吾郎的父亲本田茂治是个职棒选手，经过在二军的奋斗之后，终于登上一军，而且首次出场就展现无比的实力，但妻子千秋体弱多病，不久就离开了人世，茂治更埋首于棒球的练习中，最后竟使腰部受伤，而退居二军，他努力的养伤，好不容易就快再度升回一军时，没想到又练伤了手肘韧带，因而灰心丧志，萌生退意，茂治从高中时就一起打棒球的好友茂野，现在则是友队的风云人物，他不愿见茂治如此丧志，便给茂治出了一个可以继续留在球队的主意。

才5岁的吾郎，可能因为父亲是职棒选手，耳濡目染之下，便非常喜欢棒球，而且打得非常好，但同年龄的小孩，没有人喜欢，也没有人会打棒球，所以吾郎都交不到一个可以一起练习棒球的朋友，但有一天他却认识了寿也，而寿也似乎很喜欢棒球，也很有天份，吾郎终于交到一个可以一起练球的朋友，他的父亲也很替他高兴，但小寿的妈妈却因为课业关系，不准他打棒球。

由于只有两个人练习传球，感觉很无聊，寿也就提议主动加入别人的队伍，到了球场上，他们才知道要9岁以上才可以参加少棒队，但是吾郎非常不服气，他觉得球技的好坏和年龄没有关系，就故意在教练面前展现自己的球技，此举果真引起教练对他的兴趣，在试过吾郎的能力之后，教练发现吾郎真的很有天份，果然是个可造之材，便答应让他们加入球队。

吾郎的爸爸茂治和桃子老师互相心仪，茂治的好友茂野提醒茂治应该为吾郎找一个新妈妈，而桃子的同事美贵也鼓励桃子试着和茂治交往，于是茂治邀请桃子老师和他们一起去动物园玩，又一起去吃烤肉，增加相处的机会，但却被别的幼稚园学童家长看到，告到园长那里，于是桃子鼓起勇气向茂治表白心意，希望能等她到吾郎毕业，他们就能正式的交往，而茂治也说愿意等她…

大联盟的超级投手吉普生来到日本了，他是一个很狂傲的投手，在他的想法中，日本棒球是次级的水准，根本不会有人能打得到他的球，他十分瞧不起日本人，所以比赛时，他都投直球给日本人打，但没想到却被吾郎的爸爸本田茂治打中了，虽然一开始都没击出安打，但在第二次轮到他上场打击时，竟击出了一支全垒打，顿时全场欢声雷动，狠狠的让吉普生吃了一记闷亏。

吉普生因日本球队不按牌理出牌之打法，气急败坏的投出一颗球，刚好打中本田茂治的头部，但本田倒下后又再站起来，直接上垒，最后并奔回本垒，球队医生当场检查时并无异样，但因本田倒下时，头部又撞击到球棒，导致颅内血肿，于是在隔日清晨死于家中，茂治曾告诉吾郎，人死了只是暂时分离，将来在天堂还是会见面，所以吾郎便忍住悲伤…

三年过去了，念小学四年级的吾郎，重新造访自己曾经非常憧憬的少棒三船海豚队，可是，没想到海豚队竟然已经面临解散，因为时代的潮流，喜欢运动的小孩都一窝蜂的迷上足球，愈来愈少人想要打棒球，但吾郎说什么也要阻止球队解散，条件是要打败商店街成人组成的业余棒球队，而且他们是去年曾获得全市比赛的亚军队伍，更何况海豚队人数又不足，吾郎要去哪里找人来打棒球呢?

为了运动场的使用权，三船少棒必须和成人的棒球队比赛，但吾郎要为三船少棒凑齐人数后才能参加比赛，清水建议吾郎找小森来加入，在试过小森的程度之后，吾郎发现他应该是受过训练的，原来小森的父亲以前也是职棒球员，而且和吾郎的父亲曾是同一个队伍，因为邀请小森打棒球，便招惹了泽村等人，泽村心有不甘，就偷拿了吾郎的手套，却被小森目睹，小森感念吾郎对他的真心诚意，便决定帮吾郎讨回手套。

泽村对自己以前的所做所为感到惭愧，便诚心向小森道歉，还自愿加入棒球队帮忙补足所缺的人数，好不容易凑齐人数，和成人的棒球队比赛的海豚队，在吾郎的两分全垒打之下，暂时居于领先地位，大人们看到吾郎的天份时，都大感惊讶，不过，在吾郎引以为傲的快速球相继被击中时，海豚队之间产生莫大的岐见，面临分崩离析的局面。

由于吾郎自视太高，他认为自己的球不会被击中，又觉得队友都在扯他后腿，摆出自以为厉害的态度，让其他队友很不服气，大家都不想跟他打了，在桃子以及安藤教练的好言相劝之下，大家才愿意留下，而吾郎也才知反省，于是队伍才能同心协力，挥团队精神，就在吾郎一一三振对方，状况逐渐好转之后，却突然下起雨来，而且愈下愈大，真是令大家始料未及。

吾郎积极想重整海豚队的往日雄风，然而安藤教练认为他若想朝职棒的目标前进，便应该加入更强的队伍此言令吾郎非常讶异，在教练的劝说之下，吾郎来到知名的横滨少棒队参观，没想到竟然在此与从前一起练习传球的小时候的玩伴寿也重逢，横滨少棒队的教练在试过吾郎的身手之后，邀他加入横滨队。本来不想加入的吾郎，后来却为了这件事，造成和妈妈之间的冲突。

暑假到了，吾郎意外接到一封吉普生寄来的邀请函，要邀他们母子到美国见识一下大联盟明星的球赛。吉普生的一切招待都是第一流的，有来回的头等舱机票，五星级大饭店，及球赛VIP的位置。由于桃子不能去，就由吾郎的3个朋友猜拳看谁能去。心中五味杂陈的吾郎，终于又见到吉普生了。在大联盟上见识到吉普生的厉害，令吾郎再度受到莫大的冲击。

吾郎去美国看了大联盟明星队的比赛回来之后，觉得大家应该密集训练，以提升球队的程度，于是提议去暑期集训，安藤教练带大家去的，是一个有许多强队都会前往集训的联合集训中心，一行人在那里遇到了许多全国大赛名列前矛的队伍，更燃起了吾郎的斗志，于是吾郎自告奋勇，要和别的队伍比赛，但吾郎的心高气，引起对方的不满，于是对方便运用小技巧，想要打倒吾郎。

故事大在投手这关失利，原来是他过度自我中心的态度不符合海堂投手的资格，干竟然还建议他退出海堂，但理由是他希望吾郎能到别的球队真正展现雄厚的潜力，不要被海堂的制式训练给压抑，然而吾郎经过一番思考还是决定留下来，因为对他而言投手只是棒球的其中一环，他心中理想的棒球选手是全能的…

梦岛的训练即将进入尾声，最后的检定是将所有人分成四队进行比赛，虽然是不论胜负端看个人能力，但不通过就退出的条件还是让大家产生莫大压力，惟独吾郎虽然只是个外野手，但仍表现的十分开心的样子，桀骜不驯的他因为完全跳脱海堂棒球队指导手册的路线让周防教练十分不悦，暗自决心一定要刷掉他，但大贯带来总教练的一封信却给吾郎又一次的机会，然而严苛的条件吾郎是否有办法克服呢…

吾郎从梦岛回，却发现家里都没人，原来妈妈住院了，他气急败坏拉着清水一起赶到医院，想不到妈妈是因害喜吐的太厉害住院检查而已，吾郎家明年就要迎接新成员了.结束了短暂的暑假，通过梦岛考验的一行人前往厚木的二军训练所，想不那儿竟然如度假村般华丽，跟梦岛简直是天堂和地狱的差别，然而寿也却也看出其实这舒适的环境其实就是个大陷阱…

与特别资格生队的欢迎比赛开始了，但不知为什么总觉得他们好像留了一手，轻蔑的态度让寿也感到十分不快，于是他决心一定要打败这些特别资格生，然而教练口中却说出惊人实，原来这场比赛的用意就是要打击他们，以激励他们在舒适环境中也能持续努力抱着炮灰的心理，教练让茂野上场了，寿也和吾郎决定要联手给那些特别资格生好看…

茂野一上场果然让特别资格生队震惊，包括静香在内都没想到茂野有这等的实力，然而除了茂野和寿也的努力之外，梦岛组所有人面对骄傲的特别资格生，都不禁燃起熊熊的斗志，竟一连展开大反攻，就在此时吾郎忽然看到眉村出现在场边，他很想再跟眉村再对决一次，眉村竟提出梦岛组得先反败为胜的条件，面对着上场投球阿久津的蝴蝶球，原本的攻势也一下被镇压，这时寿也似乎发现了阿久津的弱点，场边的眉村也感觉到自己上场的时间似乎快到了…

看到静香居然要把阿久津赶走，吾郎居然发下豪语说要是他被拿到一分就主动离开海堂，以宣示他对制式棒球的不屑，当药师寺以机率等道理来跟他论比赛时，吾郎更气氛的直指他没棒球人的自尊，而且当梦岛组遇到相同的状况，吾郎居然指示跟当时他指责药师寺一样的打法，然而原来同样的打法在不同的位置对吾郎来说是截然两种不同的意义，更证明了海堂的战略并没错，错只在于用的方法…

吾郎夸下海口说绝不会让特别资格生拿到一分，果然直到九局他都保持着零安打的记录，就在梦岛队在国分的一记全垒打追成平手之时，吾郎等待已久的眉村终于上场了，眉村的投球果然让梦岛队的选手无法招架，然而此时吾郎也因为投球量到达极限开始显露疲态，寿也坚持要将吾郎换下来，因为他不希望吾郎一时逞强造成真的得离开海堂的结果，因为希望能和现在这些伙伴一同前进甲子园…

静香居然要吾郎离开海堂，原来这背后有着令人悲伤的理由，海堂之所以会采如此严密的分工来打棒球，是因为曾发生过优秀选手操劳过度导致死亡的悲剧，那位选手正是静香和泰造的哥哥，也就是一军总教练的儿子，但即使如此，吾郎仍坚信自己的想法没错，并冲到校本部想和总教练争取留在海堂，却遇到了球队经理江头…

江头之所以让茂野留下来，原来是想利用茂野当活招牌来吸引学生，当静香告诉茂野这个事实并预期他会一走了之，想不到茂野居然还是愿意留下来，原来他是反过来利用江头给他打败一军的机会，泰造看着神似自己哥哥的茂野决定助他一臂之力，然而静香却还在挣扎是否要支持茂野去冒那种险…

和一军进行饯行赛的日子终于到了，吾郎信心满满的站上了投手丘，然而他才投出一个三振，球队经理江头居然就要球静香把他换下来，原因是怕他接下来若是被打败丧失信心，会影响到他的明星之路，然而吾郎坚持一定要投完，而且誓言会投出完封，然而相对于吾郎的意气风发，寿也似乎显的心事重重，还向静香表示不想上场比赛…

发下豪语的吾郎果然表现不凡，但是眼看球数不断累积，吾郎也开始露出疲态，就在此时寿也终于开口了，但想不到他竟然说不想帮他，原因是因为他认为吾郎离开海堂是种背叛的行为，然而当寿也看着为追求棒球的梦想牺牲奋斗的模样，他终于明白吾郎并没有背叛他，他之所以那么喜欢吾郎，正是因为他永不放弃追逐梦想的精神…

就在吾郎表示他打败一军后就会离开的心意后，特别资格生们居然拒绝上场，他们表示不想无心留在海堂，甚至想和海堂为敌的人，就在此时，梦岛时期的伙伴们都自愿上场支援，因为他们了解茂野之所以这么决定全是冲着对棒球的热情，而这股热情也一直是鞭策他们走到现在的重要力量，吾郎不屈不挠的表现，到了最后终于也感动了那些特别资格生，当茂野要离开时，虽说将来再见时可能是敌人，但大家心中都充满了祝福和期待…