Cincuenta años han pasado desde que Jack llegó en el futuro; la espada no se encuentra, se ha perdido la esperanza de volver a su tiempo, y es atormentado por alucinaciones de sus padres, su reino, y una misteriosa figura a caballo. Jack rescata a una madre y su hija de varios robots, y vaga por la tierra en una motocicleta. Scaramouche -un robot parlanchín asesino de estilo musical- ha destruido un pueblo y mató a toda su gente para llamar la atención de Jack, quien lo destruye. Mientras tanto, siete chicas jóvenes son criadas y entrenadas desde su nacimiento para convertirse en las Hijas de Aku, un equipo de asesinos de élite con el único propósito de matar a Jack.

Aku se ha cansado de perseguir a Jack y está empezando a perder la esperanza de volver a derrotarlo, desde que Jack ha dejado de envejecer. Las Hijas de Aku se enfrentan a Jack, lo abruman y desarman; al tiempo que se oculta de ellas, Jack alucina una discusión con él mismo sobre el punto de mantenerse con vida y de luchar. Él huye a las ruinas de un templo cercano, perseguido por las hijas de Aku, en uno de los pasillos una de ellas le apuñala con una daga en el costado, siendo asesinada por Jack en el acto. Horrorizado, al descubrir que la víctima no era como las demás máquinas al servicio de Aku, sino humana, Jack destruye parte del templo y se escapa en un río. El clímax del episodio es un homenaje a "The Ecstasy of Gold".

Después de las Hijas de Aku han seguido el rastro de Jack al río exigen que se muestre, Jack les da una última advertencia antes de que comenzar una épica pelea.

Con la furiosa y reacia ayuda de Ashi a su lado, Jack busca un escape de una criatura gigantesca que los ha tragado enteros. ¿Sus interacciones con el Samurai le revelarán a Ashi la luz del verdadero enemigo del mundo?

El escocés y su clan luchan contra Aku. Mientras tanto, Jack y Ashi trabajan juntos para salvar a un grupo de niños esclavos de ser cosechados como la fuente de energía para un monstruoso Mega-Robot.

La búsqueda de Ashi por Samurai Jack le ayuda a ver el efecto positivo que ha hecho en el mundo después de encontrarse con numerosas personas y lugares donde ha cambiado las cosas para mejor.

Jack y Ashi tienen que superar una serie de pruebas intensas; Tanto físicas como espirituales, para recuperar la espada mística de Jack del infinito abismo.

La creciente relación entre Jack y Ashi toma un giro después de que son cazados por una de las criaturas más mortíferas de la galaxia.

El peor miedo de Samurai Jack se hace realidad cuando se enfrenta a Aku; El demonio hace un sorprendente descubrimiento sobre Ashi que la pone en grave peligro.

El destino de todo el universo entra en juego mientras Jack se enfrenta a Aku.