In einer postapokalyptischen Zukunft ist das in Ruinen liegende Japan weitestgehend in Grün gehüllt. Die Regierungen auf der Welt regulieren den Ausstoß von Kohlenstoffemissionen mit eiserner Hand, was zu einem noch stärkeren Gefälle zwischen den Klassen führt. Die Reichen leben in der utopischen Stadt Atlas, während die Armen in den Ruinen und Wäldern in behelfsmäßigen Städten leben müssen. Doch unter denen gibt es eine Organisation namens Metal Age, die sich dem widersetzt. Deren zukünftige Anführerin Kuniko Hojo kehrt nach einem zweijährigen Gefängnisaufenthalt wieder zurück, was die Ereignisse ins Rollen bringt.

Duomo wird von einem unbekannten Feind unter Beschuss genommen, woraufhin Kuniko und Metal Age die Zivilisten zu evakuieren versuchen. Später finden sie heraus, dass der Angriff wahrscheinlich aus dem alten Ikebukuro kam. Also machen sich Kuniko und die anderen nach Ikebukuro auf, um mehr über den Feind herauszufinden. Doch Ikebukuro ist mittlerweile zu einem sehr gefährlichen Ort geworden …

Um das Chaos an den Kohlenstoffmärkten zu beseitigen, will die japanische Regierung in Zusammenarbeit mit Ishida Finance Orochi erledigen. Dafür haben sie sich einen gewagten Plan ausgedacht. Unterdessen wird Kusanagi für den Verlust des kostbaren Prototyps zur Rechenschaft gezogen. Er wird zu Mikuni geschickt, um sich dort ihrer Prüfung zu unterziehen.

Kuniko soll im Gefängnis hingerichtet werden. Als ihre Freunde aus Duomo davon erfahren, überlegen sie sich, wie sie Kuniko da rausholen könnten.

Kuniko kehrt aus Atlas zurück und konfrontiert ihre Großmutter. Unterdessen entschließt sich Mikuni dazu, Miiko aus den Fängen der Atlas Corporation zu befreien.

Mikuni ist in Atlas angekommen und kurz davor, zur Erbin von Atlas zu werden. Kuniko, Momoko und Kunihito versuchen sie aufzuhalten. Unterdessen tickt die Zeit, denn Medusa ist im Begriff, einen weltweiten Atomkrieg zu entfachen.

Kuniko nimmt die Verfolgung von Ryoko und Mikuni auf, doch wird von Kunihito bedroht. Was steckt hinter dem plötzlichen Verrat? Unterdessen versuchen karin und die anderen weiterhin Medusa aufzuhalten. Doch jemand Unbekanntes mischt sich ein.

Kuniko's arrival stops Mikuni from drawing the bejeweled spear and Ryoko states how impressed she is that Kuniko made it this far. She challenges Kuniko to pull the spear out herself. When Kuniko refuses, Ryoko takes Mikuni hostage and threatens to kill her, forcing Kuniko's hand and revealing that Kuniko and Mikuni are actually sisters and that their birth mother is no longer alive, but not exactly dead either. It is revealed that Kuniko and Mikuni were artificially created and that Kuniko is in fact a clone of Himiko, the mummy of the goddess discovered beneath Atlas. It turns out that Ryoko's body is failing her and she intends to invade the body of the new successor. Outside, a figure resembling Takehito expresses his disgust at the use of human lives to construct Atlas just before setting off a chain of chemical bombs. MEDUSA has gained complete control of the computer systems. Kuniko is forced to draw the spear in an attempt to stop MEDUSA from starting a nuclear war, but she's too late, as nuclear missiles are launched all across the world, launching incomparable amounts of dust into the already weakened atmosphere. MEDUSA himself predicts a nuclear winter with dropping water levels and temperatures everywhere and finally relaxes, convinced that he's safe at last. But his plans are breached when he opens the floodgates of the islands, thinking them useless and releases a tidal wave crashing toward him. It turns out that the missiles launched were a ruse to get MEDUSA's guard down and release the floodgates holding the water back. MEDUSA drowns in the rising floodwaters and Karin mourns his and her parents' deaths. Angered at the breach in her plan, Ryoko attempts to take over Kuniko, but Kuniko mocks her and a brief skirmish ensues, ending with Kuniko impaling Ryoko on the spear. Ryoko perishes and her life energy is absorbed by Zeus trying to revive Himiko. Sayoko appears in the catacombs, shaken but unharmed. Kuniko is carried away by the spear to the heart of Zeus where she meets Himiko, a duplicate of herself. Himiko plans to use all ten million citizens of earth to revive herself. Kuniko and Himiko face off, fighting for the future of the world. Kuniko's boomerang slices through the heart of Zeus, shutting the system down and banishing Himiko. Down in the catacombs, Miiko appears to Mikuni with the spirits of Hiruko and all of the sacrificed children. Miiko tells Sayoko to take care of Mikuni and then removes Mikuni's cursed power, as well as her illness. Karin laments the loss of her money, of MEDUSA and of her parents and Klaris and Zhang make their first appearances, claiming to have been worried about their friend, Karin. Karin brings out the microchip that was MEDUSA and it suddenly manifests as a miniature version of the previous program, which Karin reveals as MEDUSA's baby. It quickly recognizes her as 'mommy'. Zhang says that this time, they'll raise it properly. Atlas is destroyed and Kuniko and Kunihito gaze out over the horizon. Kuniko states her dream of creating a Shangri La.