Kamijo gelingt es, die magische Bedrohung für Indexs Leben zu beseitigen. Leider wird dabei auch sein Gedächtnis gelöscht! Später befiehlt Stiyls Chef ihm, mit Kamijo zusammenzuarbeiten. Ihr Auftrag: Finde „Deep Blood“.

Aureolus findet heraus, dass sein Plan, Index in einen Vampir zu verwandeln, vereitelt wurde und erfährt, dass Kamijo bereits Indexs Gedächtnis gerettet hat. Von Wut und Eifersucht überwältigt, greift der Alchemist Kamijo in einem Anfall von mörderischer Wut an.

Kamijo kämpft gegen Accelerator, um ein besseres Leben für Mikoto und ihre Klone zu ermöglichen. Nach dem Ende des Kampfes besucht Misaka 10032 Kamijo im Krankenhaus, um die Schritte zu besprechen, die unternommen werden müssen, damit sich die Klone an das Leben in Academy City anpassen können.

Nachdem Kamijo zu einem Strandresort gereist ist, um seine Familie zu treffen, bekommt er es mit einem russischen Magier namens Misha zu tun. Später erklären Kanzaki und Tsuchimikado die Auswirkungen eines kürzlich ausgesprochenen Zaubers namens Angel Fall.

Nachdem Accelerator Last Order von dem Virus befreit hat, der ihr Gehirn befallen hat, wird er von dem bewaffneten Amai angegriffen. Gerade als für Accelerator alles verloren scheint, trifft Yoshikawa ein, um zu helfen, aber Amai gibt nicht kampflos auf.

Da die Kurzschrift gestrichen wurde, setzt Stiyl seine Magie ein, um Oriana ausfindig zu machen, woraufhin ein Kampf ausbricht. In London erfährt Laura, dass es bei Orianas Deal nicht um das Stabschwert geht, sondern um etwas ganz anderes.

Bei dem Versuch, Agnese zu retten, gerät Toma in einen Kampf mit Bischof Biagio. Während der Kampf tobt, entpuppt sich die Königin der Adria als ein Schiff, das Academy City vollständig zerstören kann.

Mikoto überredet Toma, mit ihr einen Handyvertrag für Paare abzuschließen, damit sie einen hübschen Werbeartikel bekommt, aber wie weit wollen die beiden gehen, bevor sie sich, nun ja, vielleicht ein bisschen zu nahe kommen.

Accelerator gelingt die Flucht vor Kihara, wobei er Index mitnimmt. An anderer Stelle sind Toma und Last Order auf der Flucht vor Hound Dog, aber die wahre Bedrohung für ihr Leben könnte von Vento ausgehen.

Als Accelerator herausfindet, wer die Fäden in Academy City zieht, ist kein Mensch und kein Gebäude, vor seinem Zorn sicher. Währenddessen macht sich Toma auf die Suche nach Last Order, aber er findet stattdessen einen Engel.

Accelerator ist verletzt, aber selbst in diesem Zustand wird er von einer städtischen Organisation angesprochen, die ihn rekrutieren möchte. Als sich in Academy City Gerüchte über einen bevorstehenden Krieg verbreiten, beschließen die Schüler von Tomas Klasse, eine Feier zu veranstalten.

GROUP kommandiert Accelerator weiter herum, indem sie ihm den Auftrag erteilt, Misuzu zu töten, was dazu führt, dass Accelerator die Frau schützt, nur um die Organisation zu ärgern, als Skill Out angreift.

Unter der Oberfläche der Bildungsstadt brodelt es gewaltig. Mehrere Organisationen, die gegensätzliche Ziele verfolgen, beginnen in Aktion zu treten. Unter ihnen GROUP, der Tsuchimikado angehört und neuerdings auch ein gewisser Level 5 namens Accelerator. Als Tsuchimikado auf Informationen über ein Attentatsversuch auf Oyafune Monaka stößt, beginnen sich die Ereignisse zu überschlagen.