別人在美琴不可能前往的地方目擊到她。關於複製「超能力者」作為軍事用途的計畫，以及該計畫使用美琴基因圖譜的傳聞……美琴遇見的神祕少女 — 布束砥信，喚醒美琴的記憶令她膽寒。布束似乎知道隱情，但美琴再怎麼詢問，都被神祕的言行瞞混過去。後來美琴查出布束是長點上機學園的學生，線索逐漸串連起來，她決定潛入某間研究設施……