Kamijou Touma es un chico que vive en Ciudad Academia, una ciudad donde los poderes sobrenaturales es común en las personas y son clasificados por niveles. El aunque es un nivel 0, sin ningún poder especial, posee una habilidad única en su mano derecha que le permite anular los poderes psíquicos, mágicos, maldiciones y bendiciones, pero también su propia suerte. Una mañana Touma despierta y tiene un encuentro con una monja de la Iglesia anglicana de Inglaterra colgando de su balcón llamada "Index". Ella revela que está siendo perseguida por magos debido a que posee 103,000 libros de magia. Ambos se vuelven amigos después de un vergonzoso incidente para probar la existencia de la magia. Cuando Touma regresa a casa encuentra a Index en el suelo sangrando y detrás de él aparece un hombre quien se llama a sí mismo mago.

El mago se llama Styil Magnus que pertenece a la iglesia anglicana. Una vez acabado su presentación, Styil ataca a Touma con magia de fuego; sin embargo Touma lo anula con su mano derecha, luego Styil invico a Innocentius, un gigante de fuego capaz de carbonicar todo lo que lo rodea. Con la ayuda de Index, a pesar de estar inconsciente, Touma , utilizando su ingenio, pudo derrotar a Styil. Después, Index necesitaba ayuda médica, así que la llevó donde Komoe, su profesora, para curarla con magia , pero el debe abandonar el lugar, si no la magia no funcionaria solo con su presencia, dejando a Index en manos de su profesora.

Index le informa a Komoe que debe invocar un ángel para poder ser sanada, index dibuja un diagrama en la mesa y hace una versión miniatura de la habitación con los objetos que encuentra. Al siguiente día, luego de que Komoe se fuese, Index y Touma conversan sobre el porqué ella memorizo los 103.000 libros de magia y de como se creó Necessarius, una iglesia corrompida que experimenta con la magia. Llegada la noche, Index le dice a Touma que solo recuerda desde su llegada a Japón de un año atrás. Luego de una discusión, Index deja a Touma solo y aparece ante el una chica llamada Kaori Kanzaki, una maga.

Kanzaki le dice a Touma que le entregue a Index y que no se involucre en los asuntos de la magia; sin embargo, Touma rehúsa y trata de atacarla , pero no puede acercarse. Kanzaki le imforma de que ella fue la que atacó a Index esa vez, aunque ella no quería hacerlo, también le dice que Index tiene la habilidad de la memorización eterna y que el 85% de su cerebro ocupa los 103.00 libros de magia y el 15% es para ella misma, pero si excede más del 15% su cerebro no resistiría y por eso ella junto con Styil le borraban la memoria cada año, y que dentro de 3 días le borrarían la memoria , luego Touma , malherido, se desmaya. Al despertar en la mañana, se da cuenta que han pasado 3 días; por lo tanto, aparecen Styil y Kanzaki.

Index al verlos les dijo que ella no huira mas con tal de que no lastimen a Touma, luego ella se desmaya y ellos le dicen a Touma que tiene hasta la medianoche para despedirse de ella. Llegada la noche ellos vinieron, pero antes de comenzar con el ritual, Touma llama a Komoe , ella le desmiente acerca de lo que le dijo Kanzaki. Él llegó a la conclusión de que ambos fueron engañados con la información que le dieron así que su único problema era por que Index se siente mal y descubrió un sello dentro de su boca. Al tocarlo con su mano derecha, ella reacciona y su subconsiente invoca el santuario de Sn George para eliminar a la amenaza. Ahora Touma debe tocar a Index para regresarla a la normalidad.

Index ataca a Touma con un poder mágico llamado "Dragon's Breath"(aliento de dragón), un poder destructivo junto con unas plumas cayendo desde el cielo. Touma se protege con su mano derecha del ataque hasta que Styil y Kanzaki lo ayudan a que se acerque a ella, y así lograron deternerla; sin embargo, una de las plumas toco la cabeza de Touma haciendo que él se desmaye. El despierta en la mañana siguiente, pero sus recuerdos fueron eliminados por culpa de esa pluma. Sin embargo, le mintió a Index para que no se sienta culpable, diciendo que anulo el poder de la pluma con el "Imagine Breaker" (nombre puesto por el doctor del hospital) que posee en su mano derecha.

Han pasado 2 semanas desde que Touma perdió la memoria, él se encuentra con Styil , yaque este necesita trabajar junto con Touma para rescatar a Aisa Hinegami, una chica con la habilidad de matar vampiros, que es prisionera dentro de la Escuela Privada de Misawa. Touma junto con Styil se dirigían tras esa escuela. Al llegar allá, Styil le imforma que el responsable de esto es Aurelius Issard, un alquimista, entraron y encontraron una armadura ensangrentada.

Touma y Styil son atacados por los estudiantes de esa escuela; por lo tanto, Styil utiliza a Touma como señuelo para poder escapar y se encuentra con Aurelius Issard. Touma observa a una de las estudiantes siendo herida por la magia que está usando hasta desmayarse, luego se encuentra con Aisa Hinegami y cura las heridas de la chica. Luego de haberla curado Touma se encuentra con Aurelius, pero le borra la memoria a él y a Styl. Ambos se encuentran en un parque sin saber lo que pasó;sin embargo, Touma pudo recordar lo que pasó al tocar su cabeza con su mano derecha. Mientras tanto Index al no saber nada de Touma fue a buscarlo, pero, se encontró con Aurelius y la puso a dormir. Luego de saber lo que ocurrió, Touma y Styil regresaron, pero habían caballeros en la entrada.

Touma y Styil tuvieron su último enfrentamiento con Aurelius. Touma pudo bloquear todos sus ataques con el imagine breaker; sin embargo, Aurelius le corto el brazo derecho dejándolo manco, pero eso no detuvo a Touma por alguna razón aún podía bloquer sus ataques y de la nada apareció un dragón en lugar de su brazo para que finalmente lo derrote pudiendo salvar a Index y a Hinegami. En el hospital, luego de una cirugía Touma recupero su brazo. Styl le explico que el dragón que apareció fue obra de la habilidad de Aurelius, ars magna (habilidad de hacer realidad lo que piensa). Luego de que Styil se fuera vino Index y Hinegami para agradecerle que la haya ayudado.

Después unas semanas, Touma se encuentra con Mikoto Misaka (aunque ya no se acuerda de ella). Luego de la presentación, apareció otra Misaka, pero ella llevaba unos gobles diciendo que Mikoto es su hermana mayor. Al día siguiente, Touma se encuentra con la hermana de Mikoto junto con un gato, luego Touma va a una tienda dejándolos solos , de repente apareció un muchacho detrás de ella, acto siguiente dejó al gato para poder enfrentarse a él. El chico resulta ser el esper nivel 5 más fuerte de ciudad academia.

Touma encontró a la hermana de Misaka muerta en un callejón. De la nada aparecen un cierto número de clones Misaka diciendo que solo es un experimento. El, en busca de respuestas, busca a Misaka y se dirige a su dormitorio. Aunque ella no estaba allí, el pudo descubrir lo que se trata el experimento, en el cual se trata en matar a 20 000 de sus clones para que Accelerator evolucione a nivel 6.

Touma encuentra a Misaka. Ella decide ir al campo de batalla para enfrentarse a Accelerator y morir en la pelea, pero Touma evita que ella vaya hacia allá. Mikoto decidió atacarlo con rayos para que se haga a un lado; sin embargo, el recibió el ataque hasta quedar desmayado.

Kamijou despierta después del ataque de Misaka y tuvo una idea, para detener el experimento accelerator debe ser vencido por alguien más débil que él. Así que en vez de que Mikoto pelee con accelerator y Touma irá en su lugar haciendo que este se dirija al campo de batalla para rescatar a la "hermana" de Misaka.

Touma continúa su pelea con Accelerator. Misaka llega a ayudar a Touma y evitar que accelerator lo ataque con plasma. Al final Kamijou derrota a Accelerator con su Imagine Breaker. En el hospital, Touma le dice a Mikoto que se deba sentir orgullosa por sus hermanas.

Después de la pelea con accelerator, Touma debe salir de la ciudad ya que muchas personas quieren encontrar a la persona que derrotó al más fuerte esper. Así que él se va con index a una posada en el mar donde se reuniría con sus padres. Sin embargo la apariencia de las personas cambio. Kamijou no sabe el porqué hasta encontrarse con viejos conocidos (Kaori Kanzaki y Motoharu Tsuchimikado) y una maga rusa llamada Misha Khrushchev.

Al parecer Tsuchimikado pertenece a Neccesarius al igual que Kanzaki y su objetivo es detener el hechizo llamado "Angel fall" para eso deben encontrar al responsable o destruir el lugar donde se realizó el hechizo. Touma sospecha de Misha, así que él y Tsuchimikado la siguen hasta la casa de sus padres y descubren que el padre de Touma es el responsable de dicho hechizo.

Touya le explica a su hijo por qué lo envió a ciudad academia. En ese momento apareció Misha con la intención de eliminar al papá de Touma pero Kanzaki la detiene, momentáneamente. Al parecer ella no se llama Misha sino Sasha y ella es el ángel, que invoco Touya por accidente, su objetivo es acender así que crea un hechizo capaz de destruir a la humanidad. Al parecer los amuletos de buena suerte que están en su casa están alineados en cierta forma. Es decir que el lugar del ritual es la casa de los padres de Touma, así que Tsuchimikado la destruye usando magia, pero como es un esper recibe un gran daño a sus órganos internos haciendo que él muera y así el ángel fall fue anulado. En el hospital Tsuchimikado le explica que su habilidad de nivel 0 es la resucitación y Touma por fin puede ver a su madre con su respectivo cuerpo.

Mikoto Misaka está siendo asechada por Unabara Misuki. Ella quiere evitarlo así que le pide a Touma que ssea su novio hasta que Unabara no la moleste. Al parecer, no era el verdadero Unabara sino un mago azteca. Su misión es en destruir las facciones de Kamijou (en contra de su voluntad), él se había enamorado de Mikoto. Después de su pelea con Touma le pide a este que prometa que siempre protegerá a Mikoto. Luego de la respuesta de Touma, Misaka se sonroja.

Este capítulo vemos a Accelerator que se encuentra con una mini-misaka cuyo nombre es "Last order", ella es la última clon de Misaka y el módulo principal de la red Misaka. Ella fue en busca de Accelerator para que ella pueda regresar a la incubadora para terminar su crecimiento, pero a él no le importaba. Después, fue al laboratorio de investigación donde se encontraba la investigadora Yoshikawa. Ella le dijo a Accelerator que "Last Order" le insertaron un virus que puede infectar la red. El responsable de eso es el científico Amai Ao (quien vieron en el restaurante). Así que Accelerator tenía 2 opciones: atrapar a Amai Ao o salvar a Last Order, y este eligió la última opción.

Accelerator en busca de Last order, al parecer ella está con Amai. Finalmente, pudo encontrarla pero estaba padeciendo el virus. Yoshikawa le informó que en estado actual solo quedaba una opción, la cual era en matarla, pero Accelerator se rehusó y decidió crear una vacuna utilizando su habilidad de cálculo. Sin embargo, al último segundo, Amai le dispara en la cabeza y luego trata de matar a last order ya que el virus fue eliminado, pero Accelerator la protege con sus últimas fuerza. En su auxilio viene Yoshikawa quien dispara a Amai y este a ella. En el hospital ella recupera la conciencia y según el doctor gracias a Accelerator ella no perdió sangre debido al disparo y como acto final ella le pide al doctor que él pueda recuperar su habilidad.

Es 1 de septiembre y comenzaron las clases en ciudad academia. En la escuela de Touma se transfirieron 2 estudiantes Asia Himegami y Hyoka Kazakiri, esta última se vuelve amiga de index . Himegami le imforma a Touma que Hyoka también estuvo en su anterior escuela, pero ella nunca fue vista por ningún estudiante y dicen que ella es la llave para el sector del número imaginario. Por otro lado Sherry Cromwell, una maga de neccesarious, llega a la ciudad y es interceptada por Kuroko, pero logra escapar.

Touma, index y Kazakiri fueron al subterráneo, de repente hay un aviso que deben evacuar la zona. De repente, hubo un apagón y quedaron atrapados por obra de la maga Sherry. Misaka y Kuruko se encuentran con ellos. Luego de que Misaka e Index se conocieran Kuroko las transporta fuera de allí dejando solos a Touma y a Kazakiri. Kamijou decide ir en busca de la maga y Kazakiri lo sigue hasta encontrarla y con el ataque de Sherry, Kazakiri se da cuenta de que no es humana y debido a eso huye. Komoe le explica a Touma que ella fue creada a partir de residuos de poderes esper. La maga tenía acorralada a Hyoka antes de dar su ataque es detenida por Touma.

El objetivo de Sherry es en provocar una guerra entre la magia y la ciencia. Touma pudo detener a su golem de piedra con su imagine breaker, pero ella logra escapar. Kazakiri no quiere que nadie salga lastimado y se considera a sí misma un monstruo y va en busca de la maga para salvar a todos, pero Touma va en su búsqueda. Mientras tanto en la superficie Index estaba siendo atacada por Ellis, el golem.

Touma termina su pelea con Sherry, ella quería vengar a su amiga Ellis que antes fue humana, pero no pudo. En la superficie Kazakiri intenta proteger a Index arriesgando su cuerpo hasta que llega Touma a salvarla. Luego de que todo acabara, Kazakiri se despide de Index y promete que algún día se reencontraran.

Este capítulo es la segunda parte del capítulo 18 de la primera temporada. Touma e Index se van a un restaurante y son atacados por un mago llamado Yamasaki que captura a index para absorber el conocimiento de un libro, lo cual falla y queda gravemente herido. Su razón era que necesitaba saber como quitar una maldición a una chica y Touma decide ayudarle.

Touma recibe la noticia de que Index fue "secuestrada" por Stiyl, mientras que él va en su búsqueda se encuentra con un monja de la Iglesia católica llamada Orsola Aquinas. Una vez reunido con Index, Stiyl le pide que encuentre a la monja Orsola Aquinas, ella tiene la habilidad de descifrar "El libro de la ley" y según ella está siendo perseguida. Accidentalmente, ella siguió a Touma, pero su tiempo con ellos fue corto ya que la capturaron los amakusa (un grupo que Kanzaki era lider).

Touma, index, Stiyl y Agnese (monja que conocieron en el mismo lugar) fueron en busca de Orsola; su rescate fue un éxito, pero Tatemiya (líder actual de los amakusa) les explica que la Iglesia católica quiere eliminar a Orsola, ya que con lo que sabía del libro era un peligro para la comunidad cristiana, por eso ella pedio ayuda a los amakusa pero también desconfiaba de ellos. Touma quería verla para confirmar lo que le dijo pero las monjas Angeline y Lucia los atacaron.

Touma decide salvar a Orsola por su cuenta lo que no esperaba era que también Stiyl e Index pensaban lo mismo así que fueron a la iglesia "orsola" para detener su asesinato. Estando allí recibieron ayuda de los amakusa y comenzó una batalla entre los de las Iglesias católica y anglicana.

Una vez recuperado a Orsola les dice el método para descifrar el "libro de la Ley"; sin embargo, Index le dice que ese método es erróneo; por lo tanto, Orsola ya no representa una amenaza para la iglesia. Luego Touma tiene una pelea con Agnise siendo él el victorioso aunque resultó herido. En el hospital Kanzaki le da las gracias por resolver ese problema.

Kuroko y Uiharu observan que unas personas fueron robadas por otros tipos de negro que se llevaron una maleta procedente del espacio exterior. Kuroko decide detenerlos, pero de pronto aparece una chica que también tiene la habilidad de la teletransportación, esta deja a Kuroko heride y le cuenta que la maleta contiene un remanente del satélite "Tree Diagram" y, además, sobre el experimento que hicieron con Mikoto Misaka. Kuroko decide entrometerse y observa el enfrentamiento de Misaka y Awaki.

Awaki quiere utilizar el remitente para crear un nuevo satélite, al hacer eso el proyecto "Nivel 6" volvería. Misaka 10032 pide ayuda a Touma y junto con Misaka detengan ese propósito. Mientras tanto, Kuroko tiene un último enfrentamiento con Awaki en un hotel, pero ella logra escapar y destruye el edificio junto con ella dentro; sin embargo, Touma y Mikoto van en su auxilio. Awaki, luego de huir, se topó con Accelerator; el destruyó el remanente y la derrota con un golpe. Kuroko en el hospital le dice a Misaka que siempre puede contar con ella con tal de verla feliz.

Ciudad Academia tiene un gran festival deportivo donde participan todas las escuelas de la ciudad, así que Touma hace una apuesta con Misaka: si su escuela supera a la del otro hará cualquier cosa que le pida el ganador. Por otro lado, Tsuchimikado y Stiyl tienen la misión de localizar a Oriana Thompsom ya que ella tiene en su poder el "Sword Stab" cuyo poder puede matar a un santo. Touma, luego de ser arrastrado por Fukiyose Seiri (compañera de su escuela), encuentra a Oriana y decide perseguirla.

Tsuchimikado y Stiyl se unen a la persecución de Oriana. Ella les tiende muchas trampas en su camino y muchas veces los confunde. Como la perdieron Touma se encuentra con Index y deciden almorzar con sus padres. En el restaurante se encuentran con Mikoto y Misuzu Misaka (Madre de Mikoto).

Tsuchimikado pudo encontrar la localización de Oriana. El y Touma se la enfrentan pero logra escapar dejando el "sword stab", pero en realidad solo era un cartel. Ellos tratan de buscar el lugar en donde esta el hechizo de contraataque, que puede herir a cualquier persona con solo tocarlo, y se infiltran a un evento de otra escuela. Para su desgracia Fukiyose toca el sello dejándola inconsciente.

El objetivo de Oriana es en activar "la cruz de Pedro" para que la Iglesia católica tenga poder sobre ciudad academia. Tras la persecución Oriana ataca a Himegami creyendo que ella era un maga de Necessarius. Komoe trata de utilizar el hechizo de curación, mientras que Touma va tras Oriana.

Touma y Tsuchimikado son imformados por Orsola que les dice que para activar "la cruz de Pedro" necesita la luz de las estrellas. Ellos llegaron a la conclusión que ella ira a una pista de aterrizaje del aeropuerto. Finalmente, la encuentran teniendo una última pelea con Touma.

Touma logra derrotar a Orsola. Pero se les acaba el tiempo para encontrar "La cruz de Pedro". Dicha cruz la tiene Lidvia, una monja de los católicos; ella se encuentra lejos de ciudad academia pero el hechizo puede funcionar mientras haya luces de estrella; sin embargo, el cielo se ilumina con los fuegos artificiales por clausura del festival deportivo, haciendo que su plan falle. En el hospital, Misaka visita a Touma diciendo que su escuela fue la ganadora del festival; por lo tanto ella ganó la apuesta y Touma debe hacer lo que ella le pida.

Una semana después del festival deportivo. Touma gana un viaje al norte de Italia para dos personas. El e Index se encontraron con Orsola allá . En la noche Touma y Orsola cayeron en un barco de hielo que pertenecía a los católicos. Mientras que trataban de pensar una forma de escapar se encuentran con Agnise.

Agnise les cuenta que este es uno de los barcos de vigilancia de "La flota de la reina" un barco que transporta prisioneros. Sus amigas Lucia y Angeline fueron capturadas por tratar de rescatarla. Así que decidió trabajar con Kamijou para que sus amigas escapen y resultó un éxito. Fuera de allí Touma, Orsola, Lucia y Angeline se reunieron con Index en un barco de los amakusa planeando el rescate de Agnise. Luego, se infiltraron de nuevo en la flota de la reina y empezó otra batalla.

El líder de la flota es el Obispo Biagio, su objetivo es en activar el hechizo "La reina del mar adriatico" cuyo poder puede destruir una ciudad. Touma decide enfrentarlo para salvar a Agnise. Luego de que la flota fue destruida, Touma e Index fueron enviados de regreso a ciudad academia y Agnise, Lucia y Angeline se unieron a Necessarius. Por otro lado en Roma investigan a Touma Kamijou si es una amenaza o no.

Misaka encuentra a Touma para hacerle recordar la apuesta que hicieron en el festival deportivo, haciendo que el haga todo lo que ella le pida. Mientras tanto, Accelerator y Last order vivirán en la casa de Yomikawa, una "Anti-Skill". Después de un incidente con la ducha, Last Order le informa todo a Misaka 10032. Como acto final Last order le quita sus gobles;en consecuencia, Misaka 10032 se enfada y decide perseguirla cargando su arma.

Touma después de lidiar con Mikoto, se topa con Misaka 10032 en busca de Last Order. Touma le obsequia un collar para diferenciarla de la original. Mientras tanto, Accelerator sale en busca de Last Order, pero se encuentra con Index quien busca a Touma. Kamijou conoce a Last Order y ella le da las gracias por salvar a las "Sisters". Al final, Accelerator encuentra a Last order e Index a Touma sin que ellos dos se vieran.

Accelerator y Last Order regresan a la casa de Yomikawa pero son atacados por Amata Kihara, antiguo mentor de Accelerator, junto con sus soldados. Su objetivo es en capturar a Last Order. Accelerator pelea contra Kihara;sin embargo, su habilidad no funciona con el y es derrotado fácilmente. Con lo último de sus fuerzas lanza a Last Order lejos de ellos y luego Index aparece. Por otro lado una maga de los católicos llega a ciudad academia.

Last Order encuentra a Touma y le pide que ayude a Accelerator, mientras que van en su búsqueda son atacados por la maga que pertenece a la "Diestra del trono de Dios" su nombre es Vento del Fronte su misión es eliminar a Touma Kamijou. Por otro lado Accelerator e Index huyen del lugar dejándola en el hospital para que el busque a Last Order.

Aliester es el responsable de la destrucción de la ciudad. Utilizando a Last Order, Kazakiri se transformó en un ángel. Mientras tanto Accelerator encuentra a Kihara y Last order. Por otro lado Mikoto ayuda a Touma e Index para que puedan ayudar a Kazakiri. Touma llega al lugar donde esta Hyouka pero Vento está allí también. Aquí es donde empieza dos peleas en la ciudad: Accelerator vs Kihara y Touma vs Vento.

Comenzó la batala de magia y ciencia. Veto empieza a atacar y cuenta su odio a la ciencia. Por otro lado, Accelerator parecía tener problemas para vencer a Kihara, Index apareció para ver a Last Order. Utilizando un canto logra aterar sus ondas cerebrales para que Kazakiri vuelva a la normalidad. Touma derrota a Vento . Mientras tanto Accelerator derrota a Kihara salvando a Last Order.

Kazakiri le pide a Touma que la destruya, ya que no soportaba que todo el desastre lo causó ella, pero Touma no lo hizo ya que es su amiga. Unos soldados le pidieron a Accelerator que se una a GRUOP, una organización que protege la ciudad. El solo pudo aceptar; así que le dieron su primera misión y es acabar con una pandilla de Skill-outs junto con su líder.

Accelerator pelea contra Komaba Ritoku, líder de los skill-out. Con la ayuda de Awaki logra eliminarlo. En la noche Accelerator recibe una llamada del jefe de GROUP, le informa que ellos contrataron a un grupo de skill-outs para acabar con Misuzu Misaka. Ella llama a Touma y decide ayudarla; Accelerator decide ayudar a Touma desde las sombras. Touma se enfrenta contra Shiage Hamazura logrando vencerlo. Touma es visitado por index en el hospital y ella lo muerde mientras el grita: "Que mala suerteeeee!!!"

La tensión crece entre la Iglesia Católica Romana y Ciudad Academia desde el ataque de Vento del Frente. Tōma Kamijō tiene un día desafortunado cuando Index hambrienta lo muerde, Seiri Fukiyose golpea su cabeza con una pelota, su maestra llamada Suama Oyafune lo ataca por caminar quitándose la falda y Mikoto Misaka lo ataca después de encontrar una selfie de él y su madre en su teléfono. Más tarde, se ve obligado a seguir a una anciana llamada Monaka Oyafune, que resulta ser la madre de Suama, a un parque vacío.

Tōma se lanza en paracaídas a un río y casi se ahoga, pero Itsuwa de la Iglesia Amakusa lo salva. Tōma explica su misión de encontrar el Documento de Constantino, un artefacto mágico con el poder de hacer que todo lo que dice el Papa parezca la verdad absoluta, lo que resulta en disturbios en todo el mundo contra la Ciudad Academia. Mientras están en un café, Tōma e Itsuwa huyen cuando los alborotadores se dan cuenta de que está conectado con Ciudad Academia. En Londres, Stiyl Magnus y Agnese Sanctis interrogan a los prisioneros Lidvia Lorenzetti y Biagio Busoni para obtener información sobre el Asiento a la Derecha de Dios.

Motoharu se une a Tōma e Itsuwa en su lucha contra Terra, quien escapa rápidamente después de que llegaran los trajes de poder no tripulados enviados por Ciudad Academia. Luego se queda atrás para detenerlos, mientras Tōma e Itsuwa persiguen a Terra hasta el Palais des Papes. Al llegar, Tōma llama a Mikoto para revisar algunas noticias en Ciudad Academia. Mikoto le informa que la ciudad envió una operación de limpieza a Avignon para lidiar con un grupo religioso peligroso, pero su llamada telefónica se interrumpe cuando Terra llega con el Documento C. Durante su pelea, Terra se da cuenta de que Tōma aún no ha alcanzado todo el poder del Imagine Breaker debido a sus recuerdos perdidos.

GROUP captura a un individuo anónimo conocido como 'Administración', que luego es asesinado por Banka Yobō. Etzali investiga el apartamento de Management cuando llega BLOCK, obligándolo a disfrazarse como uno de ellos. GROUP se entera de que Management vendió un arma a un francotirador llamado Chimitsu Sunazara, que planeaba apuntar a Monaka, pero Accelerator detiene el intento de asesinato. Pronto se enteran de que fue una desviación del plan real de SCHOOL de apuntar al laboratorio de ingeniería de partículas.

Kazari Uiharu acompaña a un Last Order fugitivo. Al llegar al centro de control de satélites, Accelerator se enfrenta a un teletransportador de MEMBER llamado Saraku y logra derrotarlo. En otra parte, el líder del MIEMBRO llamado 'Profesor' se enfrenta a Teitoku, pero en su lugar muere. Mientras tanto, BLOCK comienza a apagar el sistema de vigilancia de Ciudad Academia para permitir la entrada de mercenarios desde el exterior, pero Etzali alerta a los helicópteros no tripulados para que los detengan. Los miembros restantes de BLOCK llamados Tatsuhiko Saku y Megumi Teshio continúan con su plan de matar a Aleister Crowley tomando como rehenes a los camaradas encarcelados de Awaki Musujime a cambio de teletransportarlos al interior del edificio sin ventanas.

Shiage descubre que el escondite de ITEM está siendo atacado por SCHOOL. Teitoku intenta matar a Shiage, pero Rikō Takitsubo lo detiene con su habilidad activada por las drogas Body Crystal. SCHOOL luego se va después de que logran su misión de desactivar el poder de Rikō. Una vengativa Shizuri Mugino le ordena a Rikō que use más su habilidad. Shiage confisca la droga y la lleva a Aiho Yomikawa por seguridad. Luego se enfrenta a Shizuri, quien recientemente mató a Frenda por traicionarlos.

Itsuwa llega a Ciudad Academia y le dice a Tōma que fue asignado como su guardaespaldas para protegerlo de Acqua, quien quiere matarlo por arruinar los planes del Asiento a la Derecha de Dios. Mientras sus compañeros católicos de Amakusa observan a los dos y planean acercarlos, Mikoto pasa mientras se ocupa de la revelación de la pérdida de memoria de Tōma. Tōma lleva a Itsuwa a su dormitorio y luego encuentra a Index destruyendo accidentalmente su baño. Itsuwa decide llevar a Tōma e Index a un spa ubicado en un nivel subterráneo del Distrito 22.

Tōma está hospitalizado, mientras que Itsuwa todavía está deprimida, pero se motiva para defenderse después de que Saiji Tatemiya le dio una severa lección. Los Católicos Amakusa preparan sus armas para otra pelea contra Acqua. Reciben información de Orsola Aquinas sobre el pasado y las habilidades de Acqua, preparándolos para enfrentarlo. Los Católicos Amakusa lanzan una maldición sobre Acqua, pero es anulada por su habilidad de Madre Divina.

Tōma recupera la conciencia y se escapa del hospital para ayudar en la lucha de los católicos Amakusa contra Acqua. Se encuentra con Mikoto en su camino y tiene una conversación profunda con ella. Mientras tanto, Acqua continúa dominando a Kaori hasta que los católicos Amakusa se unen a la batalla para ayudarla.

Una explosión en el Eurotúnel daña gravemente tanto a la economía inglesa como a la francesa, provocando un aumento de las tensiones entre ambos países. La familia real británica convoca a Index para determinar la causa, con Tōma actuando como su guardián.

Tōma e Index llegan a Edimburgo y Kaori los lleva al Palacio de Buckingham para encontrarse con la Reina Elizard, la Primera Princesa Riméa, la Segunda Princesa Carissa, la Tercera Princesa Villian y el Caballero Líder.

Carissa comienza a movilizar a los Caballeros de Inglaterra. Smartvery y sus compañeras brujas chocan con los caballeros cerca de la frontera del país. Agnese y sus compañeras monjas de batalla se enfrentan a otros caballeros, pero logran escapar de ellos.

Tōma y Floris se encuentran con Villian y son encontrados por los católicos de Amakusa. Continúa encontrando a Index y ve a Acqua, quien recientemente derrotó al Líder de los Caballeros y su carruaje.

Las brujas de Coven Compass comienzan a lanzar un ataque en el Palacio de Buckingham, mientras que los aliados de Tōma logran llegar al palacio y luchar contra Carissa, pero se encuentran en desventaja.

GROUP tiene la tarea de eliminar un grupo llamado 'Spark Signal'. Shiage visita a Rikō y Saiai Kinuhata en una habitación privada, y este último le informa más tarde sobre unirse a un nuevo equipo que constaba de miembros difuntos de ITEM, SCHOOL, BLOCK y MEMBER. Accelerator salva a un grupo de niños retenidos como rehenes por Spark Signal en una instalación subterránea de aceleradores de partículas y se molesta con la demanda de los terroristas de revelar toda la información relacionada con DRAGON.

Shiage logra llegar al edificio de la habitación privada en helicóptero. Accelerator también llega y somete a Spark Signal cuando aparece el guardaespaldas de Shiokishi llamado Sugitani y mata a los agentes restantes. Más tarde encuentra a Shiage y a Rikō debilitado. Saiai llega cerca del edificio pero de repente es atacado por Stephanie.

Mientras Awaki está inconsciente, Accelerator se enfrenta a Sugitani y logra derrotarlo a pesar de estar paralizado. Etzali continúa luchando contra Tecpatl empuñando un grimorio original basado en el calendario azteca hasta que finalmente lo mata. Mientras tanto, Saiai logra derrotar a Stephanie a pesar de la falta de suministro de nitrógeno para su habilidad en el área.

El gobierno ruso declara la guerra a Ciudad Academia. En Rusia, Shiage y Rikō llegan cuando la salud de este último empeora, mientras que Accelerator y Last Order abordan un tren y se encuentran con tres soldados desconocidos de alto poder con un maletín. A Tōma le sigue Lessar, quien intenta seducirlo para ponerlo del lado del Reino Unido.

La mujer enmascarada confronta a Accelerator y se presenta como Misaka Worst. Mientras tanto, Vento convoca un barco de hielo de la Flota Reina de Biagio para atacar a Fiamma, pero es derrotado. Fiamma revela estar conectado conscientemente con Index, quien actualmente descansa en Londres, y se burla de Tōma por mentir sobre su pérdida de memoria frente a ella.

Héroes, villanos... Parece que Accelerator lo tenía todo bastante claro, pero Touma tiene algo más que palabras con él y le hace ver que está equivocado.

Vasilisa contacta al Papa para discutir su plan para lidiar con la guerra actual. Aiwass le indica a Hyōka Kazakiri que detenga al Arcángel Gabriel en Rusia. Acqua y Shiage logran liberar a los aldeanos de los corsarios militares. Luego se retira cuando las fuerzas de Ciudad Academia se acercan para asegurar la aldea.

Fiamma cada vez está más cerca de lograr su objetivo. Y si fuera poco, cuenta con el tremendo poder de un arcángel que dará muchos problemas a los presentes.

El arcángel Gabriel ataca desencadenando una fuerza temible, pero por suerte habrá varias personas que lucharán para hacerle frente de diferentes modos.

Touma se encuentra frente a Fiamma para hacerle frente, derrotarlo y acabar con sus ambiciones de una vez por todas.

Mientras Touma sigue enfrentándose a Fiamma, el resto combate por su lado y comienza a sacar la bondad de su interior. Accelerator por su parte ha conseguido comprender algo que le puede servir para savar a la mocosa que quiere proteger.

Accelerator salva a Last Order a pesar de sufrir graves heridas por el uso de la magia. Mientras tanto, Tōma derrota a Fiamma y decide dejarlo escapar. Se encuentra con Mikoto y Misaka #10777 que llegan para rescatarlo, pero rechaza que se ocupen del descenso de la Estrella de Belén. Tōma luego se encuentra con Index en su modo John Pen y se disculpa por mantener su pérdida de memoria en secreto para ella. Stiyl contacta a Tōma y le indica que destruya los elementos mágicos elevados que se encuentran en la fortaleza voladora. Llega el Arcángel Gabriel, pero es derrotado por Tōma mientras se sumergen en el Océano Ártico. ITEM se encuentra con soldados liderados por su enlace, que querían recuperar a Rikō debido a su potencial de convertirse en el Esper de nivel 5 número 8, pero los aldeanos los salvan.