Hazuki Azuma ha sviluppato un'attrazione sessuale per la sorella maggiore adottiva Hatsumi. Hatsumi, tuttavia, scompare la mattina del suo sedicesimo compleanno. Hazuki va in giro per il mondo alla ricerca di Hatsumi insieme ai suoi compagni, un uccello di lingua dialettale Kansai, Ken, e Lilith con il cappello che conosce Hatsumi con il nome di Eve.

A bordo del treno, Yoko colpisce il colonnello ed è protetta dalla tigre siberiana che porta Adam da lei. Vengono quindi affrontati con la pistola puntata dall'ubriaco e dal capotreno che sono anche spie sotto copertura. Tutti tranne lei vengono uccisi, tuttavia la tigre siberiana è un doppio agente e la manda attraverso la finestra. Yoko si riprende e con Hazuki abbatti la tigre siberiana. Hazuki, che in precedenza aveva aiutato Adam, aiuta Yoko a trovare la bomba e consegna il decoder a destinazione.

Hazuki arriva nella Grande Biblioteca e incontra Lilith, che sviluppa una cotta per lei perché contiene l'essenza di Yami, un tempo protettrice della Grande Biblioteca e amante di Lilith. Hatsumi si rivela essere un'incarnazione di Eve, che Lilith vuole restituire alla Biblioteca. Hazuki accetta senza entusiasmo l'aiuto di Lilith mentre viaggia per i mondi.

Ritsuko sta servendo la principessa Mariel. Mariel si innamora del fascino di Gargantua, ora un alchimista. Il suo tentativo di sacrificarla viene sventato da Ritsuko, ma la principessa viene resa mezza demone e si toglie la vita. Lilith appare davanti a Gargantua e accetta l'anima di Mariel come pagamento.

Hazuki e Lilith raggiungono un mondo preistorico. Lilith viene scambiata per un dio. Una cavegirl di nome Quill sviluppa una cotta per Hazuki, offrendosi in sacrificio. Il vero dio appare ma viene sconfitto da Hazuki; la ricerca è un altro vicolo cieco.

Hazuki e Lilith arrivano su un'isola e incontrano una giovane ragazza, Milka, la sua tigre bianca e la demonessa Seiren. Milka non invecchia e soffre di "terremoti" legati alla Grande Biblioteca.

Milka viene salvata dalla sua tigre bianca. Arya rivela che Seiren era una demone generata da Lilith; Seiren era interessato solo a sfruttare il potere di Milka. Hazuki e Lilith danno la loro barca a Milka e tornano alla Grande Biblioteca, aggiustando il libro strappato e curando Milka. Un lungo flashback mostra la vita di Hazuki e Hatsumi prima della scomparsa di quest'ultimo.

Hazuki salva un simpatico spirito volpe, Meirin, da una banda di samurai in un mondo feudale giapponese. Incontra la principessa Fuji, che sembra identica a Hatsumi, tranne per il fatto che parla. Usa anche lo stesso pettine decorato che aveva Hatsumi, e la leggenda sul pettine è la stessa leggenda di Eva. I ninja intenzionati a ottenere il misterioso potere della principessa Fuji attaccano la villa mentre Lilith e Meirin cavalcano le loro code. Ispirato da Kaguya-hime.

Lilith sventa i tentativi dei ninja di rubare accidentalmente il pettine, mentre un Hazuki caricato salva la principessa Fuji dal ninja capo. Lilith dice casualmente che la presenza del pettine significa che Eve era in questo mondo. Meirin viene convocato nella dimensione di Gargantua perché pensava che avesse il pettine. La principessa Fuji l'aveva effettivamente data ad Hazuki e si abbracciano al chiaro di luna. Un lungo flashback si occupa poi delle conseguenze dell'episodio quattro, quando Lilith ha accettato l'anima di Mariel da Gargantua in cambio di un mondo tutto suo. Rifiuta ancora il suo fascino e decide di trovare Eva, la fonte della vita eterna.

Lilith appare nel mondo di Gargantua ma le dimensioni sono fuori. Uno spirito volpe a nove code apre la sua porta nel mondo di Gargantua; Gargantua e il suo trio di troll si lanciano e si ritrovano in un mondo di stanze collegate a molti mondi. Nel frattempo Lilith e Hazuki arrivano a bordo di un'astronave di colonizzazione dove un computer si prende cura di un'intera coorte di bambini i cui genitori sono diventati tutti "immobili" e che a sua volta sta fallendo e malfunzionando. Bisogna trovare presto un pianeta abitabile per la sopravvivenza dei bambini.

Con l'aiuto di Lilith, la nave si deforma alla portata di un pianeta adatto. Hazuki scopre che un'incarnazione di Eve chiamata Lular è apparsa e poi è svanita a bordo cento anni fa. I bambini atterrano sul pianeta con i campioni di DNA degli animali della Terra; più tardi, Lilith e Hazuki arrivano nel giardino dell'universo. Incontrano Gargantua e i suoi troll, Mariel, Tamamonomae. Quest'ultimo rimuove facilmente il Cappello di Lilith, riducendola alle lacrime.

Gargantua, Hazuki e Lilith discutono tutti su Jill / Hatsumi / Eve, che interrompe i loro battibecchi. Acconsente a Tamamonomae che le restituisce il Cappello alla testa e come risultato scompare nella Grande Biblioteca. Sembra che nella maggior parte dei mondi in cui è stata la sua scomparsa non abbia lasciato grossi problemi, ad eccezione dei tre che l'hanno inseguita attraverso i mondi. Quindi cerca di sistemare le cose. Gargantua finalmente si rende conto che è Ritsuko che ama piuttosto che Jill. La salva dalla sua cella e rimodella il suo mondo in uno luminoso e allegro in cui lui e Ritsuko, che sembrano essere stati resi immortali dalla Porta di Eva, possono vivere insieme felici e contenti.

Lilith si scaglia contro Eve per averla abbandonata nella Grande Biblioteca per quelli che sembrano essere decine di migliaia di anni ed Eve cerca di farsi perdonare. Lilith nota che Eve sente la mancanza di Hazuki, che sembra non essere tornata nel mondo dei libri corretto. Di nuovo sola, Hazuki riflette sulle sue avventure oniriche, ma improvvisamente vede Hatsumi tornare a casa. La storia si ripete, come un universo resettato, ma Hatsumi non si illumina e non scompare allo scoccare della mezzanotte. Invece Hatsumi e Hazuki condividono un bacio appassionato e poi una coccola. Hazuki si sveglia il giorno successivo senza ricordare nulla, ma nota i segni della futura rinascita di Hatsumi come sua figlia.