认为自己调查清楚真相后的美琴心情很好，和初春、黑子、佐天等人一同外出购物，几个人聊天时又谈论到了克隆 Level 5 的传言。与此同时，秘密实验室中的御坂妹妹们仍然在被批量生产着。次日美琴在公园陪小朋友们玩了一天之后，她却突然感觉到了与自己类似的力量，顺着感应一路追寻而来的她终于见到了自己的克隆体。

就在美琴决定了解这一切的这天，她在山上见到了当麻并得知了一名御坂妹妹的消息。之后当麻又见到了御坂妹妹，美琴乘坐巴士来到了学园都市的宇宙中心，准备给树形图设计者输入错误的信息。当麻仍然和御坂妹妹在街上闲逛着，美琴潜入了通讯中心却发现这里空无一人，随后她发现树形图设计者原来早已被破坏掉了。