L'umanità è tormentata dagli attacchi di una razza di mutanti marini dediti a sradicarla. La nostra ultima speranza è il sottomarino blu n. 6 e il suo equipaggio, composto dal miglior personale disponibile.

Dopo essere sopravvissuto a un'altra battaglia sottomarina con le forze di Zorndyke, l'equipaggio del Blue Submarine n. 6 torna alla base per le riparazioni. Mentre è alla base, Tetsu continua a mostrare la sua caratteristica mancanza di preoccupazione per l'autorità e continua a infastidire Mayumi.