Hazuki Azuma a développé une attirance sexuelle pour sa sœur aînée adoptive Hatsumi. Hatsumi, cependant, disparaît le matin de son 16e anniversaire. Hazuki parcourt le monde à la recherche d'Hatsumi avec ses compagnons, un oiseau parlant le dialecte du Kansai, Ken, et Lilith portant un chapeau qui connaît Hatsumi sous le nom d'Eve.

A bord du train, Yoko renverse le Colonel et est mise à l'abri par le Tigre de Sibérie qui lui amène Adam. Ils sont alors confrontés sous la menace d'une arme à feu par l'ivrogne et le conducteur du train qui sont également des espions infiltrés. Tout le monde sauf elle est tué, mais le tigre de Sibérie est un agent double et l'envoie par la fenêtre. Yoko récupère et avec Hazuki élimine Siberian Tiger. Hazuki, qui avait aidé Adam plus tôt, aide Yoko à trouver la bombe et remet le décodeur à destination.

Hazuki arrive dans la Grande Bibliothèque et rencontre Lilith, qui a le béguin pour elle parce qu'elle contient l'essence de Yami, autrefois protectrice de la Grande Bibliothèque et amante de Lilith. Hatsumi s'avère être une incarnation d'Eve, que Lilith veut renvoyer à la bibliothèque. Hazuki accepte sans enthousiasme l'aide de Lilith pour parcourir les mondes.

Ritsuko est au service de la princesse Mariel. Mariel tombe sous le charme de Gargantua, devenu alchimiste. Sa tentative de la sacrifier est déjouée par Ritsuko, mais la princesse devient à moitié démon et se suicide. Lilith apparaît devant Gargantua et accepte l'âme de Mariel en paiement.

Hazuki et Lilith atteignent un monde préhistorique. Lilith est confondue avec un dieu. Une cavegirl nommée Quill a le béguin pour Hazuki, s'offrant en sacrifice. Le vrai dieu apparaît mais est vaincu par Hazuki; la recherche est une autre impasse

Hazuki et Lilith arrivent sur une île et rencontrent une jeune fille, Milka, son tigre blanc et la démone Seiren. Milka ne vieillit pas et souffre de "tremblements de tête" liés à la Grande Bibliothèque.

Milka est sauvée par son tigre blanc. Arya révèle que Seiren était une démone engendrée par Lilith; Seiren n'était intéressée que par l'exploitation du pouvoir de Milka. Hazuki et Lilith donnent leur bateau à Milka et retournent à la Grande Bibliothèque, réparant le livre déchiré et guérissant Milka. Un long flashback montre la vie de Hazuki et Hatsumi avant la disparition de ce dernier.

Hazuki sauve un mignon esprit renard, Meirin, d'une bande de samouraïs dans un monde féodal japonais. Elle rencontre la princesse Fuji, qui ressemble à Hatsumi sauf qu'elle parle. Elle utilise également le même peigne orné que Hatsumi avait, et la légende du peigne est la même légende d'Eve. Les ninjas désireux d'obtenir le pouvoir mystérieux de la princesse Fuji attaquent le manoir pendant que Lilith et Meirin chevauchent leurs queues de cheval. Inspiré de Kaguya-hime

Lilith apparaît dans le monde de Gargantua mais les portes dimensionnelles s'ouvrent. Un esprit renard à neuf queues ouvre sa propre porte dans le monde de Gargantua; Gargantua et son trio de trolls chargent et se retrouvent dans un monde de pièces reliées à de nombreux mondes. Pendant ce temps Lilith et Hazuki arrivent à bord d'un vaisseau spatial de colonisation où un ordinateur s'occupe de toute une cohorte d'enfants dont les parents sont tous devenus "immobiles" et qui est lui-même défaillant et dysfonctionnel. Une planète habitable doit être trouvée bientôt pour la survie des enfants.

Avec l'aide de Lilith, le vaisseau se déforme à portée d'une planète appropriée. Hazuki apprend qu'une incarnation d'Eve appelée Lular est apparue puis a disparu à bord il y a cent ans. Les enfants atterrissent sur la planète avec les échantillons d'ADN des animaux de la Terre ; plus tard, Lilith et Hazuki arrivent dans le jardin de l'univers. Ils rencontrent Gargantua et ses trolls, Mariel, Tamamonomae. Cette dernière enlève facilement le chapeau de Lilith, la réduisant en larmes.

Gargantua, Hazuki et Lilith se disputent tous Jill/Hatsumi/Eve, qui arrête leurs querelles. Elle consent à ce que Tamamonomae lui remette le chapeau sur la tête et disparaît dans la Grande Bibliothèque en conséquence. Il semble que dans la plupart des mondes où elle a été, sa disparition n'a laissé aucun problème majeur - à l'exception des trois qui l'ont poursuivie à travers les mondes. Elle essaie alors de redresser la barre. Gargantua réalise enfin que c'est Ritsuko qu'il aime plutôt que Jill. Il la sauve de sa cellule et remodèle son monde en un monde lumineux et joyeux où lui et Ritsuko, qui semblent avoir été rendus immortels par la porte d'Eve, peuvent vivre heureux ensemble pour toujours.

Lilith s'en prend à Eve pour l'avoir abandonnée dans la Grande Bibliothèque pendant ce qui semble être des dizaines de milliers d'années et Eve essaie de se rattraper. Lilith remarque qu'Eve manque à Hazuki, qui ne semble pas être revenu dans le bon monde du livre. De nouveau seule, Hazuki réfléchit à ses aventures oniriques, mais voit soudainement Hatsumi revenir à la maison. L'histoire se répète, comme une réinitialisation de l'univers, mais Hatsumi ne brille pas et disparaît au coup de minuit. Au lieu de cela, Hatsumi et Hazuki partagent un baiser passionné puis un câlin. Hazuki se réveille le lendemain sans se souvenir de rien, mais remarque les signes de la future renaissance d'Hatsumi en tant qu'enfant.