロノスのもとに駆けつけるエグゼイドたちだったが、その前にブレイブとレーザーターボが再び立ち塞がって―――。

エグゼイドがムテキゲーマーに変身を遂げ、ついにクロノスを退けた。エグゼイドが規格外の強さを手に入れたことが気に入らない正宗は、恋人の魂を人質にして飛彩に永夢を消すように命令を下す。戦いに赴くブレイブは決意を新たにし、ついにレガシーゲーマー・レベル１００への変身を成功させる。困惑する永夢。ところが、仮面ライダースナイプ＝大我だけには飛彩の行動の理由が痛いほどわかって―――。

グラファイトは変身解除した大我の身体に容赦なく攻撃を加えた。重症を負った大我はすぐに病院に運び込まれるが、心臓を傷つけられている可能性がある。しかも、このレベルの外科手術を成功させることができるのは飛彩しかいないらしい。正宗のもとに戻っていた飛彩のもとに、父親であり病院長である灰馬から電話がかかる。そして、院長命令として大我の手術の執刀が命じられる。果たして飛彩が下す判断とは―――？

クロノスはエグゼイドの力を奪うため、パラドクスに直接手を下す決断をする。完膚なきまでにクロノスに叩きのめされるパラドクス。それでも、クロノスを放っておくエグゼイドではない。パラドを助けるため、クロノスの前に立ちはだかる。しかし、クロノスは再び卑劣な作戦を用意していた。時を同じくして発症したニコのゲーム病は、なんと『仮面ライダークロニクル』のラスボスとされるゲムデウスのゲーム病だったのだ！　ゲムデウスにたどり着くためにはグラファイト、そしてパラドクスを倒すしかない。恐怖に襲われたパラドの手が激しく震え始めて―――。

パラドが消滅した。永夢はエグゼイドへの変身能力を失ってしまったのか―――？

パラド消滅の事実を受け、他のライダーたちは結託してクロノス攻略に動き出す。ブレイブ、スナイプ、ゲンム、レーザーが互いにハイパームテキガシャットを交代で使うことで、クロノスのポーズの能力を攻略しようというのだ。一方、永夢はある想いに耽っていた。パラドが消滅の瞬間に感じていた死への恐怖。パラドと一心同体とも言える永夢もまた、そのパラドの想いを感じ取っていた。永夢は不意にマイティブラザーズＸＸ（ダブルエックス）ガシャットを取り出して―――。

『仮面ライダークロニクル』は正宗の能力によってリセットされてしまった。永夢と同じように人類で初めてのバグスターウイルスに感染した“オリジナル”である正宗の「ハイパームテキさえなければ」という思いが覚醒し、ハイパームテキガシャットが存在する直前の時点まで、ゲームをリセットさせてしまったのだ。一方、パラドがエグゼイド側についたことで、クロニクルで倒すべき敵はグラファイトただ一人になっていた。グラファイトをライバル視し、闘志を燃やすブレイブとスナイプ。だが一方で、クロノスに対抗する手段であるムテキの力を失ったエグゼイドは、ゲムデウスの力をもつグラファイトこそが唯一クロノス攻略の鍵だと考える。ところがグラファイトはライダーたちへの協力を拒んで―――。

ついに『仮面ライダークロニクル』のラスボス・ゲムデウスが誕生した。ゲムデウスを倒せばゲームは終了する。ところが、ゲムデウスの誕生と同時に、ウイルスが街に蔓延し始める。感染者は次々と増え、病院にも患者が溢れだす。ドクターたちが患者の対応にあたる一方で、エグゼイドとパラドクスは協力してゲムデウスに立ち向かう。しかし、その強さは半端ではなく２人を軽々と吹っ飛ばしてしまうほどだ。時を同じくして、対峙する２人の男たちがいた。黎斗と貴利矢、２人はその因縁を確かめ合うように変身し、互いの拳をぶつけ合って―――。

突如、ゲムデウスウイルスが街に蔓延し始める。倒されたゲムデウスが正宗に取り込まれたせいで、ゲムデウスのウイルスが再生したのだ。ゲムデウスクロノスという異様な姿になった正宗は再びライダーたちの前に現れ、ニコを『仮面ライダークロニクル』のゲーム世界へといざなう。ニコこそがプレイヤーとしてラスボスへの挑戦権を持つ資格者だからだ。クリア間近のプレイヤーをゲームオーバーにして、『クロニクル』をやり直そうとしているらしい。ところが、ライダーたちは『クロニクル』の世界に行くことすらできない。果たしてニコの運命はどうなってしまうのか―――！？

ゲムデウスクロノス打倒の先にあったのは、最悪のゲームステージだった。ゲムデウスクロノスはその身体を肥大させ最強のラスボスへと姿を変えた。さらにはゲムデウスウイルスのゲーム病の被害も拡大し、パンデミックはさらに悪化していた。人から人へと感染するようになったゲムデウスウイルス。その状況を目撃するバグスターが２人いた。ポッピーピポパポとパラドだ。

「私たちバグスターにしかできないことがある」

ポッピーはそう言うと、エグゼイドのもとへ走り出して―――。

クロノスとゲムデウスの分離オペに成功した仮面ライダーたち。さらにゲムデウスワクチンによって、自身の命と共にパラドがゲムデウスを消滅させた。しかし仮面ライダークロノスは生き残っていた。パラド亡き今、エグゼイドはムテキゲーマーになれない。それは、クロノスのポーズの力を回避できる者が存在しないことを意味していた。圧倒的不利な立場に立たされた仮面ライダーたちに対して、容赦のないクロノスはポーズを発動させる。永夢を始めとして、すべての仮面ライダーたちの動きが静止して―――。