학원도시 여기저기에 돈이 들어있는 머니 카드가 발견된다. 학생들은 머니 카드를 찾기 위해 도시를 들쑤시기 시작하고, 도시 여기저기에선 크고 작은 사건들이 생겨나기 시작한다. 한편 집으로 가던 미코토는 스킬아웃의 대화에서 머니카드를 뿌린 자에 대한 정보를 듣는데…

클론에 관한 소문을 들을 때마다 미코토는 시시한 일이라고 치부하며 애써 넘어가 버린다. 하지만 누노타바 시노부와의 만남으로 미코토의 마음 속에는 불안감이 커져만 가고. 결국 사실 여부를 알아내겠다며 미코토는 히구치 제약 연구센터에 잠입하는데…

클론의 죽음을 눈앞에서 목격한 미코토. 하지만 상대인 액셀러레이터에게 미코토의 능력은 통하지 않는다. 이대로 가만히 있으면 시스터즈가 하나하나 죽어갈 것은 불 보듯 뻔한 상황. 힘든 고뇌의 시간 끝에 미코토는 모든 걸 자기 손으로 결판 짓기로 마음먹는데…

레벨 6 진화 계획과 관련된 시설들을 파괴해 나가는 미코토. 이제 두 곳의 시설만 남았다. 하지만 미코토의 습격을 가만히 두고 볼 시설이 아니다. 습격을 감행한 미코토는 시설에서 귀여운 여자아이와 마주치고, 여자아이는 무서운 실력으로 미코토의 목숨을 위협하는데…

미코토를 도와 시스터즈를 구하려고 했던 누노타바 시노부는 대기하고 있던 키누하타에게 잡혀 도리어 목숨을 잃을 위기에 처한다. 한편 끊임없이 미코토를 공격하던 무기노는 미코토가 학원 도시 제3위의 레벨5, 레일건이라는 사실을 눈치채고 미코토와 정면승부를 하는데…

사탕 없이는 페브리가 살아갈 수 없다는 말에 당황한 미코토. 미코토와 친구들은 페브리를 살리기 위해 페브리를 만든 사람들을 찾아 나선다. 사탕으로 페브리가 버틸 수 있는 시간은 72시간. 페브리에게 죽음의 시간이 가까워지면서 미코토에게도 선택의 시간이 다가온다.

페브리를 살리기 위해 테레스티나를 찾아간 미코토는 상대에 대한 중요한 단서를 얻어내고 페브리를 쫓았던 남자의 정체를 알아낸다. 추적을 계속한 끝에 남자와 관계된 공장에 몰래 침입을 시도한 미코토, 하지만 그녀를 기다리고 있던 것은 다름 아닌 누노타바 시노부였다.

아리토미에게 대규모 테러에 관해 듣게 된 미코토. 테러를 막으려면 페브리의 쌍둥이 언니를 찾아내야 하지만, 그녀의 행방을 좀처럼 찾아내기가 힘들다. 결국 쿠로코와 친구들은 힘을 합쳐 파워드 슈트를 막기로 하고, 미코토는 그녀의 쌍둥이 언니를 찾아 길을 나선다.

파워드 슈트 군단을 저지하기 위한 친구들의 노력이 계속 되는 동안, 미코토는 자니의 위치를 추적해 움직이기 시작한다. 그렇게 모두가 힘을 합쳐 혁명을 제지해 낸 미코토와 친구들, 하지만 분노로 이성을 잃은 아리코미는 '최종단계' 계획을 실행해 버린다.