Le capitaine Hunt part à la poursuite d'un assassin, appelé «le lépreux», qui projette de tuer l'un de ses amis, Man Ka-Lupe, un haut responsable de la République...

Après avoir sauvé la population sinistrée d'une tempête, Harper et Beka subissent l'attaque d'une créature. En dépit de leurs précautions, le parasite parvient à s'introduire à bord de l'Andromeda et à endommager les systèmes de communication du vaisseau. L'équipage découvre une autre présence mystérieuse à bord...

Tyr reçoit une communication en provenance d'une humaine vivant sur une planète abandonnée et va la rejoindre. A ce moment, un savant fou pénètre à bord d'Andromeda. Il déclare être amoureux de la femme qui est avec Tyr et vouloir la tuer...

Le capitaine Hunt examine la dépouille de son second Rhade, l'homme qui l'a trahi, lorsque le vaisseau est propulsé dans un univers parallèle. Dans ce monde, Rhade, qui est vivant, assassine Hunt. Tout comme le capitaine avant lui, il souhaite rallier les mondes désunis...

De mystérieuses attaques ont lieu dans les avant-postes et sur les planètes proches de l'Andromeda. Après une bataille très difficile, Rommie disparaît...

Afin d'empêcher l'explosion de l'Andromeda et la mort de ses amis, Trance entreprend plusieurs retours dans le passé. Elle découvre alors qu'un intrus s'est glissé à bord du vaisseau...

L'équipage de l'Andromeda assiste au lancement du premier vaisseau construit sous la République depuis 307 ans. Mais peu de temps avant le décollage, l'appareil explose. Les premiers indices trouvés dans les débris laissent penser à un sabotage. Les dirigeants de la République demandent au capitaine Hunt et à son équipage de retrouver les coupables. Valentine s'inquiète, car elle craint que le Maru ne soit la prochaine cible des saboteurs...

Beka rencontre un vieil ami accusé d'un crime : elle accepte de témoigner en sa faveur. Le procès se déroule sur Veras, planète où le mensonge a été éradiqué. Beka est arrêtée, mais elle parvient à s'évader...

Alors que l'Andromeda supervise l'évacuation des habitants d'une planète sur le point d'être anéantie, l'équipage intercepte la transmission d'un vaisseau en approche. Après avoir identifié le message, il réalise que c'est un appel à l'aide provenant de leur ami, Rev Bem, qui se trouve sur la planète...

Lorsque Hunt et son équipage pénètrent dans le système planétaire de Prolon, ils découvrent une capsule de survie occupée par une femme. Des vaisseaux prolons attaquent l'Andromeda et exigent que cette femme, une princesse, leur soit rendue...