ルポライターの御子神隼人は大伴市で頻繁に起こる怪事件を取材し、一山当てる為、故郷の大伴市に帰って来た。隼人は大伴市に入る途中カメラマン志望の少女、間宮霧子と知り合う。大伴市内で調査を開始する隼人はついに髑髏の仮面の男と遭遇するのだった。

工事現場で髑髏の仮面の男の殺人現場を目撃した隼人は、容疑者として警察に捕まってしまう。街の実力者である黒潮豪蔵の助けで無事に開放された隼人は、黒潮の娘「黒潮真耶」を見かけ、何故か心引かれるものを彼女に感じるのだった。

怪人からの殺人予告が女優の鬼塚結衣の許へ届く。マスコミは騒然となり、隼人と霧子も結衣の調査を開始する。古い劇場に呼び出された結衣と付き人の烏丸小夜子を待っていたのは、数日前隼人が出会った謎の女、真行寺麗奈だった。

続発する骸骨男の犯罪を追う隼人と霧子は、被害者の共通点である新興宗教白鈴會の調査を進めるうちに、幽霊モノレールの都市伝説を耳にする。隼人は被害者の男性と同じ職場で、事件の陰で暗躍する宇佐神明を追う内に、幽霊モノレールに乗り込む事になる。

幽霊モノレールで骸骨男に襲われた隼人は、宇佐神がその正体だとにらみ捜査を続ける。宇佐神は怪しい言動を続けるが、映画館でひとつの鍵を隼人へと手渡す。一方白鈴會を追う霧子は、張り込みの最中、信じられないものを目撃するのだった。

霧子が白鈴會で目撃したのは、霧子が捜し求めていた恩人、神（じん）晃一だった。混乱する霧子だが、隼人と共に市長の日下が骸骨男に襲われる現場を目撃、その後を追う。襲撃の後、日下と白鈴會の繋がりを掴んでいた隼人は、ついに白鈴會に忍び込む決心をする。

白鈴會の幹部になっていた神（じん）に対し、自分と一緒に東京に戻ろうと迫る霧子。一方、隼人は骸骨男の正体が神である事に気づく。骸骨男としての犯罪を後悔し始めていた神は、清算の為に大伴操車場に向かう。しかし、そこには「もう一人」の骸骨男が･･･

隼人と霧子は神（じん）のフィルムから、白鈴會の象徴らしきものを発見する。隼人は定食屋の出戻り娘で幼馴染の如月奈美と再会し、お互いを懐かしむ。立木の情報提供を受け、白鈴會の真相へと迫る隼人と霧子は、湖の祠で意外なものを目にするのだった。

隼人の幼なじみの如月奈美は、白鈴會の儀式を受けてから自分の体に変調を感じる。悪夢に悩まされる奈美は、隼人に対して、自分が幸せを求めて帰郷した事を告白する。そんな奈美の思いとは裏腹に、彼女は大伴市の闇へと飲み込まれていく。

巨大多国籍企業BG社が、特殊サイボーグ部隊SIRKS（サークス）を送り込んできた。骸骨男の仲間と言う汚名を着せられ、指名手配された隼人は逃亡を続ける中で、再会した霧子に助けられる。

黒潮真耶を利用した最終計画が進行する中、SIRKSの生き残りが骸骨男を追撃する。その死闘に巻き込まれた隼人は、ついに骸骨男の正体とその目的を知る事となる。ちょうどその時、軍部のクーデターが勃発するのだった。

大騒動の中、霧子たちはあすなろ園の子供達を助ける為に必死の戦いを続けていた。骸骨男は、真耶を利用した最終計画を止めるべく、クーデター軍と警察組織との戦場となった市内を駆け抜け、大伴タワーへと向かうのであった。

市内で、大伴タワーで、それぞれの正義を信じての戦いは続いていた。BG社の多脚戦車により、次々と駆逐されていくクーデター軍。真耶から生み出された「新人類」との戦いを経て、骸骨男はついに究極の選択を迫られる事となる。