학원도시 여기저기에 돈이 들어있는 머니 카드가 발견된다. 학생들은 머니 카드를 찾기 위해 도시를 들쑤시기 시작하고, 도시 여기저기에선 크고 작은 사건들이 생겨나기 시작한다. 한편 집으로 가던 미코토는 스킬아웃의 대화에서 머니카드를 뿌린 자에 대한 정보를 듣는데…

클론에 관한 소문을 들을 때마다 미코토는 시시한 일이라고 치부하며 애써 넘어가 버린다. 하지만 누노타바 시노부와의 만남으로 미코토의 마음 속에는 불안감이 커져만 가고. 결국 사실 여부를 알아내겠다며 미코토는 히구치 제약 연구센터에 잠입하는데…

방학을 맞이하여, 신나게 여름을 즐기는 미코토 일행. 미코토도 클론에 대한 걱정을 떨쳐버린 채 즐거운 하루를 보낸다. 그러던 어느 날, 미코토는 자신과 똑같은 전력의 기운을 느끼게 되고. 그 기운이 느껴지는 곳에서 자신과 똑같은 얼굴의 여자아이와 마주하게 되는데…

길거리에서 자신의 클론과 마주치고 당황한 미코토. 미코토는 상대의 계획을 알아내려 클론의 뒤를 따르다가 자신도 모르는 새 클론과 즐거운 하루를 보내게 된다. 클론과 헤어진 후 시프트 계획에 대해 알아낸 미코토. 클론의 목숨이 위험하다는 걸 알게되는데…

클론의 죽음을 눈앞에서 목격한 미코토. 하지만 상대인 액셀러레이터에게 미코토의 능력은 통하지 않는다. 이대로 가만히 있으면 시스터즈가 하나하나 죽어갈 것은 불 보듯 뻔한 상황. 힘든 고뇌의 시간 끝에 미코토는 모든 걸 자기 손으로 결판 짓기로 마음먹는데…

레벨 6 진화 계획과 관련된 시설들을 하나하나 파괴해 나가는 미코토. 쿠로코는 그런 미코토가 걱정되기만 한다. 사실을 알려주지 않은 채 외출을 계속하는 미코토를 보며 쿠로코는 불안에 휩싸이고, 어떻게 해야 미코토에게 힘이 될지 고민하기 시작하는데…

레벨 6 진화 계획과 관련된 시설들을 파괴해 나가는 미코토. 이제 두 곳의 시설만 남았다. 하지만 미코토의 습격을 가만히 두고 볼 시설이 아니다. 습격을 감행한 미코토는 시설에서 귀여운 여자아이와 마주치고, 여자아이는 무서운 실력으로 미코토의 목숨을 위협하는데…

미코토를 도와 시스터즈를 구하려고 했던 누노타바 시노부는 대기하고 있던 키누하타에게 잡혀 도리어 목숨을 잃을 위기에 처한다. 한편 끊임없이 미코토를 공격하던 무기노는 미코토가 학원 도시 제3위의 레벨5, 레일건이라는 사실을 눈치채고 미코토와 정면승부를 하는데…

미코토가 학원 도시 3위의 레벨 5라는 걸 알아챈 무기노는 미코토에게 일대일 싸움을 걸어온다. 하지만 힘이 바닥난 미코토에게 무기노와의 싸움은 불리하기만 하다. 힘든 싸움을 계속하며 무사히 데이터를 파괴한 미코토는 탈출을 꾀하는데…

계획을 중지시키고 평화를 찾은 미코토는 평소 자주 가던 자동 판매기 앞에서 카미조 토우마와 재회한다. 반가운 마음에 토우마와 시간을 보내던 미코토의 앞에 낯익은 목소리가 들려오고, 그녀의 앞에 시스터즈가 나타나 계획의 계속되고 있음을 얘기해 주는데…

트리 다이어그램을 파괴하기로 마음 먹은 미코토는 제23학구 우주개발 지역으로 향한다. 한편 시스터즈와 우연히 만나게 된 카미조 토우마는 함께 시간을 보내고, 시스터즈는 이전과 달라진 모습으로 하나 둘씩 감정이란 것을 배워나가기 시작하는데…

10031번째 실험이 시작되고 시스터즈는 액셀러레이터에게 처참하게 살해당한다. 사망한 시스터즈를 발견한 카미조 토우마는 레벨6 진화 계획에 대한 사실을 알게 되고 충격에 빠지고, CCTV를 통해 실험을 목격한 미코토 역시 절망하는데…

미코토의 기숙사를 찾아간 토우마는 그곳에서 미코토가 숨겨둔 레벨6 진화계획 관련 자료를 발견하고 모든 사실을 알게 된다. 서둘러 미코토를 찾아간 토우마, 하지만 미코토는 시스터즈들을 살리기 위해 죽음을 택하기로 결심한 상태였는데…

학원 도시 최강이라는 액셀러레이터에게 싸움을 건 카미조 토우마. 액셀러레이터의 승리가 당연해 보이는 싸움이었지만 어째선지 액셀러레이터의 힘은 카미조에게 먹히지 않는다. 카미조에게 당하고 당황한 액셀러레이터. 결국 액셀러레이터는 절대적인 힘을 갈구하는데…

액셀러레이터는 카미조 토우마의 주먹에 나가 떨어져 버리고, 끔찍하던 실험은 액셀러레이터의 패배로 막을 내리게 된다. 실험이 중단된 후 시스터즈는 새 삶을 살기 위한 한 걸음을 내딛는다. 한편 미코토는 직접 만든 쿠키로 감사의 뜻을 전하려 하는데…

시스터즈 사건이 끝나고 함께 모여 공부 모임을 갖기로 한 미코토와 친구들. 물론 이는 공부 모임을 가장한 전골 파티였다. 각자 생각해둔 전골 재료를 구입해 루이코의 집에 모인 친구들은 함께 전골을 먹으며 즐거운 하루를 보내는데…

소꿉친구인 반리가 퇴원하면서 에리이는 우이하루의 집에서 이사를 하게 된다. 우이하루는 반리의 이사준비와 전학 수속을 성심 성의껏 도와주고, 에리이도 아무렇지 않은 듯 이별을 준비한다. 하지만 그 동안의 추억을 되새기던 두 사람은 이별을 실감하며 눈물을 흘리는데…

자신을 피하는 페브리에게 마음이 쓰이는 미코토. 자신과 친구가 되어주지 않는 페브리에게 다가가려 해도 페브리는 이상할 정도로 미코토를 피한다. 그러던 중 페브리가 사라지는 사건이 일어나고 미코토는 페브리를 찾기 위해 이곳 저곳을 뛰어다니기 시작한다.

학구회 회장을 둘러본 후 모두와 함께 돌아가는 길에 로봇이 갑자기 미코토를 공격해 온다. 미츠코의 도움으로 위기에서 벗어났지만, 갑자기 페브리가 쓰러진다. 병원에 이송된 후에도 페브리의 상태는 나아질 줄 모르고 의사는 페브리가 쓰러진 원인조차 못 찾아내는데…

사탕 없이는 페브리가 살아갈 수 없다는 말에 당황한 미코토. 미코토와 친구들은 페브리를 살리기 위해 페브리를 만든 사람들을 찾아 나선다. 사탕으로 페브리가 버틸 수 있는 시간은 72시간. 페브리에게 죽음의 시간이 가까워지면서 미코토에게도 선택의 시간이 다가온다.

페브리를 살리기 위해 테레스티나를 찾아간 미코토는 상대에 대한 중요한 단서를 얻어내고 페브리를 쫓았던 남자의 정체를 알아낸다. 추적을 계속한 끝에 남자와 관계된 공장에 몰래 침입을 시도한 미코토, 하지만 그녀를 기다리고 있던 것은 다름 아닌 누노타바 시노부였다.

아리토미에게 대규모 테러에 관해 듣게 된 미코토. 테러를 막으려면 페브리의 쌍둥이 언니를 찾아내야 하지만, 그녀의 행방을 좀처럼 찾아내기가 힘들다. 결국 쿠로코와 친구들은 힘을 합쳐 파워드 슈트를 막기로 하고, 미코토는 그녀의 쌍둥이 언니를 찾아 길을 나선다.

파워드 슈트 군단을 저지하기 위한 친구들의 노력이 계속 되는 동안, 미코토는 자니의 위치를 추적해 움직이기 시작한다. 그렇게 모두가 힘을 합쳐 혁명을 제지해 낸 미코토와 친구들, 하지만 분노로 이성을 잃은 아리코미는 '최종단계' 계획을 실행해 버린다.