『魂の憑依』のカラクリを暴き、飛行船の上で『ドッペルゲンガー』と対峙する美琴。魂を持たない存在として生まれたことへの絶望と、人間への復讐を口にする『ドッペルゲンガー』は自らの似姿を造り出して美琴を襲う。しかし美琴はその攻撃がブラフであること、そして『ドッペルゲンガー』の真の目的に気付いていた。美琴の言葉を拒絶し、飛行船とともに落ちていく『ドッペルゲンガー』。その先には、操歯と、研究所所長の姿があった。美琴の口から告げられる『ドッペルゲンガー』の真実を前に崩れ落ちる所長に、操歯はこの実験を続けることはできないと告げる――。