志志雄真实对绯村剑心，「飞天御剑流精义天翔龙闪」对「终极祕剑‧火产灵神」，剑心终於打败了志志雄。然而志志雄不肯服输，撑著火热的身体继续想向剑心挑战，却被由美挡了下来。由美告诉剑心，志志雄的身体因为全身烧伤的後遗症，所有的排汗组织完全坏死，体内宿著异常的高温，只能打斗十五分钟，然而十五分钟早就超过，由美担心志志雄的身体会产生不堪设想的後果，求剑心就此罢手。

德国名医汉斯博士治好由太郎的手伤，带著由太郎一起前来日本，神谷道场的友人见到由太郎归来个个欣喜若狂，尤其弥彦更急著找由太郎比剑，後来由太郎正式入门神谷活心流，成了弥彦的师弟。然而汉斯博士此次来日其实是为了寻找「神圣灵药」，而德国的神祕组织黑骑士也随後赶到，想要夺取汉斯博士身上的地图，抢到了地图後还想把汉斯博士杀掉，幸好剑心即使赶到救了汉斯博士一命。

两三百年前江户风水师的风族及水族的恩怨在今天明治时代的东京再度爆发，大街小巷发生怪事，接著就有风水师出现指点迷津，然後就是企业家出场买地设置「石敢当」，连阿妙的「赤别户」都遭鱼池之殃，一把无名火几乎烧掉整个店面，接著企业家佐伯出面请他们搬到别处经营。

剑心与阵风终於取回龙脉泉水，救回小薰的性命。二人随即又启程转往日光东照宫，欲找寻改变龙脉流向的地点，以拯救整个东京。然而，关键所在却是德川家康所留下来的一枚翡翠纹章。该纹章原本被嵌在家康灵庙的阳明门上，当剑心寻到时却已遭人掉包。