美琴邀请初春与佐天到宿舍房间玩，不过这天是黑子和美琴成为室友的满月纪念日，擅自想要和美琴单独庆祝这一天的黑子自然不是滋味。即使黑子努力表露心意，也因为自己的某项企图被发现，演变成一场壮烈的超能力大战。察觉骚动而前来处理的舍监，不只将两人严格训斥一顿，还命令她们打扫游泳池作为处分。

不要基于一时兴起的好奇心就模仿起风纪委员的所作所为，黑子的这番话使得美琴感到不满。名为固法的风纪委员，误以为美琴是新来的支援人员，美琴认定这是对黑子还以颜色的好机会，因而假扮起风纪委员。然而实际体验才知道，风纪委员的工作比想像的还要平凡且困难。

美琴等人每次违反宿舍规定，就会受到舍监的严格惩罚（包含体罚）。终于达到忍耐极限的黑子，为了掌握舍监的把柄，决定跟踪这阵子每次休假都会出门的舍监。舍监前往的地方，是第13学区的“希望之园”。看到舍监担任义工温柔照顾孤儿们，感动的黑子展开某个行动。

常盘台中学女生宿舍，每年只有在盛夏祭的这一天对外开放。与其他学生一起打扮成侍女招待客人的美琴，带著她邀请的初春与佐天参观宿舍。两人开心欣赏各式各样的展览与发表会，尽情享受心目中这间千金学校的气氛，但美琴一直在意着某件事情。其实她受到众人推举，担负起上台表演的重责大任。

美琴和黑子一同去购物，在去购物商场的路上黑子带着美琴抄了近道。两人却在狭窄的小巷子里遇到了许多寻找东西的行人，原来附近出现了在偏僻地方可以捡到现金卡的传言。为了调查这一事件，当晚美琴跟随一伙不良少年进入了可疑现金卡的来源地大楼。不良少年在大楼内被神秘少女用诡异的能力全灭后，美琴出现在了神秘少女面前。

在美琴的调查下，DNA 树图的数座研究机构同时遭到了袭击。消灭掉七成的目标后终于引起了敌人的警觉，美琴决定独自潜入研究机构，为了阻止御坂妹妹的实验美琴给自己了很大压力。黑子因为美琴不愿意告诉她原因而感到失望，也决定开始调查。此时，研究所的敌人已经知道了美琴的入侵计划，并准备针对她展开行动。

当麻来到了女生宿舍找美琴，为了套当麻的话，黑子把他放进了宿舍。在宿舍里他向黑子询问了美琴的事，并发现了御坂妹妹们的神秘计划书。为了拯救御坂妹妹 10032 号，他照着计划书来到了对应的地点。在大桥上他遇到了美琴，因为担心美琴的安危，并试图阻止美琴的危险行为，最后当麻说服了美琴让他自己去解救御坂妹妹们。

美琴和黑子为了参加课外学习会向宿管申请了外出时间，之后两人在佐天家的厨房里准备了食物。白天，美琴从冥土追魂处了解到了御坂妹妹们的身体状况信息，得知御坂妹妹们将被送往学园都市外进行治疗。当晚，美琴和黑子等人在居所举行了热闹的火锅派对和学习交流会，大家一起度过了一个美好的夜晚。

名为菲布理的小女孩，暂时收容在泪子家。初春查询的资料库，发现她并非名录或走失的儿童，因此众人认为她是“弃童”，并且在安排送进托育所之前继续帮忙照顾。黑子与初春来到学究会会场开会，泪子也带着菲布理闲逛，菲布理却在一个不注意的时候失踪。

场勘结束，固法邀大家一起上澡堂，美琴和菲布理也重于相处融洽。回城时，众人遇到施工告示，被迫绕路的途中进入一座废弃工厂，却遭受驱动铠袭击。美琴成功打倒驱动铠，菲布理却不知为何身体不适倒下。