上条帶著撿到的黑貓，與御坂前往中古書店尋找養貓相關的書籍。買完書走出店門口一看，外頭只剩下受到驚嚇的黑貓，御坂則是不見蹤影。覺得狀況不對勁的上条，在小巷子裡發現了倒在血泊之中，身穿常盤台中學制服的少女 ── 御坂妹。

打算犧牲自己拯救「妹妹們」的御坂美琴，毫不留情朝著擋路的上条使出雷擊，然而上条完全沒有使用右手的意思。美琴詢問他為何要不惜這麼做，上条則是說出了一個令人意外的想法。如果要阻止實驗的進行，只要將「一方通行是最強超能力者」這個實驗的大前提推翻就行了。

上条在御坂妹九死一生的時候趕到，面對「一方通行」的強勁實力，上条被逼著只能防守。然而上条反射性揮出去的「右手」，卻打中了「一方通行」的臉。由於擁有壓倒性的強勁，因此「一方通行」至今從來沒有經歷過近身肉搏戰，就這麼被上条的右拳痛毆。

大霸星祭將近，學園都市逐漸變得繁忙，常盤台中學的全校體育課結束之後，黑子和美琴一起前往內衣專賣店，卻因為初春通知有強盜事件發生，逼不得已趕回風紀委員分部。依照監視器影像，一群人在爭奪一個行李箱，而且箱子有第23學區的標誌，確認是能隔離宇宙射線的特殊箱子。黑子前去接觸這些看似學園都市外部的人們，並且輕易制服他們奪回箱子，卻忽然遭受到神秘少女的襲擊，使得箱子再度被搶走。擁有「瞬間移動」系能力「坐標移動」的這名少女，不知為何知道黑子的姓名與所屬單位，甚至還說出美琴的名字……

黑子目睹美琴與「坐標移動」的結標交戰，並且聽到美琴所說的話。為了守護美琴的世界，黑子決定尋找逃亡的結標與其交戰。「空間移動」能力者之間的戰鬥是在瞬間定局，黑子錯失先機而受制，結標則是藉機述說自己的計畫。她要和外部組織「科學結社」聯手，將「樹狀圖設計者」復原，而且也邀請同為高等能力者的黑子加入。然而黑子絕對無法容忍那個踐踏美琴內心的計畫重新啟動，因此斷然拒絕並嘗試進行最後抵抗。另一方面，掌握結標等人動向的「妹妹們」，也為了阻止計畫展開行動，兩名少年就這樣回應她們的請求挺身而出……