Mikoto a její parta navštíví Banri v nemocnici, kde se Erii stane rukojmím zločince. Všechno skončí zběsilou potyčkou na střeše budovy.

Mikoto zkoumá záhadné obálky naplněné penězi. Stopa povede ke studentce, která o sobě tvrdí, že dokáže zabíjet pouhým dotykem.

Uplynulé dobrodružství přivede Mikoto k zajímavému zjištění. DNA, kterou v minulosti darovala, byla použita k vytvoření jejích klonů zvaných „Sestry“.

Když vyplují na povrch zvěsti o jejích klonech, vydá se Mikoto s Kazari a Erii na nákupy. Později potká osobu, která je jí strašně povědomá.

Mikoto se dozví, že Misaka 9982 je jednou z 20 tisíc Sester. Všechny jsou odsouzené k tomu, aby zahynuly v bitvě s Acceleratorem, který je nejmocnějším esperem úrovně 5.

Po divoké bitvě se zákeřným Acceleratorem se Mikoto rozhodne, že tajně zničí zařízení zapletená do projektu „Sestry“.

Mikotiny kamarádky jsou znepokojené jejími tajnými nočními aktivitami. Netuší, že se jí možná už brzo podaří kompletně zničit klonovací projekt.

Vedoucí klonovacího projektu Knockraven vyšle speciální tým, který má zastavit Mikotiny útoky. Dojde k souboji s nelítostnou Frendou.

Mikoto je oslabená bojem s Frendou a dalšími najatými členy týmu ITEM. Nemůže proto přispěchat na pomoc Shinobu, která upadne do zajetí.

Mikoto se neraduje dlouho. Objeví se další sestra Misaka 10031, od které se dozví, že klonovací experimenty pořád pokračují.

Mikoto se nabourá do superpočítače klonovacího projektu, ale zjistí, že už není aktivní. Misaka 10031 se zatím připravuje na souboj s Acceleratorem.

Misaka 10031zahyne v boji s Acceleratorem. Když Tōma najde její tělo, vyjde najevo skutečná přirozenost Sester.

Mikoto je přesvědčená, že se musí nechat zabít Acceleratorem. Jedině tak se totiž zastaví klonovací projekt. Tōma ale přijde s odvážným plánem.

Tōma dobře obstojí v souboji s Acceleratorem, i když má mnohem nižší schopnosti. Mikoto vybídne další Sestry, aby se taky zapojily do boje.

Závěrečná bitva s Acceleratorem skončí neočekávaným způsobem. Povede k ukončení klonovacího projektu. Mikoto přemítá nad budoucností Sester.

Mikoto přijde s omluvou za svoje školní absence. Dozví se, že Sestry podstoupí léčbu, která prodlouží jejich život.

Mikoto a její parta navštíví Banri, která má být propuštěna z nemocnice. Kuroko a Kazari se připravují na svoji službu na nadcházejícím výzkumném sněmu.

Parta ochrání záhadnou osiřelou dívku Febri s bílými vlasy. Vypadá to, že se zná s Mikoto, a velmi si oblíbí Ruiko.

Po cestě domů z veřejných lázní je parta napadena strojem. Když se ale přiblíží k Febri, záhadně se vypne. Díky tomu vyjde napovrch překvapivé odhalení.

Mikoto řekne svým kamarádkám pravdu o Febri. Souhlasí s tím, že jí pomůžou vypátrat původ Febri a že se ji pokusí zachovat při životě.

Mikoto objeví továrnu, ve které byla Febri vytvořena, a jejího záhadného geniálního tvůrce. Střetne se s dřívější spojenkyní, ze které se stala zrádkyně.

Mikoto se dozví, že Shinobu byla zajata a zapletena do spolupráce na vytvoření armády esperů, kteří mají napadnout výzkumný sněm.

Rozsudek se společně s Kuroko zapojí do boje proti armádě strojů. Mikoto a Febri pátrají po tajném úkrytu Aritomiho, aby mu zabránili ve zničení Akademického města.