深夜，學園都市多處研究所同時失火或失聯，經過調查，兇手是入侵通訊網路進攻，在封鎖線路之後，總算保住三成的設施。另一方面，黑子看出美琴抱持某種煩惱卻試圖獨力解決，黑子想成為助力卻無從著手，因而陷入低潮。後來黑子在外出巡邏時，發現名為小實的女孩在尋找幸運物品，想送給即將分隔兩地的好友。黑子連同初春等人，協助小實尋找最傳統的幸運物 ── 四葉幸運草，黑子也因而察覺，朋友們一直在身後默默支持著她…