滅、亡、迅、雷の四人がそろったデイブレイクタウンでは異変が起きていた。誰も見たことのない物体が今にも生まれようとしていたのだ。それは、人知を超えるほどの邪悪な気配をまとっていた。一方、滅に父親としての夢があったと信じる或人は、飛電製作所の社長だからこそできる新たな人工知能技術の開発を意識するようになっていた。そんな或人は、ある行列に並ぶ不破諫の姿を目撃して―――。

ついに、アークが仮面ライダーの姿となって或人たちの前に現れた。そのあまりに強大な力の前に、ゼロワンもバルカンも全くなす術のないまま倒れてしまう。それは、人工知能を信じ続けてきた或人にとって、人間を超えたＡＩの能力を怖いほど見せつけられた瞬間だった。アークに対してどう対応すればいいのか、自分を見失ってしまう或人だったが……。一方、復活したアークは亡に新たなプログライズキーを与えて―――。

福添副社長らの告発により、社内で重ねてきた悪事の証拠データを突き付けられた天津垓。ところが、その証拠を一気に握りつぶしにかかるという暴挙に出る。福添から応援を頼まれた或人は、垓の元に駆けつけるのだが、垓は一向に態度を改める様子を示さない。一方、仮面ライダーとなったアークは次の作戦へと舵をきっていた。アークが現れたのは飛電インテリジェンスの宇宙開発センター。一体、アークは何をしようとしているのか―――！？

幼少期の自分を支えていたのが飛電の人工知能だったことを思い出した垓は、飛電インテリジェンスを愛していることを或人に告白する。共にアーク打倒に向けて協力することを約束するが、或人ばかりでなく諌や唯阿も簡単には垓のことを許すことができない。一方、ゼロワンとサウザーの予想外の共闘に作戦を変更したアークだったが、雷（いかづち）の脳裏には飛電インテリジェンスのヒューマギアとして生きたときの思い出が去来し始める。異変を来す雷はやがて、予想外の行動をとって―――。

ゼロワンの知能ともいうべきゼアが乗っ取られ、ゼロワンドライバーもアークに奪われてしまった！　まさに絶対絶命の状況に、アークを倒すことを使命としていた迅さえも絶望する。だが、或人は諦めていなかった。新しい仮面ライダーのコンセプトを掲げ、実現しようとしているのだ。ところが、そんな或人の目の前に仮面ライダーアークゼロが現れ、無情にも或人に致命的な一撃を放って―――。

或人がイズに託した夢によって、ついに仮面ライダーゼロツーが誕生した！　ゼロツーはアークの予測を上回り、仮面ライダーアークゼロを倒した……か、に見えた。だが、アークのデータは宇宙に浮かぶ衛星の中に存在していた。衛星がある限り、何度でも蘇るというアーク。そんな中、“飛電或人狙い”の計画を変更し、街のインフラ破壊をおこし始めるアーク。ついに直接的な人類滅亡が始まった！　果たして、飛電或人をはじめとした仮面ライダーたちの決断とは―――！？