农大一年级新生泽木直保具有能看见菌的特殊能力。他发现学校某块地里不断喷出大量菌，而且学校里行踪不明的女学生长谷川遥的姓名牌正插在那块土地上，大骚动~~！！这时突然出现一个老人，他居然就是树庆藏！

日本酒的天敌火落菌大量出现！泽木揪出了在学校内私自造酒的犯人川滨和美里。私自造酒失败欠下大量现金的两人将怎样利用泽木的能力赚回酒馆的集资呢？

正在进行菌的培养的川滨和美里遭遇到有洁癖的及川，灭菌活动将发生怎样的波折呢？另一方面，树教授准备新建发酵仓并向大家演示了造酒过程，泽木的能力会带来怎样的影响呢？

背着各种发酵食品的武藤从陆路回国啦，这位外形亮丽的女生就是深受农大男生们的欢迎的女神。但是，泽木发现武藤带回来的不止是发酵食物，还有病菌！农大中毒事件就此拉开帷幕…………..

由一个全身着黑衣的怪人集团农士会举办的农大春季庆典正式开始啦！完全体现农大精神的活动要求学生与校外隔绝，学校自给自足。连农士会都不清楚的谜样规则，春季庆典将怎样发展呢？

春季庆典最后一日，学生们对农士会开始了总攻击，想入手树教授发明的媚药的美里和川滨也决定利用农士会的弱点趁乱发起突袭。大乱战中泽木将怎样对阵农士会巨大的大将呢？

美里和川滨还是和平常一样对待没有了能力的泽木。另一方面，泽木对长谷川的问题“要是一直看不见了怎么办”突然感到困扰。以好友萤倾诉烦恼的事作为契机重新凝视自己的人生的沢木，把自己的想法传达给长谷川。

泽木因为一直没有告诉及川自己可以看到菌的事情而感到内疚不安。两人在探索洞穴秘密的过程中，发了了树教授隐藏了一个秘密。就在这时，做了多日发酵工作及川和武藤来到自治宿舍洗澡，这个举动激动起了学员们的偷窥计划。然而在学员们的偷窥计划作战时，出现了新的情况。

洞穴的秘密依旧探寻中，泽木、川滨拓马、美里薰决定一起帮及川寻找真相。在这种情况下，长谷川因为父亲要求其在大学之后结婚而大伤脑筋。另一方面装修工程结束，萤理想中的日吉酒店改头换面重新开张。因为萤的想法及川决定自己行动，却在发酵藏遇到了长谷川。"对于研究事物的人，最希望研究的是什么"到底是什么意思...

武藤和及川因为长谷川的退学申倍受冲击。收获祭的到来，整个学校都开始繁忙。树教授想要尽快找到长谷川，而其他不知情的人也因为联系不到长谷川而感到很困惑，不过此时的长谷川正在......

川滨和美里趁机消失，只剩下的武藤，及川和泽木经营"葵's bar"，结果人手不够大混乱。因为偶像田中恭子的表演以及各个种类的店铺的营业，欢聚一堂的大家愉快的完成了农业大学收获祭，而真正属于校园自己的收获祭也在晚上开始。另一方面，长谷川正在进行"婚前旅行"...

川滨和美里将秘密拍卖上拍卖的口嚼酒的钱给了武藤作为寻找长谷川的经费。收获祭最后的出店赏比赛。因为川滨和美里违反规则而被取消资格，资金短缺。最终，由树教授提供机票，泽木、川滨和美里踏上了法国之行。

想要阻止长谷川结婚的泽木，川滨和美里三人因为捣乱了宴会而惹怒了未婚夫龙太。知道了三人目的的长谷川不禁喝完了葡萄酒。酒店里，酒醉的长谷川与龙太对峙...不愿意结婚的长谷川决定逃跑。另一方面，十分喜欢红酒的玛丽因为不愿继承家业的事情而烦恼。

长谷川、川滨和美里三人成功逃脱，一起来到了玛丽家中。晚饭时，因为泽木无心的话，玛丽知道了父亲不能喝酒却一直坚持酿造的事情。长谷川与玛丽在酒窖聊过之后决定对龙太说出自己内心的想法。而玛丽与父亲也因为葡萄酒的酿造而起了争执。