שיבוט של מיסאקה בשם "הפקודה האחרונה" מציק למאיץ בארוחת ערב, אך המאיץ רואה לפתע את אאו אמאי, שעמד בראש הפרויקט שיצר את "האחיות".

המאיץ לוכד את אאו אמאי במתקן המחקר ומשיג את "הפקודה האחרונה", אבל הווירוס שמותקן בה מופעל מוקדם מהצפוי.

קורוקו יוצאת לקניות עם מיקוטו. כשהיא מקבלת מידע על מזוודה מיוחדת שנגנבה, היא הולכת באי-רצון למשרד של מחלקת השיפוט.

קורוקו רודפת אחר מוסוג'ימה, בחורה שיודעת לעשות טלפורטציה, אבל מאבדת את היתרון שלה ולא יכולה לזוז. מוסוג'ימה מפרטת באוזני קורוקו את תוכניתה.

חבריו לכיתה של קאמיג'ו סופגים פציעות קשות במהלך מתקפה של אוריאנה. קאמיג'ו רותח מזעם ויוצא אחריה, אבל מבחין במשהו מוזר במעשיה.

המאיץ והאחרים עוזבים את בית החולים ונשארים עם יומיקאווה. מיקוטו יוצרת קשר עם קאמיג'ו, שחזר מהטיול המזוויע לאיטליה.

הצוות של הארכיבישוף מתקשה לתפעל מכונת כביסה חדשה. מיקוטו מסבכת את אמיג'ו בשרשרת של צרות.

המאיץ והמסדר האחרון נפגשים שוב וכלבי הציד מקדמים את פניהם. דמות חשודה מסתננת לעיר האקדמיה הגשומה.

המאיץ נפגש עם אינדקס ומחכה להזדמנות כדי לנקום. המסדר האחרון וקאמיג'ו בורחים מכלבי הציד ונתקלים באויב חדש.

בפרק האחרון לעונה, המחאה נגד עיר האקדמיה גוברת, ומיסאקה השיכורה מתנפלת על התלמידים ללא הבחנה. מי יהיה הקורבן הראשון?

Team GROUP captures a blackmarketter for questioning who is later killed by an esper wearing a steel helmet. Etzali investigates the blackmarketter's home but a black ops team arrives. Etzali disguises himself as one of the operators but not before leaving some clues to his team. GROUP learns the blackmarketter sold a weapon to a sniper named Sunazara whose target is Monaka and Accelerator stops the assassination attempt after Awaki teleport him to Monaka's location. GROUP soon learns the assassination attempt was a distraction for another darkside team named SCHOOL, lead by the 2nd Level 5, Teitoku Kakine, and their real target was the particle engineering laboratory. To further complicate matters, the other teams like MEMBER, BLOCK and ITEM are getting involved as well. Meanwhile, the former Skill-Out Shiage is now working with Team ITEM, led by the 4th Level 5, Shizuri Mugino and her teammates, Rikō Takitsubo, Saiai Kinuhata and Frenda Seivelun, who treat Shiage with no respect. Learning about Monaka's assassination attempt, ITEM reazlies SCHOOL's real goal and heads to the particle engineering laboratory only to fight with the steel helmet esper. Despite killing the esper, Teitoku escapes with the device he stole, forcing ITEM to split up while Shiage runs away from SCHOOL's Pink dressed Assassin. Elsewhere, GROUP learns Team BLOCK is planning to steal Biological weapons from the city's virus vault but Etzali reveals the vault is a decoy as their real target is Satellite control center which controls the Hikoboshi 2 orbital laser weapon in space. Accelerator heads to the Satellite control center alone to fool BLOCK that they are falling for their trick.

While Kazari takes a lost Last Order home, Accelerator arrives at his location and faces Saraku, a teleporter of MEMBER and defeats him after realizing Saraku can only teleport behind his opponents. Elsewhere, MEMBER's leader "The Professor" confronts Teitoku only to be killed by the latter after using his power, Dark Matter. Meanwhile, BLOCK starts their real goal, to shut down the city's surveillance system and help 5000 mercenaries invade the city. However, one of their members is actually Etzali in disguise, who alerts the city's drone helicopters to head to their location and stop the mercenaries. Despite their heavy loses, the remaining BLOCK members, Saku Tatsuhiko and Megumi Teshio, continues their next part of the plan, bringing the mercenaries to Academy City's detention facility and kidnap Awaki's gang to use as leverage to make her help them enter the Windowless building and kill Aleister. GROUP heads to the detention facility where Accelerator stays back to hold off the remaining mercenaries while Etzali faces off against Xochitl, a MEMBER agent and his colleague from the Aztec organization who has come to Academy City to kill Etzali for treason. Tsuchimikado and Awaki confronts Saku and Megumi trying to free Awaki's gang but Megumi kills Saku for endangering the hostages and decides to forcefully get the information from Awaki instead. Despite Megumi knocking out Tsuchimikado, Awaki is able to defeat Megumi after getting over her trauma of teleporting herself. With the hostages safe and Etzali saving Xochitl's life from the grimoire she was using, GROUP heads back home. However, Teitoku arrives at ITEM's apartment after torturing Frenda for information.

While Hamazura is out running errands for Mugino, SCHOOL stages an attack on ITEM. When Mugino runs from Kakine, Takitsubo offers to protect Hamazura, but ends up needing his help instead. Kakine issues a challenge to Accelerator.