인덱스의 기억을 1년 주기로 지우지 않으면 안 되는 원인은 그녀의 완전 기억 능력에 의해 뇌가 압박을 받기 때문도 아니고 10만 3000권의 마도서를 기억하고 있던 탓도 아니었다. 사소한 점에서 의문을 품기 시작한 토우마는 뭔가 다른 이유가 있을 거란 사실을 확신하다. 그 이유가 인덱스를 경계하는 교회 측에서 인덱스의 뇌에 '뭔가'의 장치를 만들어뒀기 때문이란 걸 안 토우마는 그 장치를 오른손에 실려 있는 힘 '환상 죽이기(이매진브레이커)'로 파괴시켜 버리기로 한다. 토우마의 과감한 행동한 인덱스의 몸에서는 '세인트 조지 성역'이 발동되는데... 인덱스의 뇌 안의 마도서들도 적이라고 인식한 토우마를 배제하고자 차례, 차례로 술식을 펼쳐나간다. 계속되는 술식 공격에 힘에 부쳐하는토우마를 위해 스테일과카오리 또한 자신들의 마술의 힘을 빌려주는데... 과연 토우마의 오른손은 신이 만들어내는 환상을 부술 수 있을까?

흡혈귀를 유인해 내는 능력을 가진 히메가미아이사, 그리고 아이사가 유인해 낼 수 있는 그 흡혈귀의 힘을 필요로 하는 아울레올루스. 아이사에게는아울레올루스와 함께 행동할 수밖에 없는 이유가 있었다. 한편, 토우마의 뒤를 쫓아 미사와 학원에 도착한 인덱스는 그만 아울레올루스의 손 안으로 넘어가고 만다. 아울레올루스가 있는 곳을 알아낸 토우마와스테일은 그가 있는 곳에 도착하고 그들의 눈앞에는 정신을 잃은 듯 쓰러져 있는 인덱스가 있었다. 그것을 본 스테일은아울레올루스가 흡혈귀를 유인해 내려는 이유가 금서목록, 인덱스의 고통을 덜어주기 위한 것임을 알아채고 그 일은 이미 자신과 함께 있는 토우마가 해냈음을 아울레올루스에게 알려준다. 자신이 지금껏 이루고자 했던 목표가 이미 물거품이 됐단 사실을 알게 된 아울레올루스는토우마와스테일은 물론 이용 가치가 사라진 아이사에게도 맹렬한 공격을 퍼붓는다. 자신의 말하는 그대로 모든 일이 실현된다는 '황금 연성(알스마그나'를 구사하는 아울레올루스에게토우마는 자신의 이미진 브레이커, 오른손을 무기로 맞서는데...

학원도시 최강인 레벨 5가 학원도시 최약인 레벨 0 에게 간단히 패배한다면, 이런 터무니 없는 실험은 중지될 것이라고 생각한 토우마는엑셀러레이터와미사카1003

2호의 실험장으로 찾아간다. 말처럼 간단한 것은 아니지만 해볼 가치는 있을 거라고 느낀 토우마의 반격이 시작되고 뒤이어 따라온 미코토까지 공격에 가담해보지만 엑셀러레이터의 실력은 만만치 않다. 공기를 압축시켜 플라즈마를 형성해 공격하려고 엑셀러레이터가 준비중인 바로 그 때, 미코토는 한가지 묘안이 떠올라 미사카10032에게 도와달라고 호소한다. 그 말에 감동을 받은 미사카10032호와 나머지 미코토의 클론들은 모두 모여 풍력발전기에 전파를 내보내 바람의 방향을 바꿔버려 공격에 혼란을 준다. 이 때를 놓치지 않고 토우마의 공격이 이어진다.

토우마는엑셀러레이터와의 사건으로 학원도시가 좀 시끄러워졌는지, 코모에 선생님으로부터 학원도시를 잠시동안 떠나 있으면서 쉬다가 오라는 지시를 받는다. 그래서 인덱스와 둘이 바다에 가게 되고, 그 곳으로 토우마의 부모님도 오시기로 했다는 연락을 받는다. 기억을 잃은 탓에 부모님의 얼굴도 모르는 토우마는 두근거리는 마음으로 부모님이 오시길 기다리고, 다음 날 아침, 아버지와 함께 토우마를 찾아온 어머니는 바로 인덱스였다! 그리고, 미코토는 자신이 사촌 동생이라고 소개하며 토우마에게 애교를 부리고 스테일은 여관 주인 행세를 하고 같은반 친구인 파란머리의 피어스는 인덱스의 옷을 입고 나타났다. 모두가 뒤죽박죽이 된 세상! 토우마는 자신을 놀리기 위해 모두가 작정하고 몰래카메라라도 찍는 줄 알고 있는데, 몰래 카메라라고 하기엔 이상한 부분이 너무 많다. 혼란스러워하는 토우마의 앞에 이상한 복장의 작은 소녀 마술사가 나타나 그에게 위협을 하고, 같은반츠치미카도모토하루와스테일과 같이 있던 칸자키카오리가 나타나 작은 소녀 마술사를 막아서는데...

미사카 네트워크'의 사령탑, 즉 총괄 책임을 짊어지고 개체로서 만들어진 '라스트 오더'. 액셀러레이터는 그녀, 라스터 오더에 대한 이야기를 나누기 위해 '레벨 6 시프트(절대 능력 진화)' 실험 계획의 연구 담당자, 요시카와키쿄우를 찾아간다. 키쿄우를 통해 라스트 오더의 머릿속에 시스터즈를 폭주시킬 수 있는 바이러스가 심어진 사실을 알게 된 액셀러레이터는 두 가지 선택의 갈림길에 놓이게 된다. 선택지 중 하나는 라스트 오더를 데리고 와 그녀가 들어 있던 배양기 안으로 되돌려 놓는 것이었고 또 다른 하나는 그녀의 머릿속에 바이러스를 심어 넣은 아마이아오란 연구자를 찾는 일이었다. 라스트 오더의 바이러스가 기동되는 시간은 키쿄우가 행동에 나선 바로 그날, 9월 1일 자정 12시까지였다. 라스트 오더를 혼자 식당에 두고 키쿄우를 만나러 갔던 액셀러레이터는 다시 그녀를 찾아 식당으로 가지만 여종업원으로부터 흰 가운을 입은 사람이 그녀를 데리고 갔다는 말을 듣는다. 흰 가운이라는 말에 낮에 봤던 아마이아오의 모습을 떠올린 액셀러레이터는 그를 찾아 나서고 결국 폐쇄된 연구소에서 그를 찾아낸다. 도망치려는 아마이아오를 붙잡는 한편, 라스트 오더를 보호하는 액셀러레이터였지만 그의 노력이 허무하게도 제한시간을 4시간이나 앞두고 바이러스가 기동을 시작하는데...

올리아나 톰슨을 찾아낸 토우마와 모토하루. 모토하루는 올리아나의 술식에 의해 쓰러져 버리고 토우마 혼자서 상대를 하려 하지만 그녀는 사라져 버리고 만다. 한편, 학원도시에서 이루어지려는 ‘거래’가 ‘자돌항검’이 아닌 ‘사도십자’라는 것을 알게 된 토우마 일행은, 그 물건이 거래되었을 때 일어나게 될 무시무시한 일- 모두가 행복함만을 느끼게 되는 일-을 막으려 애쓰는데..! ‘모두가 행복함을 느끼게 되는 세상’이란 것이 무엇일까 생각하던 토우마는 자신을 찾아 해매이던 인덱스와 만나게 된다. 인덱스는 반가움과 섭섭함에 토우마를 실컷 두들겨 패주고, 토우마는 미안한 마음에 인덱스와 함께 식당으로 향한다. 식당에서 만난 부모님과 미코토, 그리고 미코토의 누나로 보이는 이 분의 정체는 과연..?!

아녜제를 구하기 위해 사이지와 아마쿠사식 일원들, 그리고 토우마, 인덱스, 올소라는 힘을 모으게 되는데, ‘여왕 함대’의 수녀들과 싸우다가 안제레네 수녀는 그만 큰 부상을 입게 된다. 사이지와 그의 일행들이 ‘여왕 함대’의 수녀들과 싸우고 있는 사이 토우마와 인덱스 그리고 올소라는 ‘아드리아 해의 여왕’함대에 숨어든다. 하지만 갑작스럽게 나타난 얼음으로 된 병사들을 토우마 혼자서 따돌리기로 하고 인덱스와 올소라는 아녜제를 찾아 나선다. 얼음병사들과 싸우던 토우마는 비아지오 브조니라는 십자가의 마술을 펼치는 남자와 맞닥뜨리게 된다. 힘껏 싸우던 토우마는 비아지오의 십자가 공격에 그만 크게 다치고 만다. 목숨을 건 싸움 속에서, 토우마는 아녜제를 무사히 구해내고 함께 탈출 해 나올 수 있을 것인가..?!

‘대패성제’가 열리던 때 미코토와 내기를 하게 된 토우마는 내기에서 진 벌칙으로 미코토가 말하는 대로 모두 따라줘야 하는 ‘벌칙 게임’을 받게 된다. 미코토가 처음 제시한 벌칙 게임은 바로 핸드폰 가게에 커플로 가입하는 것이었다. 어색한 두 사람에게 필요한 것은 커플이라는 것을 입증할 수 있는 사진 이었는데, 아직 커플 사진이 없는 둘은 즉석으로 핸드폰 사진을 찍게 된다. 두근거리는 마음으로 커플 사진 찍기에 돌입하지만 좀처럼 자연스러운 표정이 나오지 않는 두 사람..! 과감하게 밀착한 채로 사진을 찍어보려 하는데, 미코토를 사모하는 쿠로코의 분노의 발차기에 그만 토우마는 바닥에 내동댕이쳐지고 만다. 결국 커플사진 찍기는 물거품이 되고 벌칙게임은 없었던 일이 되고 마는 듯 보이는데-. 미사카 미코토는 토우마를 상대로 벌칙게임을 제대로 해 낼 수 있을까?!

학원도시에 들어온 침입자들에 의해 도시는 암울한 분위기에 휩싸이게 된다. 아마타에게 공격 당한 액셀러레이터는 기지를 발휘하여 하운드 독(사냥개 부대)의 일원을 미끼로 도주에 성공한다. 인덱스와 함께 도망가게 된 액셀러레이터는 인덱스가 은혜를 갚으러 돌아왔다고 하는 말에 황당한 표정을 지어 보이는데. 액셀러레이터는 자신과 함께 하려는 인덱스를 떼어 놓기 위해 개구리 의사에게 다녀오라고 부탁을 한 뒤 조용히 사라져 버린다. 한편 라스트 오더와 만나게 된 토우마는 ‘하느님의 오른편’의 일원인 ‘전방의 벤트’로 부터 그녀를 지키기 위해 몸을 던진다. 무섭게 싸움을 걸어오던 벤트는 갑자기 이상한 반응을 보이며 도망 가 버리고 마는데..이유를 알 수 없이 쓰러져 가는 학원도시의 사람들. 안티스킬은 그 중심에 액셀러레이터가 있는 것으로 판단하고 그를 잡으려 한다. 과연 액셀러레이터는 ‘살인 미수’라는 누명을 벗을 수 있을 것인가..?!

천사의 날개가 펼쳐진 곳에서 뿜어져 나오는 빛을 따라 달려가던 토우마는 인덱스와 미코토를 만나게 된다. 인덱스는 토우마가 효우카를 만나게 되면 토우마의 오른손의 힘으로 효우카가 사라져 버릴까봐 걱정하며 천사의 날개가 있는 곳으로 가지 못하게 말린다.

한편, 아마타에게 납치를 당한 라스트오더를 찾기 위해 찾아간 액셀러레이터. 아마타와 온힘을 다해 싸워야 하는 찰나에 전지가 다 닳아 버리는 비상 상황이 발생한다. 아마타에게 공격을 당하던 액셀러레이터는 전지가 없는데도 불구하고 갑자기 몸을 움직이기 시작하는데..!

천사의 날개는 사라지고.. 빛 또한 사라졌다. 무사히 효우카를 구해낸 토우마에게도 다시 일상의 평온함이 찾아 왔다. 즐거운 학교생활과 반 친구들과 가지는 행복한 점심시간까지, 평소와 다름없던 하루라 여겼지만, 문득 들려오는 전쟁에 관한 이야기가 평온하던 일상의 발목을 붙잡아 버리는데..한편, 학원도시를 어지럽히는 무리들인 ‘스킬 아웃’을 처단하기 위해 투입된 액셀러레이터와 무스지메 아와키. 스킬 아웃으로 똘똘 뭉친, 레벨 제로(0)의 그들이 지키고자 하는 것은 과연 무엇인가?!

학원도시에 일어나려는 전쟁.. 전쟁이 일어나면 학원도시 내의 학생들이 위험해 질지도 모른다는 생각에, 학생의 부모들은 아이들을 학원도시에서 데리고 돌아가기 위해 행동하기 시작한다. 미코토의 엄마인 미사카 미스즈가 부모들의 대표로 움직이게 되면서 안티 스킬의 표적이 된다.

한편 술에 취한 미사카 미스즈를 만나게 된 액셀러레이터는 미스즈의 얼굴에서 라스트 오더의 모습을 발견하게 된다. 미스즈를 택시에 태워 보내버린 액셀러레이터. 이번엔 술에 취한 미스즈를 토우마가 발견하게 되는데.. 미스즈의 목숨을 노리는 안티 스킬로부터 토우마는 그녀를 무사히 지켜 낼 수 있을까...?

C문서 사건을 해결하기 위해 대량의 병력이 투입돼 경비가 허술해진 학원도시. 그 이면에는 그룹, 스쿨, 멤버, 블록, 아이템 등의 암부 조직이 서로 격돌하고 있다. '그룹'은 매니지먼트의 뒷조사를 하다가 총괄위원회 이사인 오야후네 모나카 저격 계획을 알게 되는데...