一八〇万人を超える学生が集い、超能力開発を受ける｢学園都市｣。その日常の裏側には、学生たちによる治安維持組織｢風紀委員(ジャッジメント)｣の活躍があった。しかし、彼らの目が届かぬ暗がりもある。裏路地で平和を乱す不良学生たち。その彼らを一筋の閃光が襲う。そこには、学園都市最強の電撃姫、『超電磁砲(レールガン)』御坂美琴の姿があった……。そんな日常の中のある日。美琴は、｢風紀委員｣である黒子の同僚で、彼女のファンだという少女―初春飾利と佐天涙子と会うことに。意気投合して放課後を楽しむ4人だったが、初春が目の前の銀行に異変を感じとり……。