Alors qu'elle sort tout juste de prison pour un crime qu'elle n'a pas commis, Kuniko, jeune fille rebelle et impétueuse retourne à Duomo où sa grand mère compte sur elle pour devenir le nouveau chef du Metal-Age... Mais Kuniko, soutenue par son amie et protectrice Momoko, semble vouloir n'en faire qu'à sa tête…

Kuniko et ses comparses tentent de trouver les commanditaires de l'attaque menée sur Duomo. Ils décident pour cela de s'aventurer dans la jungle d'Ikebukuro, d'où l'attaque semble avoir été lancée. Sur place, ils se retrouvent nez à nez avec l'armée, elle-même en pleines recherches…

Miiko a tiré le bon numéro à la loterie, décrochant ainsi un ticket pour Atlas. Alors que Kuniko, Momoko et d'autres se réunissent pour fêter son départ, Takehiko part en mission pour détourner un train de marchandises d'Atlas. Lors de la distribution des vivres, des dissidents du Metal-Age s'en prennent à Takehiko et à ses camarades, les accusant d'avoir attiré les foudres de l'armée sur eux. Troublée par ces critiques, Kuniko décide d'infiltrer Atlas, afin de voir et de comprendre ce contre quoi elle lutte...

Bouleversée par sa visite à Atlas, Kuniko cherche un moyen efficace de prendre part à la lutte. Elle propose alors aux membres du Metal-Age de vendre une partie des ressources en graphite de Duomo, afin de constituer le pécule et le stock d'armes nécessaires à leur combat. Ayant obtenu l'accord de Nagiko et de Takehiko, Kuniko et Momoko se dirigent vers Akiba, réputé comme étant le plus grand marché au noir de l'Asie...

Alors qu'elles font affaire avec un revendeur d'Akiba, Momoko et Kuniko se trouvent nez à nez avec Kusanagi, Major de l'armée japonaise déjà rencontré lors de leur mission dans la jungle d'Ikebukuro. Curieuses de savoir ce que l'armée manigance, Momoko et Kuniko mènent donc leur enquête, aidées par les Trois papis d'Akiba...

Alertées par des mouvements suspects qui troublent les marchés du carbone, Kuniko et Nagiko tentent de percer à jour le secret du Serpent, système surpuissant à l'origine du chaos...

Kuniko se fait arrêter par Sôichirô, sur les ordres de Ryôko qui cherche en réalité à approcher la jeune fille. Pour se faire pardonner d'avoir envoyé Kuniko en prison à sa place deux ans auparavant, Tomoka décide de l'accompagner. Au centre de détention, Kuniko et Tomoka font la rencontre de la nouvelle meneuse, Rena...

Sur le chemin du retour vers Duomo, Kuniko, Tomoka et Momoko croisent la route de Dame Mikuni et de sa cour. Momoko est alors capturée et emmenée sur Atlas où Sayoko lui réserve un traitement spécial...

Désemparée et abattue par l'absence de sa confidente et amie Momoko, Kuniko sombre dans la tristesse et le mutisme. Au même moment, sur Atlas, Momoko subit l'interrogatoire musclé de Sayoko qui tente désespérément de percer le mystère de l'identité du transsexuel. Mais le pouvoir de l'amour semble avoir raison de tout...

Enfermée dans sa tour d'ivoire, Karin vit dans la crainte du monde extérieur et des gens qui le peuplent. Pourtant, elle ne rêve que d'une chose : sortir, ne serait-ce que pour passer un moment avec ses parents qui lui manquent tant. Un jour, un mystérieux jeune homme lui apparaît...

Devenue Premier Ministre du Japon, Ryôko annonce le gel du projet d'émigration de la population vers Atlas, prétextant que la construction d'Atlas a pris du retard. Révoltée, Kuniko prend une décision radicale : elle veut mener le Metal-Age à envahir Atlas...

Fraîchement nommée chef de Metal-Age, Kuniko se lance à l'assaut de la ville d'Atlas, épaulée par ses fidèles compagnons Momoko et Takehiko, auxquels s'ajoute une nouvelle recrue, K.D., qui pilotera le vaisseau qui transportera les troupes...

Kuniko et ses compagnons ont enfin réussi à entrer dans Atlas. Ils comprennent alors que la ville est recouverte d'un blindage mimétique qui lui permet de se métamorphoser perpétuellement. Ainsi, Kuniko et les autres se retrouvent dans le décor du Tokyo d'avant séisme...

L'étau se resserre autour de Kuniko et de ses hommes. Dos au mur, les rebelles se voient contraints d'accepter l'accord de cessez-le-feu que leur propose le gouvernement, épaulé par Sergei Tarsian. Tandis que ses hommes quittent Atlas, Kuniko et Momoko se réfugient chez Haruko, qui s'avère être la mère du lieutenant Kusanagi...

Les rebelles de Metal-Age et le gouvernement font parallèlement d'importantes découvertes sur une plante appelée le Daedalus. Capables de projeter des balles et émettant un gaz hautement toxique, les Daedalus empoisonnent la vie des habitants de Duomo. Kuniko et Momoko décident alors d'en venir à bout, mais depuis que Takehiko a disparu, rien ne va plus...

Après avoir été obligée de bannir sa grand mère de Duomo, Kuniko découvre que Takehiko, l'un de ses plus fidèles compagnons, était en réalité un membre de la société Atlas missionné pour la surveiller. Désillusionnée, Kuniko décide de s'engager de plus belle dans son combat contre Atlas. Mais les plantes Daedalus gagnent du terrain, à tel point qu'il sera bientôt impossible pour les êtres humains de vivre sur Terre...

Afin d'éradiquer les Daedalus de la ville, Kuniko et le Metal-Age prennent une décision radicale : brûler Tokyo tout entière. Pour mener leur plan à bien, Kuniko demande de l'aide à Karin, qui lui louera les bombardiers, ainsi qu'au premier ministre Naruse. Kuniko espère en effet que cette dernière acceptera que la population se réfugie à Atlas pendant les bombardements. Mais les négociations s'annoncent difficiles...

L'opération d'éradication des Daedalus est lancée. Toute la population s'est réfugiée sur Atlas. Le cœur serré, Kuniko , Momoko, Nagiko et tous les habitants de Duomo font leurs adieux à cette ville qui contient tant de bons et de mauvais souvenirs...

Deux semaines après les bombardements, Kusanagi fait part à Kuniko d'une découverte qu'il a faite : des lignes formant un motif occulte sont tracées de part et d'autre des terres brûlées de Tokyo. Alors que la genèse du projet Atlas commence à se révéler, Kusanagi se fait voler sa dague sacrée...

Dévastée par la mort de Miiko, Mikuni se décide enfin à rejoindre Atlas pour devenir l'héritière légitime, et ainsi venger la mort de son amie. Pendant ce temps, Karin et Kuniko unissent leurs efforts pour tenter d'arrêter Medusa, devenu incontrôlable au point de compromettre l'avenir de la planète...

Kuniko retourne à Atlas pour persuader Mikuni de la laisser utiliser Zeus, seul ordinateur capable d'arrêter l'incontrôlable Medusa. Sans cette intervention, le monde pourrait bien vivre ses derniers instants. Mais Ryôko se met en travers de son chemin...

Ryôko et Mikuni se dirigent vers la Forêt Eternelle afin d'introniser Mikuni comme héritière d'Atlas. Alors que Kuniko et ses compagnons tentent de les arrêter, Karin et son équipe mettent tout en œuvre pour arrêter Medusa. En vain...

Kuniko mène sa dernière grande bataille pour sauver le monde et l'avenir de ses habitants. Malgré de bouleversantes révélations sur son histoire et sur celle de ses proches, la jeune fille s'élance corps et âme dans le combat, soutenue par tous ceux qui l'aiment et qui croient en elle...