Als der Sommer zu Ende geht, versucht Toma verzweifelt, seine Hausaufgaben nachzuholen, doch daran ist nicht zu denken, als ein Magier namens Yamisaka Index entführt. Als Toma versucht, seine Freundin zu retten, muss er feststellen, dass hinter den Motiven ihres Entführers mehr steckt als nur Bosheit.

Das Buch des Gesetzes ist ein verschlüsseltes Grimoire, das nur eine Nonne entziffern kann und es ist verschwunden! Wenn seine Magie jemals benutzt wird, wird es alle Arten von Verderben bringen. Jetzt muss die Kirche nur noch die begabte Nonne in Sicherheit bringen. Wie schwer kann das sein?

Der Kampf um Orsola, die einzige Nonne, die das Buch des Gesetzes lesen kann, geht weiter, und Toma ist gezwungen, als unwissentlicher Lockvogel zu fungieren. Die Amakusa geraten mit Kirchenvertretern aneinander, aber der wahre Schuldige hinter dem Komplott ist vielleicht nicht der, den Toma erwartet hat.

Während Orsola als Geisel genommen wird, kämpfen Toma und seine Bande in der Kirche. Dort entfesselt Index einen mächtigen Zauberspruch. Es sieht düster aus für die römisch-orthodoxen Christen, aber ihre Bereitschaft, sich zu opfern, könnte ihnen die Oberhand verschaffen.

Die römisch-orthodoxen Nonnen setzen ihren Angriff fort, während Orsola alles riskiert, um Index das Buch des Gesetzes entziffern zu lassen. Das berüchtigte Grimoire könnte ihnen helfen, ihre Feinde endlich zu besiegen, aber nur, wenn es so funktioniert, wie es soll.

Ein Hightech Koffer wird von Kurieren gestohlen und Kuroko hat den Auftrag dazu! Aber der Inhalt des Koffers könnte sich als gefährlicher erweisen, als die Räuber oder Kleinkriminellen. Und was hat es mit dem seltsamen Wetter in Academy City auf sich?

Mikotos Klone nutzen ihr telepathisches Netzwerk, um Misaka 10032 dazu zu bringen, ihnen dabei zu helfen, Musujime davon abzuhalten, das Baumdiagramm wieder aufzubauen, um herauszufinden, warum Menschen die einzigen Wesen mit Esper Kräften sind.

Das Daihaseisai Festival findet statt und die Eltern von allen sind in der Stadt! Während Toma und Mikoto in verschiedenen Wettbewerben gegeneinander antreten, verhandeln eine römisch-orthodoxe Magierin und ihr Assistent über den Kauf einer mächtigen Reliquie von der englischen puritanischen Kirche.

Als Toma und seine Gruppe versuchen, Oriana ausfindig zu machen, entdecken sie, dass ein „Shorthand“, ein spezieller Zauber, der nach dem Wirken eigenständig funktioniert, ihre Magie kurzschließt. Doch bevor sie ihn deaktivieren können, kommt es zu einem Zwischenfall in der Mittelschule.

Da die Kurzschrift gestrichen wurde, setzt Stiyl seine Magie ein, um Oriana ausfindig zu machen, woraufhin ein Kampf ausbricht. In London erfährt Laura, dass es bei Orianas Deal nicht um das Stabschwert geht, sondern um etwas ganz anderes.

Tsuchimikados Ortungszauber geht nach hinten los und führt Oriana direkt zu ihm, was zu einem epischen Showdown führt. Aber er ist nicht der Einzige, der Orianas Magie ausgesetzt ist: Himegami spürt die Macht der Zauberin und überlebt vielleicht nicht.

Toma und Tsuchimikado untersuchen die Geschichte eines heiligen Artefakts und versuchen herauszufinden, was Orianas Plan ist. Als sie entdecken, dass sie nur noch bis zum Einbruch der Nacht Zeit haben, um sie von ihrem bösen Plan abzuhalten, beginnt der Kampf um die Zukunft von Academy City!

Als Toma und die anderen kurz davor sind, Oriana zu besiegen, werden die Beweggründe für ihr Handeln endlich aufgedeckt. Aber Oriana auszuschalten, könnte nicht ausreichen, um ihren Plan zu einem katastrophalen Ende zu bringen!

Nachdem sie eine Reise nach Italien gewonnen haben, treffen Toma und Index auf ein paar alte Bekannte. Doch wohin die beiden auch gehen, das Unheil ist vorprogrammiert. Dieses Mal in Form von Attentätern!

Agnese schließt mit Toma und Orsola einen Deal ab, der ihnen die sichere Flucht von dem römisch-orthodoxen Schiff garantiert. Vorausgesetzt, sie nehmen die Schwestern Angelene und Lucia mit. Während sie nach den Nonnen suchen, erfahren sie mehr über den wahren Zweck des Schiffes.

Bei dem Versuch, Agnese zu retten, gerät Toma in einen Kampf mit Bischof Biagio. Während der Kampf tobt, entpuppt sich die Königin der Adria als ein Schiff, das Academy City vollständig zerstören kann.

Laura wird während ihres Bades mit einem vertraulichen Memo konfrontiert, Toma kauft Mikasa 10032 ein Schmuckstück und viele alte Feinde treffen bei der Suche nach Last Order aufeinander.

Accelerator versucht, seine Vergangenheit mit ein paar guten Taten wiedergutzumachen, wird aber von einer Gruppe angegriffen, die von jemandem aus seiner Vergangenheit angeführt wird. In der Zwischenzeit entdeckt Toma seltsame Vorgänge bei der Polizei und hört Gerüchte über einen Eindringling in Academy City.

Accelerator gelingt die Flucht vor Kihara, wobei er Index mitnimmt. An anderer Stelle sind Toma und Last Order auf der Flucht vor Hound Dog, aber die wahre Bedrohung für ihr Leben könnte von Vento ausgehen.

Als Accelerator herausfindet, wer die Fäden in Academy City zieht, ist kein Mensch und kein Gebäude, vor seinem Zorn sicher. Währenddessen macht sich Toma auf die Suche nach Last Order, aber er findet stattdessen einen Engel.

Wird sich Accelerator opfern, um Last Order zu retten? Ventos Vergangenheit wird enthüllt, Toma hält eine Rede, die sehr an Toma erinnert und Index singt ein Lied, während der Kampf in Academy City weitergeht.

Accelerator ist verletzt, aber selbst in diesem Zustand wird er von einer städtischen Organisation angesprochen, die ihn rekrutieren möchte. Als sich in Academy City Gerüchte über einen bevorstehenden Krieg verbreiten, beschließen die Schüler von Tomas Klasse, eine Feier zu veranstalten.

GROUP kommandiert Accelerator weiter herum, indem sie ihm den Auftrag erteilt, Misuzu zu töten, was dazu führt, dass Accelerator die Frau schützt, nur um die Organisation zu ärgern, als Skill Out angreift.