天ノ川学園高校の2年B組に転校してきた如月弦太朗。そのクラスには、小学校3年以来の再会となる城島ユウキや登校時に出会ったいけ好かない歌星賢吾がいた。頼まれもしないのに弦太朗は、賢吾と強引に友達になろうとする中、突如学園内に怪人･オリオン･ゾディアーツが出現する。怪人を倒すため、フォーゼドライバーを手に入した弦太朗が仮面ライダーフォーゼに変身し戦いを挑む。

相変わらず反目し合う弦太朗と賢吾。そんな二人を仲裁するユウキ。怪人の正体とは、ゾディアーツと呼ばれ、アストロスイッチで人間が変身した者であった。学園の平和を守るため、弦太朗は、怪人を捜す手掛かりを見つけようとする中、ユウキから賢吾の知られざる過去を教えられ、賢吾と仲直りをしようとするが、そんな弦太朗の携帯に、謎の女･友子からの怪人を見つけたとの連絡が入り…。

仮面ライダー部が発足により弦太朗、賢吾、ユウキたちがアストロスイッチの調整に勤しむ中、学園はクイーンフェスの開催に向けて盛り上がっていた。そんな中、今年もクイーン確実の風城美羽と弦太朗が賭けをすることになる。弦太朗は学園の情報屋JKと対抗馬となる広田玲子を口説き落としていると、突如見えない怪人･カメレオン･ゾディアーツに襲われる。今度のターゲットが、クイーンフェスに関係しているらしいことを知り、ユウキを無理矢理クイーンフェスに出場させるのだが…。

クイーンフェス会場で、美羽の本音が暴露される映像が流し出されたことで、クイーンフェス一次投票において、失墜する美羽。カメレオン･ゾディアーツの正体とは、風城美羽に恨みを持っている人物であることが推測された。この出来事に落ち込むひとりぼっちの美羽を気遣い、励ます弦太朗。そんな中、意外にもカメレオン･ゾディアーツの正体とは、美羽の取り巻きの珠恵だった…。

学園の情報屋JKが、毛嫌いしていた弦太朗と何故か仲良くなろうとする。一方、美羽はいつの間にか、仮面ライダー部の一員となっていた。そんな中、ユニコーン･ゾディアーツが現れ、JKを襲う。その正体が、フェイシング部の新田であることが判明する中、JK主宰パーティーにユニコーン･ゾディアーツが現れる。弦太朗はフォーゼに変身し、戦い出すが、何故か10番目のエレキスイッチが紛失しており…。

エレキスイッチを無くしてしまった弦太朗は、必死に探し回る中、スイッチを盗んだのは、張本人は実はJKだった。弦太朗と一緒に探すふりをするJK。その行く手に、ユニコーン･ゾディアーツである新田が現れ、弦太朗が騙されていることを告げる。それでもJKのために戦う弦太朗であったが、ユニコーンに打ち負かされてしまう。廃工場跡に攫われたJKに対して、新田はとある提案をするのであった…。

魔女を信奉する律子、雅美、ゆりの一派に友子が属したことで、ユウキが誘われた魔女の密会に出掛けていく弦太朗と賢吾。だが、邪魔者扱いされ、追い出される弦太朗たち。そんな中、魔女の力を実際に試すということで、以前水泳部員でイジメを受けていたゆりが、水泳部員をプールの水で襲う。さらには、雅美が元カレのアメフト部員を襲う。だが、その黒幕には、アルター･ゾディアーツとなった律子が仕組んだものだった…。

新たな敵･リンクス･ゾディアーツが優等生たちを襲う中、弦太朗のクラスに朔田流星が特別編入生としてやってくる。実は、その正体とは、仮面ライダーメテオであった。気の弱い転校生として振る舞うことで、弦太朗に取り入る流星。そんな中、リンクスが弦太朗たちを襲う。仮面ライダーフォーゼとして戦うものの逃げられてしまう。その正体とは、ガリ勉の野々村公夫であることが判明する。野々村を思い止まらせようと、野村の許へと駆けつける弦太朗たちであったが、そこには新たな戦いの場が待ち受けていた…。

リンクスに止めを刺そうとするフォーゼに対し、仲間だと思っていたメテオが邪魔をし、リンクスを逃がしてしまう。対立するフォーゼとメテオ。そんな中、メテオであることも秘匿したまま、流星が仮面ライダー部に入ろうとするが、意外にも弦太朗からの拒否を受ける…。