真宫寺樱带著很兴奋的心情来到帝都，因为从今天起 她就要开始为保护帝都而战，正式成为帝国华击团的一员 ，不过当她来到帝国华击团总部的时候，却发现那里不仅是总部，还是一座剧场。由于人生地不熟的缘故，樱不慎扰乱了花组的演出，所以大家对她的态度都非常冷淡；更糟的是，还使得光武因为樱的灵力感应而暴走，把帝国华击团总部搞得乱七八糟……

对於自己的灵力使光武发生暴走这件事，樱感到非常害怕而沮丧，因此便悄悄地离开了帝国华击团在街上流浪 ，所幸小虎这个小男孩的妈妈好心收留了她。此时，黑暗势力所派出的协侍在帝都的街上大肆破坏 ，眼看著小虎的妈妈即将陷入险境，樱终于明白自己真正该保护的是帝都所有的民众，於是便勇敢起身拔剑出鞘， 挥刀向巨大的协侍砍去……

樱终於正式加入了帝国华击团，不过由于无法控制自己的灵力，因此一直无法随心所欲操纵光武，以致在训练的时候吃尽了苦头。为了加强樱的训练，米田司令要求樱开始加入花组的演出，然而樱却始终不明白演戏和作战到 底有什么关系。协侍又再度袭击帝都了，眼看着玛莉亚与堇都驾机出动迎敌，樱不顾米田司令的反对，坚持要驾驶光武参加作战……

为了促进帝国华击团的战力整合与团结，米田司令准备寻找一名男性的新队长加入花组，因此便利用海军与神崎重工的武器实验时，藉机观察候选人加山雄一的表现。不料，海军在实验时突然发生意外，所幸大神一郎少尉勇敢挺身驾驶光武化解了这场灾难，米田意外发现大神拥有极高的灵力，於是便决定由大神来担任帝国华击团的新队长……

大神少尉才刚到任帝国华击团，大家都对他的加入都 感到很不习惯，尤其玛莉亚对於自己被解任一事更是无法释坏。米田与菖蒲前往一处秘密基地参与梦组解剖协侍的 任务，不料却引来邪灵与协侍突破封印来袭，为了拯救长官，大神队长率领花组急赴秘密基地，然而这次的对手比 起以前的实在是强太多了，再加上花组成员的战力无法整合，因此被打得落花流水……

由于上次的任务中被协侍打得非常凄惨，所以大家都 觉得非常气愤与不甘心。为了要增加整体团队的作战实力 ，米田司令紧急召回在花屋敷支部的李红兰与桐岛环奈归队 。李红兰对於光武一直有著一份异於常人的感情，长年埋首於光武开发技术的研究，她告诉樱：光武不只是一具机械，只要越是了解光武的心、越是喜欢光武，光武就可以发挥更大的战力……

为了增进队员的默契，大神队长要求花组的成员必须每天一起吃饭，可是除了樱以外，其他的成员却都显得兴趣缺缺的样子，大家都提不起劲来。花组的另外一名成员桐岛环奈一归建到队上，就很赞成大神队长作法，并提议大家一起作菜来培养默契，於是一群女孩子就这样吵吵闹 闹忙成一团，好不容易到终於完成的时候，警报声却突然 响起，协侍又出现了……

花组即将演出一出非常特别的戏码，所以大家拼命的 展开练习，而樱也为了这场演出放弃回老家祭拜父亲，非 常投入地苦练；不过，樱却一直无法跟上大家的脚步，这 一点让脾气娇纵的小堇十分不愉快，甚至还扬言要退出演 出。直到小堇看到每一个人为了明天的演出，都是如此的 努力付出，不禁深受感动，不但决定重新加入演出，还主 动教导樱的练习……

加山在前去调查黑之巢会时，遭到刹那与罗刹等的攻 击，大神为了拯救加山不顾危险折返敌境，不慎被刹那俘 虏。花组的成员虽然十分著急，但由於不知道大神所在的 确切位置，只好依指示在总部待命；然而，月组与梦组所 派出去的搜查小组却接连在途中失去音讯。就在这个时候 ，玛莉亚与樱突然不见了，原来她们已经不顾上级命令私自出发 去解救大神队长……

有一天，环奈突然告诉大家将有一个很大的台风会来 袭，虽然大家半信半疑，不过後来在气象台的证明之下， 大家终於相信环奈的话。台风真的来了，而且还是个超级的大台风，根据评估，帝都所有的建筑物根本承受不了如此大的风速，於是紧急避难警报随即发布。就在整个帝都都进入混乱状态，而花组成员也忙得焦头烂额时，环奈却又说台风不会来了。原来，台风是黑之巢会制造的……

花组准备展开为期一个礼拜的集训，由於平常大家都忙著於舞台剧的练习，所以没什麼时间做密集的训练，刚好趁这次的机会好好锻鍊大家的体魄。在演训的过程中火山突然爆发了，红兰与樱因而被困在山上，樱在发现红兰受伤无法动弹後坚持要留下来，因此遭红兰严厉的斥责， 於是樱只好依依不舍独自下山求援，而此时的火山仍随时有再度喷发的危险……

爱莉丝的生日到了，虽然收到父母从法国寄来的礼物 ，可是爱莉丝似乎不是很快乐的样子。由於日本并没有开西式派对庆祝生日的习惯，这使得原本满心期待的爱莉丝 因此非常失望。後来大家终於察觉到爱莉丝的愿望，於是 便办了一个热闹的生日派对为爱莉丝庆祝，谁知道爱莉丝不接受这个生日派对。原来爱莉丝曾有一段凄惨不幸的过去……

少女的决心 在浅草地区突然出现了一座由黑之巢会派出的怪物聚集起的高塔，整座高塔散发出极为强大的邪恶灵力。为了要消灭敌人，大神率领樱、堇与环奈攻入塔内，然而由於高塔内部机关重重，光武的状况似乎很 不对劲，再加上敌人擅用人性弱点的心理战术，花组的整 体战力乃被分化殆尽，最后只剩下堇后樱先后抵达最高楼层，与敌人展开决战……

花组终于找到敌人制造协侍的基地，所以决定主动出击去消灭协侍的巢穴。然而就在大神率领 队员进入基地后，随即遭遇敌人的伏击，神出鬼 没的敌人不但声东击西分散了花组的战力，更轻 而易举地将大神等人的座机摧毁，花组的成员可说是个个命在旦夕。此时，一直不愿意驾驶光武的爱莉丝，由于不忍心看到夥伴们如此痛苦，终于登上光武前去救援……

樱的宝剑荒鹰在作战的时候磨损了，因为这把剑是樱的父亲的遗物，对樱而言就如同精神 支柱一般，为了不使樱的破邪灵力受到影响，因 此米田司令要求大神陪樱回仙台真宫寺家一趟， 希望能使荒鹰恢复原状。为了修复宝剑，樱必须 通过家族中一个秘密仪式的严酷考验；在仪式开 始不久，樱竟然看见父亲持刀的身影，为了通过 这个考验，樱似乎必须与父亲一战……

四百年前，人类为了得到魔界的力量而作了大 胆的实验，然而由於实验的失败，使得近五万居民伴随葬生海底，众多亡者的怨念乃化成魔物群起肆虐，从此帝都便出现了许多妖怪。为 铲除这些长期作乱的妖怪，米田、菖蒲、山崎真之介、真宫寺一马组成了一支只有四个人的降魔镇压部队；某日，这些妖怪突然融合在一起，为要拯救世人，樱的父亲一马决定牺牲自己……

樱带着刚修好的荒鹰宝剑，重新回到帝国华击团了，再加上终於肯驾驶光武作战的爱莉丝， 花组的实力可说是越来越为坚强。据情报显示， 敌人又再度展开了行动，花组成员随即驾机进入 战斗位置，樱在这次的战役中奉命担任攻击的中 心，负责解决敌方的首领；然而在小堇得知此役 敌方的首领是红弥勒後，竟不顾原先上级的任务编配独自深入敌阵，终於陷入了险境……

为了提升樱的灵力表现，米田司令决定由樱来担任下一出公演作品《灰姑娘》的主角，这使得 向来只在剧团中担任配角的樱十分紧张，因此在 排演时一直错误百出，再加上小堇严厉的批评， 樱在承受不了压力的情况下，整个人已陷入几乎精神崩溃的边缘。公演的日子终於到了，观众席 上早已万头钻动，眼看着舞台的布幕即将拉起， 樱却将自己关在休息室中不愿上台……

经过上次的作战，花组发现用一般的战术根本就无法对付敌人，所以司令米田就要求队长大神 构思一个全新的阵形，希望能将大家的灵力发挥 到最高境界；然而经过无数次的练习，米田司令 对於花组的战力表现仍不满意，大神不由得对自 己的能力失去了信心。花组在找寻天封海的任务中遭遇敌袭，大神随即命花组成员以破邪阵形迎战，不料还是被敌人轻易地击溃了……

樱自从成功演完《灰姑娘》后，在灵力的表现上也出 现了明显的进步。有一天，樱在路上与葵叉丹相遇，不过樱却根本不晓得。樱在接受葵叉丹所送的护身符后，开始变得很奇怪，不但灵力下降，甚至像中邪似地攻击花组成员。菖蒲毁掉护身符后，樱恢复了正常……

由于与黑之巢会的作战并没有很大的成效，再加上接 连失去了三个天封石，眼看著邪魔天海复活的日子将近， 情况已越来越紧迫，因此贤人机关便向米田施压，甚至希 望米田能让樱像一马一样牺牲自己的性命来拯救帝都。为 了不让这种事再度事发生，米田决定自己担负起所有的责任，只身前往与葵叉丹一决胜负，准备牺牲自己的性命与 葵叉丹同归於尽……

米田虽然想要牺牲自己封印葵叉丹，不过显然并没有 成央A而在菖蒲副司令的刻意隐瞒下，花组队队员也丝毫 不知道米田司令的事。帝国剧院内部突然出现为数众多的协侍反应，原来是葵叉丹率领手下大举进攻华击团总部，准备将花组一举歼灭；至此，一直把山崎当作偶像崇拜的红兰，终於发现山崎居然就是葵叉丹，所以感到非常失 望。由於敌军来势凶猛，菖蒲只好下令撤离帝国剧院……

由於黑之巢会攻陷了帝国剧院，所以花组只好 暂时撤至花屋敷支部，并将此地作为临时总部；然 而这个前所未有的大挫败使得花组成员个个心浮 气躁，而红兰也因为长久以来所坚持信念的破灭 ，沮丧地失去了奋斗的意志。就在花组上下乱成 一团之际，协侍竟又从四面八方向花屋敷支部来袭 ，花组虽企图以人造天封海引诱协侍予以围击， 但仍阻挡不了花屋敷遭入侵的命运……

花屋敷支部在这场战役中被彻底的摧毁，而花组的光武 也遭到严重的损坏，所以一行人只好前往神崎重工求助。 上野地区出现了一座巨大的秽土城，此时的帝都已呈 现一片败乱之象，看来天海复活的命运已无法避免。贤人 机关为了消灭黑之巢会，竟决定要爆破整个帝都，而花组 在神崎重工虽获得翔鲸号这个秘密武器，但若不能及时歼灭秽土城，帝都将无法逃过被毁灭的厄运……

花组与黑之巢会的决战已经进入最後的尾声，帝国华 击团的月组、梦组、风组全体通力合作，奋力将花组成员 送入秽土城，而葵叉丹随即派出黑暗势力中最强的机械兵器神威，与花组的光武兵团展开一场激战。神威是以帝都这块土地上无穷的憎恶、忌妒、仇恨、欲望等怨念为能量来源，其威力可说是无限大，因此纵使花组使出 了破邪之阵也无法伤其分毫，花组久攻不下渐露疲态，已逐步陷入危险的境界。最后，花组终于把神威击毁了……

由《樱花大战》改编的动画电影《樱花大战：活动写真》。内容讲述帝都花组队长大神一郎，远赴法国担任巴黎(巴里)华击团队长之后，帝都花组迎来了新团员——前星组队长拉奇特(ラチェット・アルタイル、Ratchet Altair)，拉奇特的个人主义作风，与花组讲求合作的做法形成强烈对比。剧情最大主线，在于军方图以新研发的无人驾驶人型蒸汽机取代花组，令花组陷入了解散危机。