闇の剣士・カリバーが剣士たちの前に姿を表した。15年前に組織を裏切り、飛羽真が巻き込まれた異変を起こした張本人。カリバーの出現に剣士たちが色めき立つ。そんな中、一人静かに思いを巡らせる賢人。賢人の様子を気にしつつも新たな異変に向かう飛羽真。そして、カリバーの登場が賢人の何かに火をつける―――。

カリバーにライドブックを奪われ、なおもピンチのセイバー達を助けたのはソードオブロゴスの刀鍛冶・大秦寺こと仮面ライダースラッシュだった。

新たな剣士と共にカリバーを退けたがライドブックは奪われたまま。そして、飛羽真はカリバーが語った「お前が見ているものが真実とは限らない」という言葉に引っ掛かりを覚える。そしてソフィアもまたカリバーの正体が賢人の父・富加宮隼人ということに疑問を感じていた。

それに対して賢人は再び父のことを想い、一人考えに沈む。飛羽真と倫太郎がその様子に気づくが、賢人は15年前に父がしたことを思い出し２人と距離を取ろうとする。そしてサウザンベースからの使者・神代玲花が賢人に接触する。

一方のカリバーとストリウスは、新たなライドブックの完成まであと一歩のところまで来ていた。様々な思いと思惑が交錯する中、若い剣士達は再びカリバーに挑む。

15年前の真実、そして父の行方を求めて上條に立ち向かった賢人だったが、カリバーの新たな力の前に、絶体絶命のピンチに陥った。その時、体を張って救ったのは倫太郎だった。カリバーの凶刃に倒れた倫太郎は……。

一方、街では６箇所が同時にワンダーワールドに取り込まれ、セイバーと剣斬が２箇所でメギドを倒したが、街が元に戻らず巨大な光の柱が立ち上り、上空に光の輪が現れる。残る４箇所では今なおメギドが人々を苦しめている。

ソフィア不在の中、罠だと知りつつ人々を救うために４つの街に向かう飛羽真たち。しかし、賢人だけはその様子を見て、何かを思い出していた。鍵は15年前。賢人は一人、１５年間の想いに決着をつけるため、ある場所を目指す。

15年間、背負ってきた思いに決着をつけるべく、一人カリバーに立ち向かった賢人。しかし、カリバーの圧倒的な力の前に思いは絶たれた。

一方、街には５つの光の柱と上空には５つの光の輪。記憶が戻った飛羽真は15年前と同じことをしようとしていると告げる。６つ目の光の輪ができたとき、中央に扉が開く。決戦は６箇所目の街。カリバーを止めるべく必死に戦う剣士たち。しかし、カリバーが自らの剣の力を使い最後の柱が立ってしまう。

このままでは世界は――。その時、空に不思議なオーロラが広がる。

セイバーを暴走させていたプリミティブドラゴン。それは一人ぼっちになり、死してなお仲間を求めるドラゴンの哀しい物語だった。その物語の続きを作った飛羽真はエレメンタルドラゴンという新たなワンダーライドブックを生み出し、復讐に燃えるレジエルを打倒した。それを目の当たりにした倫太郎はある決意をする。

そして、蓮は組織を離れ賢人と行動をともにすると一人、賢人の元へ向かう。

そんな中、芽依が編集長から飛羽真の代表作「ロストメモリー」の続編を作れないかと打診される。こんな状況の中、断られてもしょうがないと思いつつ、遠慮しながらも飛羽真にお願いすると、飛羽真は物語の始まりを語り出す。

一方、賢人と対峙する蓮。賢人と蓮の邂逅は何をもたらすのか？

さらにマスターロゴスの元に一人の男が現れる――。

ノーザンベースの全知全能の書の一部により新たな力を手にした倫太郎。しかし、玲花により音銃剣、土豪剣、雷鳴剣とワンダーライドブックが奪われてしまった。マスターロゴスの狙いは聖剣とワンダーライドブック。蓮と賢人も狙われるのではないかと動き出す飛羽真たち。蓮の元へは倫太郎、芽依、そして倫太郎が新たに手にした力を守るためにユーリも同行。しかし、そのユーリが・・・。そのころ、飛羽真は一人、賢人のもとへ向かう。久しぶりに二人きりで話す飛羽真と賢人。

しかし、その前にマスターロゴス本人が現れる。

友を信じきれず、自ら友を封印した過去を持つユーリは、賢人に自分の姿を重ね必死で訴えかけた。しかし、思いは届かずユーリは飛羽真を守って消えた。

戦いの最中、現れたルナ。しかし、ルナはサーベラに攫われてしまう。マスターロゴスの手元にはこれまで奪った聖剣とワンダーライドブックが並ぶ。準備は全て整ったと、ほくそ笑むマスターロゴス。

戦いのダメージで気を失う飛羽真。飛羽真が目覚めた時には仲間達がマスターロゴスと決戦に挑んでいた。そこに蓮、賢人も加わり、さらにはバハトも乱入し大混戦になる。仲間の元へ急ぐ飛羽真。今、全ての聖剣と鍵となるワンダーライドブックが揃おうとしていた。その戦いの果てに待つものとはー――。

マスターロゴスが人類に宣戦布告し、賢人が見た破滅の未来まで時間はもう残されていない。

飛羽真とともに一緒に戦った凌牙と玲花の次なる行動は？

賢人が自らを犠牲にして世界を救おうとしていると知った飛羽真と倫太郎は賢人の元へ走る。

蘇ったバハトはマスターロゴスの前に現れる。その真意とは？　

走る飛羽真の前には蓮が現れ、ユーリと芽依がバハトと対峙する。覚悟を決めた賢人に倫太郎、そして飛羽真の思いは届くのか？　そして、遂にマスターロゴスが現れ、世界崩壊までの時が動き出す。

マスターロゴスが壮絶な最後を遂げ、一つの物語が終わった。新たな物語の担い手はストリウスとなる。そのストリウスの前に現れるデザスト。

そして、ルナを保護したタッセルは遂に飛羽真たちの前に現れる。

人ならざる者の物語。全知全能の書、ワンダーワールドと何か。そして、力を手にしたがゆえに始まった現在に続く物語。過去が今につながり、選択を迫る。その選択が未来となる。誰が物語の結末を決めるのか。

ストリウスがマスターロゴス、レジエル、ズオス、タッセル、そして自らの本の力をカリュブディスに喰わせ融合させた。そして、新たに生まれた謎の本。そのページが遂に開かれる。タッセル亡き後、崩壊を始めたワンダーワールドは飛羽真たちが一時的に楔を放ち侵食を留めていたが、ストリウスの新たな力によりその楔は外れ再び侵食が始まる。さらに、地下の墓所からある者たちを復活させる。それはかつて剣士たちの剣技を生み出し、マスターロゴスとともにソードオブロゴスを治めた四賢神だった。ストリウスと四賢神、そして剣士たちの世界存亡をかけた最終決戦が始まる――。

力尽き、倒れた大秦寺。そして、他の剣士たちも次々に倒れていく。ワンダーワールドの消失と世界崩壊が進む中、ルナの異変も加速する。自らも消えながらある決意をした芽依はルナと遭遇する。そして、遂に飛羽真はストリウスの元に辿り着く。全知全能の書に何が記されていたのか？ストリウスは残酷な真実を飛羽真に突きつける。それを知った飛羽真は？ そして、飛羽真とストリウス、物語の結末を賭けた最後の戦いが始まる――。

力の源、そして物語の源であるワンダーワールドが消えていく。世界から物語が消えていき、世界そのものも消えていく。

ユーリは消えかかりながら前に進む。飛羽真に一目会いたい一心で歩を進めるルナ。最後の力を振り絞る賢人と蓮。そして、ワンダーライドブックが力を失い、ワンダーワールドが消滅する。消える世界。消える飛羽真。

全ては全知全能の書に記された定められた結末へ――。

「あなたには忘れられない物語がありますか？」