수도 도쿄의 3분의 2 정도의 크기를 가진 거대 도시. 이 도시는 총 인구 230만 명 중 약 80%가 학생이이기 때문에 '학원 도시'라고 불리는 곳으로 대부분의 주민인 학생들에게 초능력을 개발하는 특수한 커리큘럼이 마련되어져 있는 조금은 특수한 도시이다. 그뿐만 아니라 길거리에선 청소 로봇의 모습도 흔히 볼 수 있을 정도의 최첨단 도시의 면모를 갖추고 있는데... 이 학원 도시에 사는 고등학생, 카미죠 토우마의 초능력 능력은 낙제 직전의 무능력인 레벨 0이었다. 그가 레벨 0일 수밖에 없는 비밀은 그의 오른손에 '이능의 힘이라면 뭐든지 지워버리는' 불가사의한 능력이 잠재돼 있었기 때문이었다. 그뿐만 아니라 그는 '신의 가호'까지 지워버리는 오른손 때문에 불행이 끊이지 않는 인생을 보내고 있었다. 그러던 중, 여름방학을 맞은 토우마 앞에 순백색 수도복을 입은 수녀로 보이는 '인덱스'라는 여자아이가 나타난다. '인덱스'는 자신이 마술과 관련이 있으며 자신이 소유한 10만 3000권의 마도서 탓에 적들한테 쫓기고 있다는 알 수 없는 말을 하는데...

보충수업을 끝내고 학교에서 돌아온 토우마는 자기 집 앞에 청소 로봇들이 모여 있는 것을 발견한다. 청소 로봇들의 행동에 의심을 품고 집 앞에 다가온 토우마는 낮에 자신의 집 베란다에 널브러져 있던 수녀님, 인덱스가 피투성이가 된 채 정신을 잃고 쓰러져 있는 걸 발견한다. 그녀를 그렇게 만든 것은 그녀를 회수하려고 쫓아왔다는 마술사의 짓으로 보이는데... 인덱스에게 말을 거는 토우마 앞에 나타난 건 빨간 머리에 눈 밑의 바코드, 검은 수도복을 입은 장신의 외모 특징을 가진 젊은 마술사의 이름은 스테일마그누스였다. 그는 인덱스를 데리고 가려는 자신을 막아서는 토우마를 향해 갑자기 룬 마술을 쓰는데... 그러자 불꽃의 모습을 띠는 '마녀 사냥의 왕(이노켄티우스)' 이 나타나고 토우마는 이 '이노켄티우스'의 습격을 받아 절체절명의 위기에 놓인다. 그러던 중, 그런 토우마를 향해 의식을 잃었던 인덱스가 갑자기 눈을 뜨고는 이상한 말을 하기 시작하는데...토우마는 과연 인덱스를 데리고 가려는 스테일을 물리치고 인덱스를 지켜낼 수 있을까?

인덱스의 '자동 서기'가 발동된 덕분에 토우마는 구사일생으로 목숨을 구한다. 그 후, 다시 의식을 잃은 인덱스의 상처를 치료하기 위해선 마술에 의한 치료가 필요했는데... 하지만 초능력을 개발하는 사람들은 초능력의 영향 탓에 마술을 사용하면 몸에서 피를 내뿜으며 죽는다는 걸 알게 된 토우마는 초능력을 가지고 있지 않은 담임선생님, 코모에를 찾아가 인덱스의 치료를 부탁한다. 자신의 오른손은 모든 마술을 지워버리는 탓에 어쩔 수 없이 코모에의 아파트 밖으로 나가게 된 토우마는 인덱스의 치료를 위해 아무것도 할 수 없는 자기 자신을 보며 분해한다. 한편, 다시금 '자동 서기'가 발동된 인덱스의 지시에 따라 코모에는 상상 속의 천사를 떠올리는 방법으로 인덱스의 치료를 시작하고 드디어 인덱스의 상처를 치료하는 데 성공한다. 치료가 끝난 후, 코모에의 아파트로 돌아온 토우마에게 인덱스는 자신의 머릿속에 마도서를 집어넣게 된 배경을 설명하기 시작하는데... 과연 인덱스에게는 어떤 사연이 숨겨져 있는 것일까?

사람을 쫓는 룬을 붙인 탓에 이상할 정도로 한산한 도로 한복판에 서 있던 토우마. 그의 앞에 모습을 드러낸 마술사는 스테일이 아닌 칸자키카오리였다. 칸자키카오리, 그녀는 긴 칼을 무기로 쓰는 여자 마술사로 '칠섬'이란 마술을 앞세워 토우마를 압도해 나간다. 토우마는 자신의 오른손을 이용해 그녀의 이능의 힘을 지워버리려 하지만 뜻대로 되지 않는데...토우마를 죽이기 전에 인덱스를 자신이 '보호'하게 해 달라고 몇 번이고 말하는 카오리에게 정신을 차리지 못할 정도로 심한 상처를 입으면서도 끝까지 버텨보는 토우마였지만 결국 쓰러지고 만다. 몽롱해 가는 의식 속에서도 토우마는 막강한 힘의 차이에도 불구하고 자신을 죽이지 않는 카오리가 무자비한 마술사가 아님을 직감하고 자신의 생각을 카오리에게 말한다. 이에 카오리는 뜻밖에도 자신이 인덱스와 영국 청교도에 함께 소속된 동료이자 인덱스는 자신의 소중한 친구라는 사실을 털어놓으며 모든 일의 원흉은 인덱스가 지닌 '완전 기억 능력' 때문이라고 하는데... 과연 카오리와 인덱스 사이에는 어떤 사연이 숨겨져 있을까?

10만 3천 권의 마도서의 내용을 머릿속에 담고 있는 탓에 정산인의 15%밖에 뇌를 사용할 수 없다는 인덱스. 완전 기억 능력이란 특수한 능력을 가졌기 때문에 그 기억을 정확히 1년 주기로 지워주지 않으면 그녀는 목숨을 잃을 수도 있다고 한다. 그 사실을 카오리를 통해 알게 된 토우마에게카오리가 전화를 걸어온다. 제한시간, 인덱스를 살릴 수 있는 리미트는 바로 그날 밤 자정. 그 제한시간을 지나게 되면 인덱스는 죽을 수도 있기 때문에 그 전에 자신과 스테일이 기억을 지우러 갈 것이므로 작별 인사를 하라는 카오리의 말에 충격을 받은 토우마는 인덱스의 기억을 지우지 않고도 그녀를 살릴 수 있는 방법을 찾기 위해 골몰한다. 하지만 그의 그런 노력에도 불구하고 허무하게도 시간은 제한시간인 자정, 12시가 돼 버린다. 그렇게 토우마 앞에 카오리와스테일이 모습을 드러내는데... 궁지에 몰린 토우마는 과연 인덱스의 기억을 지우지 않고도 살릴 수 있는 방법을 찾아낼 수 있을까?

인덱스의 기억을 1년 주기로 지우지 않으면 안 되는 원인은 그녀의 완전 기억 능력에 의해 뇌가 압박을 받기 때문도 아니고 10만 3000권의 마도서를 기억하고 있던 탓도 아니었다. 사소한 점에서 의문을 품기 시작한 토우마는 뭔가 다른 이유가 있을 거란 사실을 확신하다. 그 이유가 인덱스를 경계하는 교회 측에서 인덱스의 뇌에 '뭔가'의 장치를 만들어뒀기 때문이란 걸 안 토우마는 그 장치를 오른손에 실려 있는 힘 '환상 죽이기(이매진브레이커)'로 파괴시켜 버리기로 한다. 토우마의 과감한 행동한 인덱스의 몸에서는 '세인트 조지 성역'이 발동되는데... 인덱스의 뇌 안의 마도서들도 적이라고 인식한 토우마를 배제하고자 차례, 차례로 술식을 펼쳐나간다. 계속되는 술식 공격에 힘에 부쳐하는토우마를 위해 스테일과카오리 또한 자신들의 마술의 힘을 빌려주는데... 과연 토우마의 오른손은 신이 만들어내는 환상을 부술 수 있을까?

참고서를 사러 외출했던 토우마와 인덱스는 우연히 길거리에서 반 친구인 모토하루와 파란 머리 피어스를 만나게 된다. 아이스크림을 먹고 싶어 하는 인덱스와 함께 아이스크림 집으로 향하는 토우마, 모토하루, 파란 머리 피어스였지만 아이스크림 가게는 수리를 위해 문을 닫은 후였는데... 이에 네 사람은 가까운 패스트푸드 햄버거 집으로 향하고 거기에서 우연히 검은 머리의 소녀를 만나게 된다. 무녀복을 입은 그녀는 100엔짜리 햄버거를 30개나 먹어서 배가 불러 몸을 주체할 수 없다고 할 뿐 아니라 돌아갈 전철비가 없다며 처음 만난 토우마에게 100엔을 빌려달라고 하는 등 특이한 행동을 서슴지 않는다. 모두들 그녀를 무녀라고 생각하지만 뜻밖에도 그녀는 자신이 마법사라고 말하는데... 이에 인덱스는 마법사란 구체적인 증거를 대라고 발끈하지만 그녀가 자신의 입장을 밝히기도 전에 그녀의 학원 선생님들이라는 검은 정장을 입은 남자들이 한꺼번에 등장해 그녀를 데리고 사라져 버린다. 기묘한 소녀와의 만남 후, 집으로 돌아가던 길에 토우마 앞에 스테일이 모습을 드러낸다. 스테일은토우마에게아우레올루스이자드란 연금술사에 의해 입시학원인 '미사와 학원' 감금돼 있는 '흡혈 살인(딥블러드)'란 능력을 가진 소녀를 구하러 같이 가자고 말하는데...

미사와 학원에 갇혀 있는 소녀의 이름은 히메가미 아리사. 바로 토우마가 패스트푸드 햄버거 가게에서 만난 무녀복을 입고 있던 그 소녀였다. 스테일과 함께 잠입한 미사와 학원의 로비에서 토우마는 뜻밖에도 갑옷을 입은 채로 피를 흘리고 쓰러져 있는 로마 정교의 13기사단의 기사의 시체를 보게 된다. 로봇이 아닌 사람이란 사실에 놀라는 토우마에 비해 로비를 지나다니는 학생들은 태연하기 그지없는데...스테일에 말에 따르면 '동전의 앞면과 뒷면'처럼 앞면에 사는 사람들인 학생들이 뒷면에 있는 외부의 적을 눈치채지 못하도록 결계를 쳐 두었기 때문에 가능한 일이라고 한다. 결계를 부수기 위해서는 마술의 핵이 되는 물건을 찾아서 부수는 방법밖에 없다고 하는데.. 앞면의 세계와는 단절돼 버린 토우마와스테일은 몇 층이나 되는 거리를 엘리베이터가 아닌 계단으로 걸어서 올라가야 하는 등, 여러 가지 어려움을 겪는다. 게다가 그뿐 아니라 앞면과 뒷면 세계의 차이로 자신들의 모습이 절대로 보일 리 없는 학생들이 갑자기 자신들이 하던 행동을 모두 멈추고 주문을 외우기 시작하는데...

흡혈귀를 유인해 내는 능력을 가진 히메가미아이사, 그리고 아이사가 유인해 낼 수 있는 그 흡혈귀의 힘을 필요로 하는 아울레올루스. 아이사에게는아울레올루스와 함께 행동할 수밖에 없는 이유가 있었다. 한편, 토우마의 뒤를 쫓아 미사와 학원에 도착한 인덱스는 그만 아울레올루스의 손 안으로 넘어가고 만다. 아울레올루스가 있는 곳을 알아낸 토우마와스테일은 그가 있는 곳에 도착하고 그들의 눈앞에는 정신을 잃은 듯 쓰러져 있는 인덱스가 있었다. 그것을 본 스테일은아울레올루스가 흡혈귀를 유인해 내려는 이유가 금서목록, 인덱스의 고통을 덜어주기 위한 것임을 알아채고 그 일은 이미 자신과 함께 있는 토우마가 해냈음을 아울레올루스에게 알려준다. 자신이 지금껏 이루고자 했던 목표가 이미 물거품이 됐단 사실을 알게 된 아울레올루스는토우마와스테일은 물론 이용 가치가 사라진 아이사에게도 맹렬한 공격을 퍼붓는다. 자신의 말하는 그대로 모든 일이 실현된다는 '황금 연성(알스마그나'를 구사하는 아울레올루스에게토우마는 자신의 이미진 브레이커, 오른손을 무기로 맞서는데...

인덱스에 관한 사건에 휘말리느라 결과적으로 여름 방학에 들어야 했던 보충수업을 땡땡이치게 된 토우마는 어쩔 수 없이 7월 하순에 마쳐야 했을 보충수업을 8월 하순이 돼도 들을 수밖에 없었다. 보충수업을 마치고 학교에서 돌아오던 길, 자판기에 돈을 먹히는 그에게는 항상 있는 '불행'에 휘말리고 만 토우마 앞에 토키와다이의 중학교에 다니는 찌릿찌릿 중학생, 미사카미코토가 나타난다. 하지만 기억을 모조리 잃어버리고 만 토우마는 그녀와 전에 만난 적이 있었단 사실을 기억하지 못한다. 그 사실을 모르는 미코토는토우마에게 자판기에 먹힌 그의 돈, 2천 엔을 돌려주겠다고 말하고는 자신이 가진 초능력, '찌릿찌릿'을 이용해 자판기에서 2천 엔어치 이상의 음료수 캔을 뱉어내게 해준다. 미코토의 이런 모습에 놀란 토우마는정신없이 그녀의 곁에서 도망치지만 그런 그의 앞에 모습을 드러낸 건 특이한 말투와 함께 군용 고글을 쓴 소녀였다. 자기 자신을 '미사카'라고 칭한 그 소녀는 바로 미사카미코토의 여동생이었다. 그 소년을 본 미코토는 당황한 모습으로 여동생을 데리고 황급히 토우마의 앞에서 모습을 감춘다. 한편, 그런 그녀들이 떠나는 모습을 보고 집으로 향하던 토우마는 좀 전에 미코토와 돌아간 미코토 동생과 다시 또 만나는데...

미사카미코토의 여동생 '미사카'와 함께 길에서 주운 검은 고양이를 데리고 집으로 향하던 토우마는 도중에 고양이를 기르는 법에 대한 책을 찾기 위해 검은 고양이를 '미사카'에게 맡겨둔 채, 혼자 서점 안으로 들어간다. 하지만 원하던 책을 골라 서점 밖으로 나온 토우마를 기다리고 있던 건 '미사카'가 아닌 혼자 울고 있는 검은 고양이 뿐이었다. 토우마는 서점 주변의 '미사카'가 갈 만한 곳을 찾기 시작하고 그러다 어두컴컴한 좁은 골목길에서 벗겨져서 나뒹굴고 있는 '미사카'의 신발과 피투성이가 된 채 토키와다이 중학교의 교복을 입고 있는 소녀, 미사카미코토의 여동생, '미사카'의 모습을 발견한다. '미사카'가 죽었다고 확신한 토우마는 놀란 마음을 진정시키지 못한 채, 경비원(안티 스킬)에게 신고를 하고 그들과 함께 '미사카'의 시체가 있던 사건 현장으로 향하지만 그곳에 남아 있는 건 그녀의 신발뿐이었다. 시체는 물론 여기 저기 뿌려져 있던 피마저 감쪽같이 사라지고 없었다. 자신이 헛것을 봤을 리 없다고 확신하는 토우마는 이상하단 생각에 그 주변을 훑고 다니고 그러다 침낭을 안고 있는 자신이 죽었다고 생각한 '미사카'와 만나게 되는데...

미사카미코토와 쏙 빼닮은시스터즈(여동생들) '미사카'가 미코토의 클론임을 알게 된 토우마는미코토의 기숙사를 찾아간다. 미코토는 방에 없었지만 룸메이트인 쿠로코의 도움으로 미코토의 방에 들어가게 된 토우마는 우연히 침대 밑에 숨겨져 있던 보고서를 발견하고 그 보고서를 통해 미코토 그리고 그녀의 여동생들인 '미사카'와 관련된 '실험'이 진행 중임을 알게 된다. 그 실험이란 바로 학원 도시 최강의 능력자 '액셀러레이터(일방통행)'을 현재의 능력 단계 레벨 5에서 그 누구도 도달하지 못했던 레벨 6로 만드는 것이었다. 갑작스럽게 알게 된 진실에 충격을 감추지 못하던 토우마는미코토가 걱정되는 마음에 그녀를 찾아 나선다. 한편, 그 시각 자신이 어렸을 적 제공한 DNA 맵 때문에 자신의 클론이 만들어지고 그로 인해 자신의 클론인 시스터즈가 하나, 둘씩 목숨을 잃고 있다는 죄책감에 괴로워하던 미코토는 '액셀러레이터(일방통행)'을 멈출 수 있는 사람은 자신밖에 없다는 생각에 '액셀러레이터(일방통행)'를 만나 정면으로 맞서 싸워 보기로 결심한다. 그렇게 이미 죽음까지 각오한 미코토의 앞을 가로막아선 건 다름 아닌 그녀를 찾아 헤매던 토우마였는데...

미사카미코토의 전기 공격을 받고 기절했던 토우마가 일어나 엑셀러레이터가 있는 곳을 가르쳐 달라고 한다. 지금의 몸으론 무리라며 가지 말라고 하는 미코토를 뒤로한 채 토우마는엑셀러레이터와미사카10032호가 있는 실험장으로 간다.

레벨 제로인 토우마 자신이 레벨 5의 엑셀러레이터를 이기면 실험은 더 이상 진행되지 않을 것이란 생각에서 였다. 이미 엑셀러레이터와미사카 10032호의 실험은 시작되었고, 미사카10032가 위험에 빠진 순간 토우마가 나타나 당장 그녀에게서 떨어지라고 말한다. 미사카 10032호는 자신은 복제품이며 아직도 재고가 잔뜩 있는 자신과 같은 존재를 구하려 위험을 자초한 토우마의 행동에 의아해한다. 토우마는 넌 단 하나뿐인 존재라며 쉽게 죽으려 하지 말라고 말하는데...

학원도시 최강인 레벨 5가 학원도시 최약인 레벨 0 에게 간단히 패배한다면, 이런 터무니 없는 실험은 중지될 것이라고 생각한 토우마는엑셀러레이터와미사카1003

2호의 실험장으로 찾아간다. 말처럼 간단한 것은 아니지만 해볼 가치는 있을 거라고 느낀 토우마의 반격이 시작되고 뒤이어 따라온 미코토까지 공격에 가담해보지만 엑셀러레이터의 실력은 만만치 않다. 공기를 압축시켜 플라즈마를 형성해 공격하려고 엑셀러레이터가 준비중인 바로 그 때, 미코토는 한가지 묘안이 떠올라 미사카10032에게 도와달라고 호소한다. 그 말에 감동을 받은 미사카10032호와 나머지 미코토의 클론들은 모두 모여 풍력발전기에 전파를 내보내 바람의 방향을 바꿔버려 공격에 혼란을 준다. 이 때를 놓치지 않고 토우마의 공격이 이어진다.

토우마는엑셀러레이터와의 사건으로 학원도시가 좀 시끄러워졌는지, 코모에 선생님으로부터 학원도시를 잠시동안 떠나 있으면서 쉬다가 오라는 지시를 받는다. 그래서 인덱스와 둘이 바다에 가게 되고, 그 곳으로 토우마의 부모님도 오시기로 했다는 연락을 받는다. 기억을 잃은 탓에 부모님의 얼굴도 모르는 토우마는 두근거리는 마음으로 부모님이 오시길 기다리고, 다음 날 아침, 아버지와 함께 토우마를 찾아온 어머니는 바로 인덱스였다! 그리고, 미코토는 자신이 사촌 동생이라고 소개하며 토우마에게 애교를 부리고 스테일은 여관 주인 행세를 하고 같은반 친구인 파란머리의 피어스는 인덱스의 옷을 입고 나타났다. 모두가 뒤죽박죽이 된 세상! 토우마는 자신을 놀리기 위해 모두가 작정하고 몰래카메라라도 찍는 줄 알고 있는데, 몰래 카메라라고 하기엔 이상한 부분이 너무 많다. 혼란스러워하는 토우마의 앞에 이상한 복장의 작은 소녀 마술사가 나타나 그에게 위협을 하고, 같은반츠치미카도모토하루와스테일과 같이 있던 칸자키카오리가 나타나 작은 소녀 마술사를 막아서는데...

학원도시를 떠난 여름 바다에서, 토우마는 가족과 재회했다. 하지만 엔젤폴이라는 마술의 영향으로 가족과 친구들은 모두 본래의 모습이 아니라 다른 사람이 되어 있었고, 혼란스러워 하는 토우마의 앞에 러시아 교회의 미샤크로이체프와칸자키카오리, 츠치미카도모토하루가 나타났다. 모토하루는 자신도 실은 네세사리우스의 멤버라고 신분을 밝힌다. 다음 날 현관문 잠그는 걸 깜박했다며 인덱스의 모습을 한 어머니가 집에 다녀오시려는데미샤가따라나선다. 뭔가 이상하다고 느낀 토우마가모토하루와 집으로 향하는데, 도착한 토우마 아버지의 집에서 그들은 놀라운 걸 발견한다.

대규모 마술 '엔젤 폴(천사 타락)'을 멈추기 위해서는 술사를 쓰러뜨리던지 의식장을 부수는 두 가지 방법 중 하나밖에 없다. 몇 가지 의심되는 행동을 하는 미샤가 술사라고 예측한 토우마와모토하루는 그녀를 쫓아서 토우마의 부모님이 사는 집으로 향한다. 그녀보다 한 발 앞서 현지에 도착한 두 사람의 눈에 띈 것은 토우야가 찍혀 있는 사진이 끼워진 액자였다. 그 모습은 바닷가에서 봤던 것과 너무나도 똑같았는데... 마술의 영향을 받지 않는 건 술사뿐이란 사실을 아는 토우마는 당황스러운 마음에 다시 여관으로 돌아오고 바닷가에서 그의 아버지, 카미죠토우야와 이야기를 나눈다. 어째서 초자연 현상에 관여했느냐고 묻는 토우마에게토우야는 자신이 아들인 토우마의 불행한 인생을 바뀌기 위해서 했던 일들을 말하기 시작한다. 아들과 아버지가 대화를 나누는 곳에 갑자기 나타나 자신의 표적을 없애려고 하는 미샤. 그리고 그녀를 말리기 위해 그곳에 나타난 카오리는미샤의 정체에 대해 생각지도 못한 말을 입에 담는데...

여름방학의 마지막 날. 방학 숙제가 있었음을 깨달은 토우마는 숙제를 끝내기 위해 모토하루와 파란 머리에게 도움을 청해 보지만 그들은 토우마의 부탁을 장난으로 넘기기만 한다. 결국 토우마는 방학 숙제를 끝마치기 위해 고군분투하는데... 한편, 여느 때처럼 편의점에 가려고 기숙사 현관 앞을 나선 미코토 앞을 한 명의 남자가 막아선다. 그 남자는 우나바라미츠키. 미코토가 다니는 토키와다이 중학교의 이사장의 아들로 일주일 동안 미코토의 뒤를 졸졸 따라다니던 남자였다. 그가 탐탁치 않았던 미코토는 때마침 기숙사 앞을 지나가던 토우마에게 하루만 자신의 연인인 척 해 달라는 부탁을 한다. 바로 토우마와 자신이 사귀는 척 해서 자신을 귀찮게 따라다니는 그 남자, 미츠키를 떼어내려는 속셈이었다. 하지만 결국 연인 연기를 하던 도중 토우마와미코토는 그 계획을 포기하기로 한다. 미코토는 미안한 마음에 토우마에게 맛있는 것을 사주겠다며 혼자 햄버거 가게로 향한다. 그렇게 홀로 남겨진 토우마 앞에 미츠키가 나타난다. 하지만 바로 그 순간, 미츠키와 똑같은 겉모습을 한 '또 다른 한 명의 미츠키'가 미코토 뒤를 쫓아서 햄버거 가게로 들어가는 모습을 목격하는데...

레벨 6 시프트(절대 능력 진화)' 계획의 실패, 다시 말해 토우마와의 싸움에서 진 액셀러레이터(일방통행)는 날마다 불량한 녀석들의 공격을 받으며 수난의 나날을 보내고 있다. 잠시 편의점을 들렀다 집으로 향하는 길, 그의 앞에 담요를 뒤집어쓴 한 소녀가 나타난다. 그 소녀는 다름 아닌 '미사카시스터즈' 중 1명으로 '시스터즈'의 최종 생산품인 20001번째 라스트 오더(마침표)였다. 라스트 오더는 자신이 한창 성장하는 도중에 계획이 중단되는 바람에 곤란해졌다면서 액셀러레이터에게 잘 아는 연구자를 소개시켜달라고 부탁한다. 싫다고 거절하는 액셀러레이터의 대답에도 굴하지 않고 라스트 오더는 그의 뒤를 졸졸 따라가 그가 사는 집까지 간다. 액셀러레이터의 집은 불량한 녀석들에 의해 이미 엉망이 된 상태였지만 라스트 오더는 개의치 않고 액셀러레이터의 침대에서 잠을 청하고 다음날 액셀러레이터 보다 먼저 일어나 그를 깨운다. 그리고 그에게 요리를 부탁하지만 매몰차게 거절당하고 두 사람은 고픈 배를 채우기 위해 근처의 한 식당으로 향한다. 그곳에서 라스트 오더는 자신이 생각하는 액셀러레이터에 대해 털어놓는 한편, 액셀러레이터는 그 식당 밖의 주차장에서 자신의 세워뒀던 차를 타고 그곳을 황급히 빠져나가는 '레디오노이즈(양산화 능력자)' 담당 연구자 아마이아오의 모습을 발견하는데...

미사카 네트워크'의 사령탑, 즉 총괄 책임을 짊어지고 개체로서 만들어진 '라스트 오더'. 액셀러레이터는 그녀, 라스터 오더에 대한 이야기를 나누기 위해 '레벨 6 시프트(절대 능력 진화)' 실험 계획의 연구 담당자, 요시카와키쿄우를 찾아간다. 키쿄우를 통해 라스트 오더의 머릿속에 시스터즈를 폭주시킬 수 있는 바이러스가 심어진 사실을 알게 된 액셀러레이터는 두 가지 선택의 갈림길에 놓이게 된다. 선택지 중 하나는 라스트 오더를 데리고 와 그녀가 들어 있던 배양기 안으로 되돌려 놓는 것이었고 또 다른 하나는 그녀의 머릿속에 바이러스를 심어 넣은 아마이아오란 연구자를 찾는 일이었다. 라스트 오더의 바이러스가 기동되는 시간은 키쿄우가 행동에 나선 바로 그날, 9월 1일 자정 12시까지였다. 라스트 오더를 혼자 식당에 두고 키쿄우를 만나러 갔던 액셀러레이터는 다시 그녀를 찾아 식당으로 가지만 여종업원으로부터 흰 가운을 입은 사람이 그녀를 데리고 갔다는 말을 듣는다. 흰 가운이라는 말에 낮에 봤던 아마이아오의 모습을 떠올린 액셀러레이터는 그를 찾아 나서고 결국 폐쇄된 연구소에서 그를 찾아낸다. 도망치려는 아마이아오를 붙잡는 한편, 라스트 오더를 보호하는 액셀러레이터였지만 그의 노력이 허무하게도 제한시간을 4시간이나 앞두고 바이러스가 기동을 시작하는데...

드디어 개학을 맞이한 토우마는 기억을 잃어버린 탓에 마치 전학생이라도 된 듯 긴장감을 느낀다. 그런 토우마의 앞에 나타난 진짜 전학생은 인덱스? 가..아니라 아이사였다. 그후 인덱스와 함께 만나게 된 효우카라는 학생은 뭔가 평범한 학생은 아닌 듯 한데... 과연 그녀의 비밀은 무엇일까?

인덱스와 효우카와 함께 지하 상가로 놀러간토우마는골렘을 조종하는 쉐리를 만나게 된다. 인덱스와 효우카를 지키기 위해 쉐리에게 맞서 싸우려는 토우마의 앞에 나타난 미코토와쿠로코. 쿠로코가미코토와 인덱스를 텔레포트 시켜 피신시키고, 토우마는효우카와 단 둘이 남게 되는데...코모에 선생은 전화로 효우카에 대한 정보를 알려주는데 효우카의 정체는?

효우카의 정체는 바로 AIM 확산력장이 만들어낸 물리 현상에 불과할 뿐이었다. 쉽게 말해 유령이나 마찬가지라고 할지라도 친구가 된 효우카가 그냥 사라지게 둘 수는 없는 일이라고 결정한 토우마는 그녀를 지키기 위해 골렘앨리스와쉐리의 앞에 나서는데...토우마가쉐리와앨리스를 물리치려는 순간 둘은 사라진다. 도망간 줄로 알았던 쉐리가 인덱스를 목표로 삼았다는 걸 깨달은 토우마는 조급한 마음에 걱정을 하는데..

도망간 줄로 알았던 쉐리가 인덱스를 목표로 삼았다는 걸 깨달은 토우마는 조급한 마음에 걱정을 하는데 그를 가로막으며 쉐리를찾아나선다. 도망간 스핑크스를 잡으러 가기 위해 미코토와 헤어져 혼자가 된 인덱스 앞에 골룸앨리스가 나타난다. 인덱스는 마도서의 지식을 사용해 골룸을 조정하여 공격이 빗나가게 하는데 성공한다. 하지만 한계에 부딪히고 공격을 받는다.

여름방학은 마지막을 향해 가지만, 미코토의 부탁으로 어쩔 수 없이 데이트 약속을 들어주랴, 아즈텍의 마술사와 싸움하랴, 카미죠의 일상은 변함없이 바쁘다. 덕분에 쌓여 있던 여름방학의 과제는 아직 손도 대지 못한 상황! 마음을 다잡고 숙제를 해 보려 하지만 카미죠가 놀아주지 않는데 심통이 난 인덱스가 TV의 볼륨을 높여놓고 카미죠를 방해하기 시작한다. 이렇게 카미죠가 여름방학 숙제에 쫓기고 있을 무렵, 학원 도시 가까이의 바다에서는 영국 청교의 기사들이 나타나고, 갑작스런 공격에 하나, 둘 쓰러져 간다. 그들을 가로막는 자, 칸자키 카오리의 무시무시한 등장!! 대체 그녀는 정체는 무엇일까?!

암호로 쓰여 진 마도서 「법의 책」과 그것을 해독할 수 있는 수녀가, 아마쿠사식 십자처교에 의해서 납치된다. 원래 아마쿠사식의 여교황인 칸자키와 연락이 되지 않자, 영국 청교는 마도서의 주인인 로마 정교와의 충돌이 일어날까봐 노심초사 하며 다른 일이 일어나기 전에 이 사건을 해결하기 위해 학원 도시에 스테일을 파견한다. 한편, 학원 도시는 가을 축제들로 분위기가 한껏 들떠 있다. 각 학교에서는, 능력을 최대치로 사용할 수 있는 학교 대항 운동회(대패성제)를 최초로 개최 하게 된다. 하지만 들떠있는 것도 잠시, 카미죠에게 인덱스가 납치 되었다고 하는 통지가 날아오고, 범인의 요구대로, 학원 도시의 밖에 있는 폐극장을 향하는 카미죠는 버스 정류장에서 매우 차분한 성격을 가진, 수녀 올소라 아퀴나스와 만나게 되는데..

아마쿠사식 십자처교에 의해 납치된 올소라를 찾기 위해 카미죠는 스테일과 로마 정교의 아녜제와 함께, 아마쿠사식이 잠복하는 패러렐 스위트 파크로 향한다. 그들이 특수한 이동법 「축도 순례」의 힘으로 도망 가버리기 전에 올소라를 확보하고 아마쿠사식을 제압하지 않으면 안 되는 상황. 아마쿠사식과 싸움을 하며 겨우 올소라와 만나게 된 토우마는 테이프로 봉인되어 있던 올소라를 오른손의 힘으로 풀어 준다. 올소라를 로마 정교에 넘겨준 토우마에게 아마쿠사식 십자처교의 타테미야 사이지는 토우마에게 잘못된 판단을 했다고 말하는데..!

올소라의 보호에 성공한 카미죠 일행. 그러나, 아마쿠사식 십자처교교황 대리 타테미야 사이지는, 그녀를 로마 정교에 건네주어선 안 된다고 말 한다. 사이지의 말을 믿지 못하던 카미죠 토우마는 올소라가 갑자기 납치를 당하게 되고, 로마 정교 수녀들에게 공격을 받게 되면서 그의 말을 믿게 된다. 로마 정교에 의해 살해당하려는 순간, 올소라를 찾아낸 카미죠. 위기일발의 순간 등장한 스테일과 인덱스는 카미죠와 올소라의 목숨을 구해준다. 뒤늦게 싸움에 합류한 사이지까지 힘을 합쳐 보지만 수녀들과의 싸움은 끝이 보이질 않고, 조금씩 지쳐갈 무렵 들려오는 마멸의 목소리(셰올피아). 사이지는 인덱스가 가진 엄청난 힘을 보고 크게 놀라게 되는데..!

‘셰올피아’를 피하기 위해 아녜제의 지휘 아래 스스로의 귀를 멀게 한 로마 정교 소속의 수녀들. 무서운 기세로 다가오는 그녀들을 피해 어두운 방으로 숨어든 토우마 일행은, 법의 서를 찾아 이 위기 속에서 빠져 나가려고 한다. 그러나 그것도 잠시, 또 다시 쫓아온 수녀들을 상대하기에 이르고, 결국 그들 나름의 작전을 세우고서, 토우마 혼자 아녜제를 찾아가게 된다. 막강한 힘을 가진 주교의 장(지팡이)을 사용하는 아녜제를 혼자서 상대하기엔 힘겹기만 한데..! 한편 올소라가 알고 있던 법의서의 해독법은 인덱스에 의해 제대로 된 해독법이 아니었음이 밝혀지게 되는데, 이제 더 이상 올소라에게 목숨을 위협하는 일들은 닥치지 않는 것일까?!

미사카 미코토를 존경하고 사랑한다고 까지 할 수 있는 시라이 쿠로코는 미사카와 함께 즐거운 쇼핑을 즐기는 중이다. 그러던 중 쿠로코는 저지먼트(judgment)로 함께 활동하고 있는 우이하루로의 전화를 받고, 기숙사로 돌아가게 된다. 캐리어 가방에 들어있는 우주의 잔해를 둘러싸고 수상쩍은 행동을 하는 검은 옷을 입은 사나이들을 발견하고서 그 뒤를 쫓는 쿠로코. 검은 옷을 입은 사나이의 우두머리인 레벨 5. 무스지메 아와키와 마주하게 되는데..! 쿠로코와 같은 계통의 능력을 쓰는 무스지메는 쿠로코를 능가하는 무서운 능력의 소유자이다. ‘좌표 이동’의 능력자 무스지메와 ‘순간 이동’의 능력자 쿠로코의 긴장감 흐르는 싸움이 시작된다!

미사카 미코토가 고독한 싸움을 하며 지키고자 했던 것. ‘잔해’들이 다시 합쳐져 강력한 힘을 발휘 하지 못하도록 막기 위해 나선 시라이 쿠로코는 무스지메 아와키와 동일 계의 ‘좌표이동’이란 능력을 쓰며 힘겨운 싸움을 이어 나가는데..! 절대적으로 불리한 싸움을 싸우고 있는 쿠로코를 위해 미사카의 동생들이 나서게 된다. 미사카의 동생들이 도움을 청하러 간 곳은 다름아닌 토우마의 집. 조금만 늦었으면 아찔할 뻔 했던 순간에서, 멋지게 쿠로코를 구해 내는 토우마의 활약으로 사건은 일단락 지어지는 듯 한데...

학원도시에서 열리는 최대 규모의 운동회인 ‘대패성제’가 드디어 개최 되었다. 하지만, 무슨 이유에선지 토우마네 학교 학생들은 큰 흥미를 느끼지 못한 채 무기력함에 빠져있다. 반 아이들이 무기력한 이유를 토우마의 탓으로 돌리는 대패성제 운영위원회의 세이리. 코모에 선생님의 눈물을 보고서 힘을 내기로 하는 토우마와 반친구들은 무기력함을 벗어 던지고 경기를 즐기는 모습을 보여주는데..! 한편, 자신의 학교가 승리하면 어떤 부탁이든 들어주기로 내기를 하고 온 힘을 다해 경기에 임하는 토우마와 미사카. 토우마가 코모에 선생님의 눈물에 힘내어 경기하는 모습을 보고 ‘설마, 나에게 무슨 부탁을 하려고?!’ 하고 착각에 빠져있는 미사카 미코토는 무척이나 즐거워 보인다. 하지만 마냥 즐겁기만 한 대패성제가 될 것 같지 많은 안은데...? 대패성제의 개최로 느슨해진 경비를 틈타 침입해 온 마술사들..! 토우마는 무사히 ‘대패성제’를 마칠 수 있을까?

우연히 마주친 올리아나 톰슨과 악수를 하게 된 토우마는 자신의 오른손의 힘에 의해 어떤 술식이 부서진 듯한 이상한 기분이 들어, 상대인 올리아나 톰슨의 뒤를 밟게 된다. 마침 모토하루의 전화를 받은 토우마는 올리아나 톰슨이 ‘자돌항검’의 운반자임을 알게 된다. 올리아나의 뒤를 쫓아 보지만 결국 놓쳐 버리게 되고, 그녀를 다시 찾기 위해 스테일은 고통을 참아내며 마술을 펼친다. 한편, 그녀가 걸어놓은 요격 술식이 중학교에 있다는 사실을 알아낸 모토하루와 토우마는 서둘러 경기가 열리고 있는 중학교를 향한다. 토우마와 모토하루는 학생들을 요격 술식에서 지켜낼 수 있을까?!

올리아나 톰슨을 찾아낸 토우마와 모토하루. 모토하루는 올리아나의 술식에 의해 쓰러져 버리고 토우마 혼자서 상대를 하려 하지만 그녀는 사라져 버리고 만다. 한편, 학원도시에서 이루어지려는 ‘거래’가 ‘자돌항검’이 아닌 ‘사도십자’라는 것을 알게 된 토우마 일행은, 그 물건이 거래되었을 때 일어나게 될 무시무시한 일- 모두가 행복함만을 느끼게 되는 일-을 막으려 애쓰는데..! ‘모두가 행복함을 느끼게 되는 세상’이란 것이 무엇일까 생각하던 토우마는 자신을 찾아 해매이던 인덱스와 만나게 된다. 인덱스는 반가움과 섭섭함에 토우마를 실컷 두들겨 패주고, 토우마는 미안한 마음에 인덱스와 함께 식당으로 향한다. 식당에서 만난 부모님과 미코토, 그리고 미코토의 누나로 보이는 이 분의 정체는 과연..?!

올리아나 톰슨의 위치를 추적하기 위해 다시 ‘이파사진’으로 탐색 시작하는 모토하루. 겨우 그녀의 위치를 알아냈다고 생각했더니, 반대로 올리아나에게 모토하루의 위치가 알려지고 만다. ‘이파사진’의 사용으로 이미 많은 힘을 써 버린 모토하루는 올리아나를 쉽게 당해내지 못하고, 속심수를 써서 올리아나를 따돌려 버린다. 한편, 모토하루를 돕기 위해 찾으러 다니던 스테일과 토우마는 올리아나에 의해 피투성이가 되어 쓰러져 있는 히메가미 아이사를 발견하게 된다. 분노하는 토우마와 냉정하게 상황을 수습하기 시작하는 스테일.. 아이사를 다시 살려내기 위한 코모에 선생님의 노력이 스테일의 마음을 움직이게 되는데..?

대패성제가 한창인 학원도시에 숨어든 불청객 올리아나. 위험한 거래를 하려는 올리아나를 막기 위해 그녀의 뒤를 쫓던 토우마는 그만 그녀를 놓치고 만다. 그러다, 올리아나가 위험을 감수하면서 까지 거리를 활보하는 이유에 대해 의문을 품게 된 토우마는 모토하루와 이야기를 나누면서 그 이유가 ‘사도십자’를 발동 시킬 적절한 조건을 탐색하기 위한 것 이었음을 알게 된다. 또한 올소라에게 얻게 된 정보에 의하면 ‘사도십자’의 사용 조건은 ‘별자리’로, 일몰 후면 ‘사도 십자’를 발동시킬 수 있다고 하는데..! 해는 뉘엿뉘엿 넘어가고, 올리아나가 있는 곳을 계속해서 찾고 있는 토우마 일행, 과연 해가 지기 전 그녀를 찾아내 ‘사도십자’의 발동을 막을 수 있을까?

로마 정교에 의해 학원도시가 지배를 당하게 될지도 모르는 긴급한 상황에서 해가 지기 전에 겨우 올리아나 톰슨을 찾아낸 토우마 일행. 그녀가 바라는 건 모두가 한 마음으로 행복함을 느끼며 살아가는 세상이라고 한다. 하지만 그 세상을 얻기 위해서는 모두의 자유를 희생해야 하고, 그렇게 되는 것을 두고 볼 수 없다고 소리치는 토우마! 토우마와 모토하루, 스테일은 온힘을 다해 그녀를 저지하려 하지만 이미 체력이 바닥난 모토하루는 그만 쓰러지고 만다. 스테일과 토우마가 협공하여 올리아나를 무찌르며 겨우 상황이 종료되는 것처럼 보였으나, 더 큰 문제는 아직 남아 있었다. ‘사도십자’를 가지고 있는 리드비아가 그것을 발동시키기까지 몇 분 남지 않은 상황! 해가 지는 6시 30분! 좌절하듯 주저앉은 토우마에게 한줄기 희망은 떠오르게 될까?

언제나 ‘불행해’를 외치고 다니는 토우마. 대패성제 기간을 돌이켜 봐도 그건 거짓이 아닌 사실로 보이는데, 대패성제의 마지막 날. 경품 추첨에 당첨되어 북 이탈리아 여행권을 얻게 된다. 인덱스와 함께 짐을 챙겨 들고 설레는 마음으로 북 이탈리아로 떠나게 되는데, 인덱스가 그만, 거리에서 풍겨오는 맛있는 음식의 향기에 이끌려 어디론가 사라져 버리고 만다. 이탈리아 한 복판에서 미아가 된 토우마는 올소라의 도움으로 무사히 인덱스와 다시 만나게 된다. 한편 올소라의 이사를 도와주게 된 토우마는 접시를 포장할 신문지를 찾다가 그만 올소라가 있는 욕실문을 열게 되는데..! 토우마는 이번 여행에서도 ‘불행’의 역사를 새기게 되는 것일까?!

올소라를 공격해온 자객들과 싸우다 ‘아드리아 해의 여왕’함대에 올라타게 된 토우마와 올소라. 그러다 ‘여왕함대’에 잡혀있는 아녜제와 만나게 된다. 아녜제는 토우마에게 함대를 탈출하도록 도와주는 대신 안젤레네와 루치아 수녀를 찾아내어 함께 도망가 달라고 부탁한다. 아녜제의 부탁을 들어주기 위해 토우마와 올소라는 루치아와 안젤레네를 찾아내어 탈출하게 되지만, 그들로부터 충격적이 이야기를 듣게 된다. 바로 ‘아드리아 해의 여왕’을 발동시키기 위해서는 아녜제의 희생이 필요할 것이라는 것..! 급히 아녜제를 구하려고 하지만 적의 함대가 끊임없이 공격을 해오고, 때마침 나타난 사이지와 아마쿠사식 일원들의 도움으로 아녜제를 구하러 갈 수 있게 된 토우마와 인덱스 그리고 올소라. 과연 토우마는 아녜제를 데리고 무사히 빠져나올 수 있을 것인가..?!

아녜제를 구하기 위해 사이지와 아마쿠사식 일원들, 그리고 토우마, 인덱스, 올소라는 힘을 모으게 되는데, ‘여왕 함대’의 수녀들과 싸우다가 안제레네 수녀는 그만 큰 부상을 입게 된다. 사이지와 그의 일행들이 ‘여왕 함대’의 수녀들과 싸우고 있는 사이 토우마와 인덱스 그리고 올소라는 ‘아드리아 해의 여왕’함대에 숨어든다. 하지만 갑작스럽게 나타난 얼음으로 된 병사들을 토우마 혼자서 따돌리기로 하고 인덱스와 올소라는 아녜제를 찾아 나선다. 얼음병사들과 싸우던 토우마는 비아지오 브조니라는 십자가의 마술을 펼치는 남자와 맞닥뜨리게 된다. 힘껏 싸우던 토우마는 비아지오의 십자가 공격에 그만 크게 다치고 만다. 목숨을 건 싸움 속에서, 토우마는 아녜제를 무사히 구해내고 함께 탈출 해 나올 수 있을 것인가..?!

‘대패성제’가 열리던 때 미코토와 내기를 하게 된 토우마는 내기에서 진 벌칙으로 미코토가 말하는 대로 모두 따라줘야 하는 ‘벌칙 게임’을 받게 된다. 미코토가 처음 제시한 벌칙 게임은 바로 핸드폰 가게에 커플로 가입하는 것이었다. 어색한 두 사람에게 필요한 것은 커플이라는 것을 입증할 수 있는 사진 이었는데, 아직 커플 사진이 없는 둘은 즉석으로 핸드폰 사진을 찍게 된다. 두근거리는 마음으로 커플 사진 찍기에 돌입하지만 좀처럼 자연스러운 표정이 나오지 않는 두 사람..! 과감하게 밀착한 채로 사진을 찍어보려 하는데, 미코토를 사모하는 쿠로코의 분노의 발차기에 그만 토우마는 바닥에 내동댕이쳐지고 만다. 결국 커플사진 찍기는 물거품이 되고 벌칙게임은 없었던 일이 되고 마는 듯 보이는데-. 미사카 미코토는 토우마를 상대로 벌칙게임을 제대로 해 낼 수 있을까?!

벌칙게임을 받고 있던 토우마는 학원도시의 상점들이 즐비해 있는 거리에서 미사카의 복제 인간, 미사카 10,032호와 만나게 된다. 고글을 빼앗긴 채 돌아다니는 미사카 10,032호에게 다 똑같이 생긴 미사카 동생들을 구분 짓는 방법으로 액세서리를 선물하는 토우마. 그런데 어째서인지 미사카 10,032호는 자꾸 반지에 집착하는 모습을 보이는데… 미사카 10,032호와 함께 있는 장면을 목격한 미코토는 제대로 벌칙게임에 응하지 않으면서 자신의 동생과 즐거운 시간을 보내고 있는 토우마가 왠지 거슬리기만 한다. 한편 아이호의 집에 맡겨진 액셀러레이터는 갑자기 사라져 버린 라스트 오더를 찾아 나서게 된다. 그러다 배가 고파 쓰러져 있는 인덱스와 만나게 되는데… 토우마를 찾아 나선 인덱스와 라스트 오더를 찾으러 다니는 액셀러레이터. 두 사람 다, 찾고 있는 상대와 무사히 만날 수 있을까~?

그토록 찾아 다니던 라스트 오더와 만나게 된 액셀러레이터는 라스트 오더와 함께 집으로 돌아간다. 걱정 끝에 만났건만 촐랑대다 넘어져서 무릎을 다친 라스트 오더를 보자 괜히 화를 내는 액셀러레이터. 하지만 그것도 말뿐인 듯, 라스트 오더가 쉬도록 남겨두고 혼자 반창고를 사러 간다. 돌아오는 길에 갑자기 습격해오는 하운드 독(사냥개 부대)의 키하라 아마타. 라스트 오더는 이미 아마타의 손에 정신을 잃은 듯 보이는데.. 분노한 액셀러레이터는 자신의 온 힘을 다해 아마타와 싸우지만 아직 다친 몸을 회복중인지라 아마타를 상대 해 낼 수가 없다. 마지막 힘까지 모두 쏟아서 라스트오더를 빼돌리는 데 성공하지만, 다시 그녀를 찾으려는 하운드 독(사냥개 부대)의 움직임은 액셀러레이터를 초조하게 만든다. 긴박한 상황 속에서 갑자기 모습을 드러낸 건 다름 아닌 인덱스..! 그녀가 대체 여길 어떻게..?

학원도시에 들어온 침입자들에 의해 도시는 암울한 분위기에 휩싸이게 된다. 아마타에게 공격 당한 액셀러레이터는 기지를 발휘하여 하운드 독(사냥개 부대)의 일원을 미끼로 도주에 성공한다. 인덱스와 함께 도망가게 된 액셀러레이터는 인덱스가 은혜를 갚으러 돌아왔다고 하는 말에 황당한 표정을 지어 보이는데. 액셀러레이터는 자신과 함께 하려는 인덱스를 떼어 놓기 위해 개구리 의사에게 다녀오라고 부탁을 한 뒤 조용히 사라져 버린다. 한편 라스트 오더와 만나게 된 토우마는 ‘하느님의 오른편’의 일원인 ‘전방의 벤트’로 부터 그녀를 지키기 위해 몸을 던진다. 무섭게 싸움을 걸어오던 벤트는 갑자기 이상한 반응을 보이며 도망 가 버리고 마는데..이유를 알 수 없이 쓰러져 가는 학원도시의 사람들. 안티스킬은 그 중심에 액셀러레이터가 있는 것으로 판단하고 그를 잡으려 한다. 과연 액셀러레이터는 ‘살인 미수’라는 누명을 벗을 수 있을 것인가..?!

천사의 날개가 펼쳐진 곳에서 뿜어져 나오는 빛을 따라 달려가던 토우마는 인덱스와 미코토를 만나게 된다. 인덱스는 토우마가 효우카를 만나게 되면 토우마의 오른손의 힘으로 효우카가 사라져 버릴까봐 걱정하며 천사의 날개가 있는 곳으로 가지 못하게 말린다.

한편, 아마타에게 납치를 당한 라스트오더를 찾기 위해 찾아간 액셀러레이터. 아마타와 온힘을 다해 싸워야 하는 찰나에 전지가 다 닳아 버리는 비상 상황이 발생한다. 아마타에게 공격을 당하던 액셀러레이터는 전지가 없는데도 불구하고 갑자기 몸을 움직이기 시작하는데..!

학원도시를 파괴하려 하는 벤트의 공격을 막기 위해 그녀를 쫓아간 토우마. 과학을 증오하고 혐오하는 벤트는 효우카와 토우마를 없애려고 한다. 하지만 그녀가 공격을 하고 날 때마다 몸에서 이상한 변화가 일어나게 되고, 점차 공격하는 것을 버거워하게 되자 그 틈을 타 토우마는 그녀를 공격하게 된다. 그러던 중, 그녀가 어째서 과학을 그토록 증오하는 것인지를 듣게 된 토우마는 그녀의 생각이 잘못 되었다는 것을 말해주려 하지만 전혀 들으려 하지 않는 벤트. 결국 ‘이매진 브레이커’에 의해 그녀의 잘못된 환상은 산산조각이 나게 된다.쓰러져있던 벤트를 데려가기 위해 나타난 남자 ‘아쿠아’는 토우마에게 다음을 기약하며 사라져 버린다.. 아쿠아..과연 그의 정체는 무엇인지...?!

천사의 날개는 사라지고.. 빛 또한 사라졌다. 무사히 효우카를 구해낸 토우마에게도 다시 일상의 평온함이 찾아 왔다. 즐거운 학교생활과 반 친구들과 가지는 행복한 점심시간까지, 평소와 다름없던 하루라 여겼지만, 문득 들려오는 전쟁에 관한 이야기가 평온하던 일상의 발목을 붙잡아 버리는데..한편, 학원도시를 어지럽히는 무리들인 ‘스킬 아웃’을 처단하기 위해 투입된 액셀러레이터와 무스지메 아와키. 스킬 아웃으로 똘똘 뭉친, 레벨 제로(0)의 그들이 지키고자 하는 것은 과연 무엇인가?!

학원도시에 일어나려는 전쟁.. 전쟁이 일어나면 학원도시 내의 학생들이 위험해 질지도 모른다는 생각에, 학생의 부모들은 아이들을 학원도시에서 데리고 돌아가기 위해 행동하기 시작한다. 미코토의 엄마인 미사카 미스즈가 부모들의 대표로 움직이게 되면서 안티 스킬의 표적이 된다.

한편 술에 취한 미사카 미스즈를 만나게 된 액셀러레이터는 미스즈의 얼굴에서 라스트 오더의 모습을 발견하게 된다. 미스즈를 택시에 태워 보내버린 액셀러레이터. 이번엔 술에 취한 미스즈를 토우마가 발견하게 되는데.. 미스즈의 목숨을 노리는 안티 스킬로부터 토우마는 그녀를 무사히 지켜 낼 수 있을까...?

학원도시 각지에서 데모가 일어나고, 로마 정교파와 학원도시파의 싸움이 격화될 것이란 우려가 확산된다. 토우마는 츠치미카도와 사소한 문제로 실랑이하다가 방과 후에 벌을 받는다. 한편, 고양이 스핑크스를 찾으러 나간 인덱스는 총괄이사회의 오야무네 모나카를 만나는데...

스테일은 로마 정교의 비아지오와 리드비아를 만나서 '하느님의 오른쪽 자리'의 정체가 무엇인지 묻는다. 한편, 아비뇽에 홀로 남겨진 토우마는 아마쿠사식의 이츠와와 재회한다. 토우마는 이츠와에게 각지에서 발생한 데모가 C문서와 관련돼 있다고 설명하는데...

'하느님의 오른쪽 자리'의 일원인 테라와 토우마의 한판 대결이 벌어진다. 테라는 자신의 술식인 '빛의 처형'을 이용해서 강력한 파괴력을 가진 공격을 퍼붓는다. 한편, 스테일은 리드비아에게 하느님의 오른쪽 자리의 최종 목적이 무엇인지 듣게 되는데...

C문서 사건을 해결하기 위해 대량의 병력이 투입돼 경비가 허술해진 학원도시. 그 이면에는 그룹, 스쿨, 멤버, 블록, 아이템 등의 암부 조직이 서로 격돌하고 있다. '그룹'은 매니지먼트의 뒷조사를 하다가 총괄위원회 이사인 오야후네 모나카 저격 계획을 알게 되는데...

위성 관리센터 근처에 도락한 액셀러레리어튼 사라쿠의 공격을 받지만 쉽게 제압한다. 그 무렵 카키네 테이토쿠는 '멤버'의 리더인 박사를 간단히 처치한다. 한편 아스테카의 마술을 이용해 야마테로 변신한 우나바라는 '블록'의 학원도시 침투 계획을 저지하려 하는데...

스쿨의 리더인 카키네는 아이템의 아지트를 습격한다. 하마즈라는 타키츠보를 구하려고 하지만, 그녀는 오히려 자신이 하마즈라를 꼭 지켜내겠다며 카키네와 교전을 벌인다. 무기노는 타키츠보를 이용하라고 명령하지만, 하마즈라는 명령을 거부하고 도망치는데...

'하느님의 오른쪽 자리'의 일원인 후방의 아쿠아가 영국 쳥교와 학원도시에 도전장을 보낸다. '성인'의 힘까지 겸부한 아쿠아는 토우마의 오른팔을 노리고 있다. 토우마를 경호하기 위해 찾아온 아마쿠사식 십자쳐교의 이츠와는 토우마의 집에 머물며 요리까지 도와주는데...

후방의 아쿠아의 공격을 받은 토우마는 의식을 잃은 채 쓰러지고, 이츠와는 토우마에게 아무 도움이 되지 못했다는 죄책감 때문에 괴로워한다. 아마쿠사식 십자처교는 이츠와를 중심으로 힘을 모아서 아쿠아를 몰아부팅지만, 상황은 의도한 대로 흘러가지 않는데...

마침내 후방의 아쿠아와 칸자키 카오리의 본격적인 대결이 시작된다. 한편, 미사카는 다친 몸을 이끌고 싸우러 가던 토우마를 발견한다. 미사카는 토우마가 기억을 잃어버린 걸 알고 있었다고 밝히면서, 왜 자신에게 도움을 청하지 않느냐고 따지는데...

프랑스와 영국을 연결하는 유로 터널에서 폭파 사건이 발생하고, 이 사건의 조사를 위해 인덱스에게 공식 소집 명령이 떨어진다. 토우마와 인덱스와 함께 영국행 비행기에 탑승하지만, 기내에서는 수수께끼의 인물이 테러를 계획하고 있었는데...

위기에서 벗어난 토우마와 인덱스는 영국 여왕과 왕녀들을 알현한다. 한편, 하이재킹 사건에 관여한 영국 내부의 '새로운 빛'이란 테러 조직의 존재가 드러난다. 여왕은 외적인 프랑스와 내적인 영국 마술결사에 대응하기 위해, 기사파와 청교파에게 각각 주도권을 맡기는데...

카테나 오리지널을 손에 넣은 영국 왕실파의 제2왕녀 캐리사가 기사파와 함께 쿠데타를 일으킨다. 결국 캐리사는 카네다 사용권을 독점하기 위해 제3왕녀이자 자신의 동생인 빌리언까지 죽이려고 한다. 한편, 토우마는 포크스턴으로 가기 위해 유로스타 열차에 잠입하는데...

기사파를 따돌리고 도망친 토우마와 플로리스는 우연히 영국 왕실파의 제3왕녀인 빌리언을 만난다. 한편 제3왕녀를 지키려는 후방의 아쿠아와 제2왕녀인 캐리사와 함께 쿠데타를 일으킨 나이트 리더의 본격적인 대결이 시작되는데...

제2왕녀인 캐리사의 쿠데타가 계속되는 가운데, 마술사들이 이끄는 청교파의 저항이 계속된다. 마침내 토우마 일행과 캐리사의 본격적인 대결이 시작된다. 결국 캐리사는 버킹엄 궁전을 향해 벙커 클러스터를 탑재한 순항 미사일을 발사하는데...

학원도시 암부에 존재하는 '그룹' 구성원들에게 아이들을 인질로 잡고 협박하는 '스파크 시그널'이란 테러리스트들을 처리하라는 명령이 떨어진다. 한편, 와해됐던 '아이템'의 구성원인 키누하타는 각 조직의 살아남은 세력들과 새 팀을 만들라는 명령을 받는데...

액셀러레이터는 스파크 시그널을 제압하러 간 건물에서 총괄이사회 멤버 시오키시의 측근인 스기타니를 만나 다시는 눈에 띄지 말라는 경고를 듣는다. '드래곤'의 정체를 파헤치던 사람들이 제거되자, '그룹'은 시오키시와 같은 수준의 권한을 가진 오야후네 모나카를 찾아가는데...

에차리는 자신을 죽이러 온 텍파틀과 대치하게 된다. 스기타니는 액셀러레이터의 전극 기능을 정지시키지만, 그것을 미리 알아챈 액셀러레이터의 반격이 시작된다. 한편, 타키츠보를 데리고 도망치던 하마즈라 앞에 죽은 줄 알았던 무기노가 나타나는데...

러시아가 학원도시에 제3차 세계대전을 선전포고한다. 액셀러레이터는 라스트 오더를 구하기 위해 러시아로 향하고, 하마즈라는 체정 때문에 쇠약해진 타키츠보와 함께 러시아로 도피한다. 한편, 인덱스를 구하기 위해 러시아로 간 토우마는 마침내 우방의 피암마를 만나는데...

'서드 시즌'이 발동되고 액셀러레이터 앞에 번외 개체인 미사카 워스트가 나타난다. 전방의 벤토는 후방의 피암마의 오른팔에 대한 약점을 간파하고 대결을 벌이지만, 피암마의 압도적인 힘에 당하고 만다. 한편, 하마즈라는 타키츠보의 응급처치를 위해 어떤 마을에 들어갔다가 프라이버티의 습격을 받게 되는데...

결국 미사카 워스트는 가까스로 다시 살아난다. 폭주하던 액셀러레이터는 우연히 토우마를 만나고, 영웅이라면 라스트 오더를 구해달라며 검은 날개를 이용해 공격을 퍼붓는다. 한편, 프라이버티와 맞서 힘든 대결을 펼치던 하마즈라 앞에 후방의 아쿠아가 나타나는데...

엘리자리나를 찾아간 액셀러레이터는 그녀의 마술로도 라스트 오더를 구할 수 없다는 걸 알게 되고, 학원도시에 반격하기 위해 미사카 워스트와 동맹을 맺는다. 한편, 피암마의 본거지를 찾아가던 토우마는 '베들레헴의 별'의 출현에 휘말리고 마는데...

피암마는 미샤 크로이체프, 즉 '가브리엘'을 소환하여 금서목록이 갖추지 못한 천사의 지식이 담긴 양피지를 회수하라고 명령한다. 토우마는 베들레헴의 별 안에서 사샤 크로이체프를 발견한다. 한편, 하마즈라는 엘리자리나의 도움으로 깨어난 타키츠보를 보고 안도하는데...

카자키리 효우카가 가브리엘과 대결을 벌이고, 이 과정에 액셀러레이터까지 등장해서 협공을 퍼붓는다. 분노한 가브리엘은 결국 '일소'라는 막강한 술식을 발생시키며 이들에게 큰 대미지를 입힌다. 하지만 후방의 아쿠아가 나타나서 가브리엘의 힘을 약화시키는데...

액셀러레이터는 의식을 잃은 라스트 오더를 노래로 치료할 수 있다는 걸 알게 된다. 하마즈라를 죽이기 위해 자신의 모든 걸 버리고 체정을 사용한 무기노는 쓰러지지만 결국 하마즈라와 화해한다. 한편, 피암마와 대결을 벌이던 토우마는 오른팔을 빼앗기고 마는데...

카자키리가 알려준 '노래' 데이터를 이용해서 라스트 오더를 구하기로 한 액셀러레이터는 자신이 더 이상 악당으로 존재할 필요가 없음을 깨닫는다. 이매진 브레이커를 가진 토우마의 오른팔은 다시 솟아나고, 피암마가 빼앗은 피와 살은 그 가치를 잃어가는데...

마침내 라스트 오더는 회복되고, 하얀 날개가 돋아나며 천사처럼 변한 액셀러레이터는 지금까지 무엇을 위해 싸워 왔는지 깨닫는다. 탈출용 컨테이너에 피암마를 실어 보낸 토우마는 인덱스를 만나 사과하면서 기억을 잃어버렸던 것을 털어놓으려 하는데...