טומה קאמיג'ו הוא תלמיד באקדמי סיטי, מקום שבו חוקרים תופעות על-טבעיות. חייו משתנים מהקצה אל הקצה כשהוא פוגש נזירה שנמלטה מעולם הקסמים.

קאמיג'ו מוצא את אינדקס מדממת מחוץ לחדרו, אך לפתע מופיע קוסם שמנסה לחטוף אותה ומצית אש בכל מקום.

קאמיג'ו מבקר את המורה שלו כדי לנסות למצוא קסם שירפא את אינדקס. אינדקס מתחילה לגלות מי היא ומדוע ברחה.

קנזאקי קאורי, קוסמת שרודפת אחרי אינדקס, פוצעת את קאמיג'ו קשה בחרב המהירה שלה וחושפת מידע מפתיע על אינדקס.

מתברר שאינדקס תמות אם הזיכרון שלה לא יימחק פעם בשנה. קאמיג'ו מנסה למצוא דרך אחרת להציל את חייה, כשלפתע סטייל וקאורי מופיעים, והזמן הולך ואוזל.

קאמיג'ו מגלה משהו לגבי הזיכרון של אינדקס. האם יד ימין שלו תצליח לעצור את מי שרודף אחריה ולהשמיד את מקלט ג'ורג' הקדוש?

קאמיג'ו פוגש נערה בגלידריה, אבל היא נעלמת עם איש בחליפה. סטייל מבקש ממנו להציל את "דם עמוק", נערה שמסוגלת להרוג ערפדים.

קאמיג'ו וסטייל מנסים להשמיד את ליבת הקסם של החותם שמקיף את מכינת מיסאווה, והתלמידים מטילים עליהם קסם.

אאוראולוס חוטף את אינדקס ותוקף את קאמיג'ו, סטייל ואייסה באמצעות ארס מאגנה – אלכימיה שהופכת מילים למציאות.

קאמיג'ו חוזר מבית הספר ופוגש את אחותה הצעירה של מיקוטו, שקוראת לעצמה מיסאקה. מיקוטו מגרשת אותה, אבל אז הוא נתקל בה שוב. איך זה ייתכן?

קאמיג'ו מוצא את גופתה של מיסאקה, אבל אחר כך הגופה וכתמי הדם נעלמים, והוא רואה את מיסאקה מוקפת בעוד המון אחיות וסוחבת שק גופות.

קאמיג'ו מבין שמיקוטו הסתבכה. היא מאשימה את עצמה שבעבר הציעה את הדי-אן-איי שלה למטרות מחקר. קאמיג'ו חוסם את דרכה.

מיקוטו מתכוננת להקריב את עצמה כדי להציל את אחיותיה. קאמיג'ו שואל אותה איפה נמצא המאיץ, שמתכונן בינתיים להילחם במיסאקה.

קאמיג'ו נשאר בעמדת התגוננות בזמן שהוא נלחם במאיץ הכל-יכול. מיקוטו הוגה תוכנית לעצור את המאיץ ומלהיבה את מיסאקה הפצועה.

קאמיג'ו מסולק במהירות מעיר האקדמיה. אנשים מחליפים ביניהם פנים ותכונות אישיות. נזירה בגלימה אדומה מופיעה בפני קאמיג'ו.

מישה באה ליפן כדי למצוא את המקור של קסם נפילת המלאכים. קאמיג'ו, קנזאקי וטסוצ'ימיקאדו מצטרפים למישה כדי לחפש את מטיל הקסם.

קאמיג'ו מתעמת עם טויה, שמתחיל לדבר על עברו. מישה מופיעה ותוקפת. קאורי מגיעה כדי לעצור בעד מישה וחושפת עובדה מדהימה לגבי עצמה.

נער בשם אונאבארה עוקב אחרי מיקוטו והיא מעמידה פנים שקאמיג'ו הוא החבר שלה. אחרי שהם נפרדים כל אחד מהם פוגש אונאבארה אחר, ואחד מהם עוקב אחרי מיקוטו.

שיבוט של מיסאקה בשם "הפקודה האחרונה" מציק למאיץ בארוחת ערב, אך המאיץ רואה לפתע את אאו אמאי, שעמד בראש הפרויקט שיצר את "האחיות".

המאיץ לוכד את אאו אמאי במתקן המחקר ומשיג את "הפקודה האחרונה", אבל הווירוס שמותקן בה מופעל מוקדם מהצפוי.

אייסה הימגאמי עוברת לכיתה של קאמיג'ו. אינדקס מתיידדת עם היוקה קאזאקירי והקשר ביניהן הולך ומתהדק. קוסם חודר לעיר האקדמיה.

במהלך פינוי התלמידים מבחינים קאמיג'ו, אינדקס וקאזאקירי בעין על הקיר. אחרי שכולם מפונים, מיקוטו ואינדקס מתחילות להילחם.

הגולם של שרי קרומוול תוקף את קאזאקירי. קאמיג'ו מנסה להילחם בו ללא הצלחה. ובתוך כל ההמולה, לא ברור מה עלה בגורלן של אינדקס ומיקוטו.

בפרק האחרון לעונה, שרי מתמקדת באינדקס. קאמיג'ו מתעמת עם שרי ברכבת התחתית, בזמן שהגולם סוגר על אינדקס הלכודה.

קאמיג'ו מותש אחרי שמיקוטו הכריחה אותו לצאת איתה, וחבורת אבירים בשריון מוזהב מופיעה באקדמי סיטי.

ספר חוק נגנב והנזירה שיכולה לפענח אותו נתפסה ונמצאת בשבי. הכנסייה האנגליקנית שולחת את סטייל כדי לפענח את המקרה.

קאמיג'ו רואה את אורסולה נחטפת על ידי הכנסייה האמקוסית. הוא הולך עם סטייל וכוחות האגנס אל מקום המסתור של האויב.

קאמיג'ו מצליח להציל את אורסולה. כשטאטמיה מזהירה אותו שלא ימסור אותה לכנסייה האמקוסית, הוא נאלץ להתמודד עם החלטה קשה.

האחיות הקתוליות שוב יוצאות להתקפה. קאמיג'ו ואינדקס נדחקים לפינה. גורלם תלוי בפענוח של ספר חוק.

קורוקו יוצאת לקניות עם מיקוטו. כשהיא מקבלת מידע על מזוודה מיוחדת שנגנבה, היא הולכת באי-רצון למשרד של מחלקת השיפוט.

קורוקו רודפת אחר מוסוג'ימה, בחורה שיודעת לעשות טלפורטציה, אבל מאבדת את היתרון שלה ולא יכולה לזוז. מוסוג'ימה מפרטת באוזני קורוקו את תוכניתה.

עיר האקדמיה מארחת את פסטיבל דאיהאסיי, בהשתתפות בתי הספר בעיר. קאמיג'ו ומיקוטו נאבקים על הניצחון, אבל קבוצתו של קאמיג'ו אדישה לעניין.

אוריאנה תומסון מביאה לעיר האקדמיה חרב דקירה, שאפשר להרוג איתה קדושים באבחה אחת. קאמיג'ו מחפש את החרב ונתקל באוריאנה.

אוריאנה ממשיכה במנוסתה, וקאמיג'ו והחברים דולקים אחריה. רגע לפני שהם מצליחים לתפוס אותה, היא מצליחה לחמוק מהם באוטובוס לא מאויש.

מטרותיה האמיתיות של האחות לידוויה נחשפות. קאמיג'ו מנסה למנוע מאינדקס לגלות את האמת על המצב. תקופת השקט הקצרה שממנה נהנו עומדת להגיע לקיצה.

חבריו לכיתה של קאמיג'ו סופגים פציעות קשות במהלך מתקפה של אוריאנה. קאמיג'ו רותח מזעם ויוצא אחריה, אבל מבחין במשהו מוזר במעשיה.

קאמיג'ו והחברים מבינים שאוריאנה בדרכה לשדה התעופה ברובע 23 ויוצאים בעקבותיה. האם יצליחו לסכל את תוכניתה לפני השקיעה?

קאמיג'ו זוכה בטיול לשניים לאיטליה. הוא מתלהב ומתכונן לצאת לטיול ביחד עם אינדקס, אבל השניים נקלעים לצרות בשדה התעופה.

קאמיג'ו והחברים מותקפים במהלך הטיול שלהם לאיטליה. אגנס, התוקפת, מאפשרת להם בסופו של דבר להימלט – בתנאי אחד.

קאמיג'ו והחברים תוקפים את ספינת הדגל של צי המלכה בתקווה להציל את אגנס. במהלך הקרב דרכיהם מתפצלות וקאמיג'ו נתקל בבישוף ביאג'ו.

המאיץ והאחרים עוזבים את בית החולים ונשארים עם יומיקאווה. מיקוטו יוצרת קשר עם קאמיג'ו, שחזר מהטיול המזוויע לאיטליה.

הצוות של הארכיבישוף מתקשה לתפעל מכונת כביסה חדשה. מיקוטו מסבכת את אמיג'ו בשרשרת של צרות.

המאיץ והמסדר האחרון נפגשים שוב וכלבי הציד מקדמים את פניהם. דמות חשודה מסתננת לעיר האקדמיה הגשומה.

המאיץ נפגש עם אינדקס ומחכה להזדמנות כדי לנקום. המסדר האחרון וקאמיג'ו בורחים מכלבי הציד ונתקלים באויב חדש.

המאיץ מוכן לגרום לעיר האקדמיה לפנות נגדו כדי להציל את המסדר האחרון. שינוי מתחולל בעיר בדיוק כשוונטו וקאמיג'ו מתכוננים לקרב.

קיהרה והמאיץ נקלעים לקרב נואש. קאמיג'ו נלחם בוונטו בכל כוחו, ואינדקס מתפללת בתקווה להציל את העיר.

שלטון הטרור של ונטו הסתיים. קאמיג'ו והצוות חוזרים לשגרה, אבל המחאות נגד עיר האקדמיה מתפשטות בעולם כולו.

בפרק האחרון לעונה, המחאה נגד עיר האקדמיה גוברת, ומיסאקה השיכורה מתנפלת על התלמידים ללא הבחנה. מי יהיה הקורבן הראשון?