Certa vez, um fabricante de saquê perdeu o caminho de casa e se deparou com uma estranha cerimônia. Lá, ele provou um saquê doce e brilhante que nunca foi capaz de esquecer. Anos depois, seu filho seguiu seus passos e está tentando preparar um saquê que combine com o de seu pai. Quando ele também se depara com uma cerimônia noturna, ele finge fazer parte dela, conhecendo Ginko durante a ocasião.

Perto de uma aldeia à beira-mar, uma menina vive com o pai em um penhasco isolado. Ela quer fazer amigos, mas seu pai, por algum motivo, não quer que ela se relacione com o povo da aldeia. Quando Ginko chega, ele encontra um mushi que é um presságio de desastre. Será que o pai da menina conseguirá perdoar os acontecimentos passados ​​e ajudar a aldeia?

Ginko visita uma vila onde neva a maior parte do ano para estudar mushi de neve. Ele encontra um menino com uma doença estranha que faz com que neve caia sobre ele perpetuamente. Ele se tornou insensível ao frio e o calor é doloroso para ele. É perigoso para ele se expor tanto ao frio, mas ele nem parece se importar.

Ginko encontra uma jovem sendo seguida por uma criatura aquática misteriosa. A mulher fica fraca e sua família acredita que seja uma doença de amor. Ginko revela a verdade sobre o mushi ligado a ela, mas a mulher deve decidir entre entregar seu corpo ao mushi ou dissipá-lo e continuar vivendo.

Ginko conhece uma mulher de beleza marcante que carece dos cinco sentidos e segundo o homem que cuida dela, tem mais de 80 anos e mora com sua família há gerações. Ao investigar o mushi responsável por isso, Ginko descobre um segredo ainda mais sombrio envolvendo os dois.

Uma mulher que sofre de um mushi do tipo água decide usar sua condição para ajudar os necessitados.

A bordo de um barco, Ginko conhece um jovem que desenvolveu uma conexão com um bando de mushi do tipo pássaro, capaz de criar vento.

Ginko cai inconsciente em uma montanha nevada. Ele é ajudado por moradores locais que de alguma forma conseguem cultivar seus campos apesar do clima, principalmente por causa de um trabalhador com resistência inabalável. Mas a que custo vem esse vigor?

No caminho para responder a uma convocação, Ginko está preso em uma montanha que foi selada pelo senhor da montanha e está passando por um inverno eterno por causa de alguns mushis de neve presos. Por que o senhor da montanha selou a montanha e como Ginko escapará deste inverno eterno?

Após seu encontro com Nui e antes de se tornar um mushishi, o jovem Ginko se deslocava de um lugar para outro, devido à sua condição de atrair mushi. A certa altura, ele foi instruído e cuidado por um mushishi chamado Suguro, nas terras de um moribundo Senhor da Montanha. Ginko se pergunta sobre seu lugar no mundo e sobre a ordem natural, enquanto Suguro se preocupa com o fato de o novo Senhor da Montanha ainda não ter aparecido.

Um homem sente algo vagamente familiar, mas assustador, ao sentir o perfume das flores à noite. Já velho, caminhando pela floresta, encontra um túnel e é obrigado a entrar nele. Ao passar por isso, ele relembra acontecimentos importantes de sua vida até aquele momento, mas parece que há algo que ele não consegue lembrar. Talvez, há muito tempo, a visita de um viajante em busca de abrigo em um dia chuvoso pudesse ajudar a esclarecer o sentimento de inquietação que ele tem.

Ao anoitecer, prestes a voltar para casa depois de brincar com os amigos, uma jovem chamada Akane encontrou uma sombra sem lançador. Nesse mesmo dia, ela desapareceu. Vários anos depois, Ginko conhece a história de Mikage, uma garota que apareceu sem memórias na aldeia de Akane logo após o desaparecimento desta.

Yura e Sumi, a zeladora da primeira, eram amigas íntimas. Eventualmente, quando eles foram separados, Yura ainda podia sentir a presença de Sumi. No entanto, sempre que isso acontecia, ela se tornava uma concha vazia, preocupando o pai. Ao saber do caso, Ginko passa a aconselhá-los, já que a condição é causada por um mushi que pode conectar a mente das pessoas.

Um menino chamado Gen incomoda seu pai por ser muito rude com outras crianças, que o importunam por causa de sua mãe ausente. A criança, forte demais para sua idade, também afirma ser capaz de ver criaturas estranhas que ninguém mais vê. Quando Ginko chega à casa de Gen, a história por trás da força de Gen é revelada quando o mushishi conta o dia em que conheceu uma mulher que teceu uma misteriosa roupa sem costura.

Izumi está sozinho em um mundo que reflete o nosso. Tendo esquecido como chegou lá, ela permanece presa enquanto sua família procura em vão. Seu pai acredita que ela foi sequestrada, enquanto sua mãe e sua irmã Mizuho acreditam que ela ainda está dentro de casa, embora não possam vê-la. Ginko atravessa o outro mundo para tentar salvá-la.

Ginko conhece Yuuta, um menino que é excelente em nadar e pescar, mas tem mãos palmadas e pele fria. Depois de descobrir a afinidade anormal do menino com a água, ele decide tratar o mushi da chuva que causa seu comportamento estranho.

Vários relâmpagos foram observados atingindo a mesma árvore e Ginko investiga. Ele conhece um garoto estranho que atrai raios para si devido à influência de um mushi. Sua mãe acredita que ele está fazendo isso para irritá-la e luta contra o fato de não amar seu filho.

A filha de Shigeru (Yuri) é encontrada morta nas montanhas. Uma dolorosa infecção de pele surge em sua aldeia. Ginko pode curar a doença dos aldeões, mas Shigeru tem um caso muito mais sério. Acontece que ele e o filho de seu falecido irmão trouxeram de volta o mushi que causava o problema para a aldeia quando quebraram um tabu.

Um homem inquieto, Kanta, voltando para casa com sua esposa e filha (Futaba), senta-se para descansar em uma floresta. Ele está cansado e com sede, então come uma fruta vermelha que estava no chão perto dele e agradece à ameixa. Algum tempo depois disso, ele começa a ter lembranças vívidas, tanto em seus sonhos quanto enquanto acordado, de tempos anteriores ao seu nascimento. Ele sai em busca de uma árvore enorme, mas encontrá-la não o deixa feliz.