ヒロイン・北条國子は地上に置き去りにされた難民たちの希望の星として、女子鑑別所から出所する。街を蹂躙する戦車を相手に國子のブーメランが宙を舞う。彼女の孤独な闘いが始まる!

旧池袋地区から砲弾がドゥオモに撃ち込まれる。パニックになる住民たちに國子は事態の鎮圧と調査に向かう。その影で巨額の富を得る少女・香凜が微笑み、従者を弄ぶ平安調の幼女・美邦が現れる。役者は揃った。樹海と化した東京で、すれ違う謎と想いが戦火を呼ぶ……。

暴走したオロチによって、炭素経済は崩壊の危険にさらされていた。國子は凪子と共に対策に奔走する。一方、草薙は美邦の待つ月宮殿へ招待される。草薙の持つ剣と美邦の剣が互いに呼び寄せたのか!?

責め苦に耐え抜いた國子に待っていたのは、｢死刑｣という最悪の決定だった。“國子死刑”のニュースは日本中を飛び交い、メタルエイジによる必死の國子奪回作戦が始まる!

国連からの撤退決議に従う國子。これは敗戦なのか!? 心配する周囲の目を避け、國子が向かった総裁室で國子は凪子追放を言い渡す。一方、今までの謎の砲撃は驚異的な進化を遂げた植物｢ダイダロス｣であることが判明する。國子達はその調査に向かったのだが、途中、武彦が姿を消す……。

ミーコへの復讐を果たすため、アトラスの後継者になる意志を固めた美邦は、アトラスへの階段を登っていく。香凜は暴走したメデューサを止めるべく手を尽くすが、その努力ももはや限界を迎えつつあった。一方、國子もメデューサを止めるためアトラスへの階段を登る。そこで待ち受けていたものは……。

涼子に導かれ、アトラスの心臓部へ向かう美邦。軍事ネットワークに侵入したメデューサは世界各国の核サイロを開こうとする。残された時間はあとわずか。もはや人類に残された選択肢は、アトラスのスーパーコンピューター｢ゼウス｣を意のままに操れる後継者しかない。美邦と國子、すれ違う想いが世界の命運を握っていた。

世界崩壊へのカウントダウンが始まる中、鳴瀬涼子から彼女の真の目的、そのすべて明かされる。ちりばめられた点が線につながった時、倒すべき敵は誰なのか、世界創造の謎、そして未来への鍵が見えてきた!國子は最後の戦いに向けて、ブーメランを握りしめる。すべての人の理想郷土を目指して……。