アデル（真山明大）の暴走を止めようと、アリア（かでなれおん）はダークネクロムピンクに変身。しかし、2体のガンマイザーによって倒され、眼魂（アイコン）となって砕けてしまう。その破片を取り込み、新たなガンマイザーが生まれてしまい…。

そのガンマイザーに真一郎（井田國彦）・真由（水谷果穂）父子が襲われ、なんと父と娘の体が入れ替わってしまった。刑事である父・真一郎を嫌悪する真由は、父の体になってしまい大混乱。タケル（西銘駿）らは、真一郎の心を持つ真由を探す。

タケルらは街行く真由を発見。が、ガンマイザーが現れ、タケルはゴーストムゲン魂に変身する。しかし、ガンマイザーはゴーストに攻撃することなく逃げ去ってしまった。いったい、なぜ!?　そんな騒動の間に真由は姿を消してしまい…。

父・真一郎（井田國彦）の心が入った真由（水谷果穂）を探さなければ…。タケル（西銘駿）らは真一郎の同僚刑事・篠崎（筒井巧）にすべてを打ち明け、協力を依頼する。その間にも父を責める真由をタケルは懸命に説得して…。

真由の体にガンマイザー・マグネティックブレードが取り付いていることがわかった。そうとは知らずにゴーストムゲン魂はガンマイザーを攻撃。その衝撃が功を奏し、それぞれの心と体が元に戻った。

真一郎はガンマイザーになったおかげで、捜査情報を指名手配犯に漏らしていたのが、同僚の篠崎であることを察知。辛い気持ちをこらえ、親友でもある篠崎を逮捕する。その姿を見ながらタケルは真一郎の気持ちを代弁、真由の頑なな心もほぐされていく。